| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-30页 |
| 1.1 氧化葡萄糖酸杆菌介绍 | 第15-20页 |
| 1.1.1 氧化葡萄糖酸杆菌的基本生物学特性 | 第15页 |
| 1.1.2 氧化葡萄糖酸杆菌的基因组特性 | 第15-16页 |
| 1.1.3 氧化葡萄糖酸杆菌的能量代谢及呼吸链特性 | 第16-17页 |
| 1.1.4 氧化葡萄糖酸杆菌膜结合脱氢酶及胞内氧化还原酶的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.1.5 氧化葡萄糖酸杆菌的工业生产应用研究 | 第19-20页 |
| 1.2 适应性进化对微生物遗传机制的影响 | 第20-21页 |
| 1.3 比较基因组学的研究方法 | 第21-22页 |
| 1.4 蛋白质组学研究在微生物适应性进化机制解析中的应用 | 第22-27页 |
| 1.4.1 蛋白质组学的研究方法之一——双向电泳技术 | 第23-25页 |
| 1.4.2 定量蛋白质组学技术之二——稳定同位素标记氨基酸培养(SILAC) | 第25页 |
| 1.4.3 蛋白质组学研究方法之三——同位素亲和标签技术(iCAT) | 第25-26页 |
| 1.4.4 定量蛋白质组学研究方法之四——iTRAQ技术 | 第26-27页 |
| 1.5 本论文的研究背景及科学意义 | 第27-28页 |
| 1.6 本论文的研究内容 | 第28-29页 |
| 1.7 本论文的技术路线 | 第29-30页 |
| 第二章 氧化葡萄糖酸杆菌的适应性进化及对菌株的生理生态影响 | 第30-49页 |
| 2.1 前言 | 第30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-36页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第30-31页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第31-32页 |
| 2.2.3 分析方法 | 第32-36页 |
| 2.3 结果与分析 | 第36-47页 |
| 2.3.1 氧化葡萄糖酸杆菌出发菌与进化菌生长和催化性能的比较 | 第36-38页 |
| 2.3.2 出发菌株与进化菌株静息细胞催化后细胞的存活率 | 第38-39页 |
| 2.3.3 出发菌与进化菌的荚膜形成情况比较 | 第39-42页 |
| 2.3.4 扫描电子显微镜下出发菌与进化菌的形态比较 | 第42-43页 |
| 2.3.5 透射电子显微镜下出发菌与进化菌的石蜡切片观察 | 第43-44页 |
| 2.3.6 出发菌与适应性进化菌中膜结合甘油脱氢酶的转录水平分析 | 第44-45页 |
| 2.3.7 出发菌与进化菌发酵法生产DHA的比较 | 第45-47页 |
| 2.4 小结 | 第47-49页 |
| 第三章 基于基因组重测序结果的比较基因组学初步研究 | 第49-60页 |
| 3.1 前言 | 第49页 |
| 3.2 材料与方法 | 第49-51页 |
| 3.2.1 主要仪器与设备 | 第49-50页 |
| 3.2.2 适应性进化菌基因组提取 | 第50页 |
| 3.2.3 基因组测序和拼接 | 第50-51页 |
| 3.2.4 基因组注释和比较基因组学分析 | 第51页 |
| 3.3 结果与分析 | 第51-59页 |
| 3.3.1 进化菌G.oxydans-_(adaptive)基因组特征 | 第51页 |
| 3.3.2 比较基因组学分析 | 第51-59页 |
| 3.4 小结 | 第59-60页 |
| 第四章 双向电泳技术鉴定适应性进化菌细胞膜蛋白的表达差异 | 第60-69页 |
| 4.1 前言 | 第60页 |
| 4.2 材料与方法 | 第60-63页 |
| 4.2.1 主要仪器 | 第60-61页 |
| 4.2.2 膜蛋白的提取及2D-gel上样样品制备 | 第61页 |
| 4.2.3 等电聚焦 | 第61-62页 |
| 4.2.4 平衡胶条和SDS-PAGE | 第62-63页 |
| 4.2.5 蛋白图谱分析 | 第63页 |
| 4.2.6 表达差异蛋白点的酶解及质谱测定 | 第63页 |
| 4.3 结果与分析 | 第63-68页 |
| 4.3.1 氧化葡萄糖酸杆菌膜蛋白二维电泳图谱检测方法的建立 | 第63-64页 |
| 4.3.2 蛋白表达差异点的鉴定及归类 | 第64-66页 |
| 4.3.3 出发菌和适应性进化菌的膜蛋白对高浓度甘油环境的差异响应分析 | 第66-68页 |
| 4.4 小结 | 第68-69页 |
| 第五章 基于iTRAQ技术的蛋白质组学研究适应性进化的分子机制 | 第69-81页 |
| 5.1 前言 | 第69页 |
| 5.2 材料与方法 | 第69-70页 |
| 5.2.1 出发菌与适应性进化菌的总蛋白提取 | 第69-70页 |
| 5.2.2 iTRAQ实验步骤 | 第70页 |
| 5.2.3 质谱分析 | 第70页 |
| 5.3 结果与分析 | 第70-80页 |
| 5.3.1 iTRAQ实验样品标记信息 | 第70-71页 |
| 5.3.2 出发菌与适应性进化菌的差异表达蛋白谱及COG注释 | 第71-76页 |
| 5.3.3 适应性进化后的碳源代谢机制改变 | 第76-77页 |
| 5.3.4 适应性进化产生的抗氧化压力 | 第77-78页 |
| 5.3.5 适应性进化产生的能量代谢差异 | 第78-80页 |
| 5.4 小结 | 第80-81页 |
| 第六章 TPP对氧化葡萄糖酸杆菌生长和催化的影响及DHA高产菌株的构建 | 第81-98页 |
| 6.1 前言 | 第81-83页 |
| 6.2 材料与方法 | 第83-86页 |
| 6.2.1 氧化葡萄糖酸杆菌的培养 | 第83页 |
| 6.2.2 培养基中硫胺素焦磷酸的添加 | 第83-84页 |
| 6.2.3 静息细胞催化体系中硫胺素的添加 | 第84页 |
| 6.2.4 氧化葡萄糖酸杆菌TPP合成基因gox2416的同源表达 | 第84-85页 |
| 6.2.5 基因工程菌的生长测定 | 第85-86页 |
| 6.2.6 基因工程菌的静息细胞催化 | 第86页 |
| 6.3 结果与分析 | 第86-97页 |
| 6.3.1 培养基中添加TPP对氧化葡萄糖酸杆菌生长的影响 | 第86页 |
| 6.3.2 静息细胞转化体系中添加TPP对甘油催化转化的影响 | 第86-87页 |
| 6.3.3 氧化葡萄糖酸杆菌中TPP合成途径 | 第87页 |
| 6.3.4 氧化葡萄糖酸杆菌TPP合成相关基因gox2416的同源强化 | 第87-88页 |
| 6.3.5 TPP合成强化工程菌G.oxydans-_(gox2416)的生长测定 | 第88-89页 |
| 6.3.6 重组菌G.oxydans-_(gox2416)静息细胞催化法产DHA的研究 | 第89-90页 |
| 6.3.7 适应性进化菌中TPP合成基因gox2416的过表达 | 第90-92页 |
| 6.3.8 适应性进化菌中TPP合成相关基因gox0229的过表达 | 第92-94页 |
| 6.3.9 适应性进化菌中TPP合成相关基因gox2416和gox0229的共表达 | 第94-96页 |
| 6.3.10 各重组菌静息细胞催化甘油的初速度比较 | 第96-97页 |
| 6.4 小结 | 第97-98页 |
| 第七章 氧化葡萄糖酸杆菌中多个氧化还原酶的功能研究 | 第98-113页 |
| 7.1 前言 | 第98页 |
| 7.2 材料与方法 | 第98-102页 |
| 7.2.1 菌株与质粒 | 第98-99页 |
| 7.2.2 基因组抽提 | 第99页 |
| 7.2.3 PCR扩增目的基因 | 第99-100页 |
| 7.2.4 酶切、连接、转化 | 第100页 |
| 7.2.5 阳性克隆测序验证 | 第100页 |
| 7.2.6 重组蛋白的诱导表达 | 第100页 |
| 7.2.7 SDS-PAGE鉴定 | 第100-101页 |
| 7.2.8 蛋白质天然分子量测定 | 第101页 |
| 7.2.9 蛋白结晶 | 第101页 |
| 7.2.10 酶活测定 | 第101-102页 |
| 7.3 结果与分析 | 第102-112页 |
| 7.3.1 具有表达差异的氧化还原酶研究对象的选择 | 第102-103页 |
| 7.3.2 克隆表达 | 第103-105页 |
| 7.3.3 Gox2181晶体结构分析及催化底物谱鉴定 | 第105-108页 |
| 7.3.4 Gox2036催化底物谱鉴定 | 第108-109页 |
| 7.3.5 Gox0644及其突变体D53A的晶体结构研究 | 第109-112页 |
| 7.4 小结 | 第112-113页 |
| 第八章 结论与展望 | 第113-116页 |
| 8.1 结论 | 第113-114页 |
| 8.2 展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 在学期间发表的论文 | 第125页 |
