| 中文摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-41页 |
| 1.1 研究历史 | 第17-18页 |
| 1.1.1 柑橘衰退病病原认识历程 | 第17-18页 |
| 1.1.2 柑橘黄龙病病害名称统一历程 | 第18页 |
| 1.2 地理分布及危害 | 第18-19页 |
| 1.2.1 柑橘衰退病的地理分布和危害 | 第18-19页 |
| 1.2.2 柑橘黄龙病的地理分布和危害 | 第19页 |
| 1.3 生物学特性 | 第19-24页 |
| 1.3.1 寄主范围 | 第19-20页 |
| 1.3.2 病原分类 | 第20-21页 |
| 1.3.3 症状 | 第21-22页 |
| 1.3.4 传播途径 | 第22-24页 |
| 1.4 细胞病理学研究 | 第24-26页 |
| 1.4.1 柑橘衰退病的细胞病理学 | 第24-25页 |
| 1.4.2 柑橘黄龙病的细胞病理学 | 第25-26页 |
| 1.5 分子生物学研究 | 第26-30页 |
| 1.5.1 病原基因组 | 第26-29页 |
| 1.5.2 遗传多态性 | 第29-30页 |
| 1.6 病原间及病原-寄主间互作 | 第30-37页 |
| 1.6.1 细菌-寄主间互作 | 第31-33页 |
| 1.6.2 病毒-寄主间互作 | 第33页 |
| 1.6.3 病原间互作 | 第33-34页 |
| 1.6.4 转录组研究 | 第34-37页 |
| 1.7 RNA-seq技术研究进展 | 第37-41页 |
| 1.7.1 RNA-seq简介 | 第37页 |
| 1.7.2 RNA-seq实验流程和转录组重构方法 | 第37-38页 |
| 1.7.3 RNA-seq优势和在果树研究中的应用 | 第38-41页 |
| 第二章 前言 | 第41-43页 |
| 第三章 黄龙病菌及噬菌体对柑橘组织结构的影响 | 第43-55页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-48页 |
| 3.2 结果与分析 | 第48-51页 |
| 3.2.1 黄龙病菌、噬菌体SC1和SC2检测 | 第48页 |
| 3.2.2 光学显微镜观察 | 第48-49页 |
| 3.2.3 TEM观察 | 第49-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-53页 |
| 3.4 结论 | 第53-55页 |
| 第四章 黄龙病菌和衰退病毒与甜橙植株的互作 | 第55-71页 |
| 4.1 材料与方法 | 第56-60页 |
| 4.2 结果与分析 | 第60-68页 |
| 4.2.1 CaLas与CTV的PCR检测结果 | 第60-64页 |
| 4.2.2 复合侵染症状 | 第64-66页 |
| 4.2.3 Fisher's exact检验 | 第66-68页 |
| 4.3 讨论 | 第68-70页 |
| 4.4 结论 | 第70-71页 |
| 第五章 黄龙病菌和衰退病毒胁迫甜橙的转录组比较分析 | 第71-95页 |
| 5.1 材料与方法 | 第71-73页 |
| 5.2 结果与分析 | 第73-86页 |
| 5.2.1 RNA质量监测 | 第73-74页 |
| 5.2.2 各样品读段数(reads)比较分析 | 第74-75页 |
| 5.2.3 各病原分别胁迫甜橙差异表达基因分析 | 第75-78页 |
| 5.2.4 各病原分别胁迫甜橙差异表达基因GO功能富集 | 第78-79页 |
| 5.2.5 各病原分别胁迫甜橙差异表达基因功能聚类分析 | 第79-86页 |
| 5.3 讨论 | 第86-93页 |
| 5.3.1 各病原分别胁迫甜橙植株的差异表达基因数量与症状复杂性 | 第86页 |
| 5.3.2 各病原分别胁迫甜橙植株的转录水平变化相似性与症状相似性 | 第86页 |
| 5.3.3 各病原对甜橙植株的影响及植株对各病原的防御反应机制 | 第86-93页 |
| 5.4 结论 | 第93-95页 |
| 第六章 RT-qPCR验证差异表达基因 | 第95-107页 |
| 6.1 材料与方祛 | 第95-101页 |
| 6.2 结果与分析 | 第101-104页 |
| 6.2.1 引物扩增效率和溶解曲线 | 第101-103页 |
| 6.2.2 Gfold值与RT-qPCR值一致性 | 第103-104页 |
| 6.3 讨论 | 第104-106页 |
| 6.4 结论 | 第106-107页 |
| 第七章 主要结论、创新点及研究展望 | 第107-111页 |
| 7.1 主要结论 | 第107-109页 |
| 7.2 创新点 | 第109页 |
| 7.3 研究展望 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-133页 |
| 附录Ⅰ 缩略词 | 第133-135页 |
| 附录Ⅱ 附表 | 第135-139页 |
| 博士在读期间发表的论文及参加科研课题情况 | 第139-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
