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柑橘黄龙病的细胞病理及其寄主转录组学研究

中文摘要第8-12页
Abstract第12-16页
第一章 文献综述第17-41页
    1.1 研究历史第17-18页
        1.1.1 柑橘衰退病病原认识历程第17-18页
        1.1.2 柑橘黄龙病病害名称统一历程第18页
    1.2 地理分布及危害第18-19页
        1.2.1 柑橘衰退病的地理分布和危害第18-19页
        1.2.2 柑橘黄龙病的地理分布和危害第19页
    1.3 生物学特性第19-24页
        1.3.1 寄主范围第19-20页
        1.3.2 病原分类第20-21页
        1.3.3 症状第21-22页
        1.3.4 传播途径第22-24页
    1.4 细胞病理学研究第24-26页
        1.4.1 柑橘衰退病的细胞病理学第24-25页
        1.4.2 柑橘黄龙病的细胞病理学第25-26页
    1.5 分子生物学研究第26-30页
        1.5.1 病原基因组第26-29页
        1.5.2 遗传多态性第29-30页
    1.6 病原间及病原-寄主间互作第30-37页
        1.6.1 细菌-寄主间互作第31-33页
        1.6.2 病毒-寄主间互作第33页
        1.6.3 病原间互作第33-34页
        1.6.4 转录组研究第34-37页
    1.7 RNA-seq技术研究进展第37-41页
        1.7.1 RNA-seq简介第37页
        1.7.2 RNA-seq实验流程和转录组重构方法第37-38页
        1.7.3 RNA-seq优势和在果树研究中的应用第38-41页
第二章 前言第41-43页
第三章 黄龙病菌及噬菌体对柑橘组织结构的影响第43-55页
    3.1 材料与方法第43-48页
    3.2 结果与分析第48-51页
        3.2.1 黄龙病菌、噬菌体SC1和SC2检测第48页
        3.2.2 光学显微镜观察第48-49页
        3.2.3 TEM观察第49-51页
    3.3 讨论第51-53页
    3.4 结论第53-55页
第四章 黄龙病菌和衰退病毒与甜橙植株的互作第55-71页
    4.1 材料与方法第56-60页
    4.2 结果与分析第60-68页
        4.2.1 CaLas与CTV的PCR检测结果第60-64页
        4.2.2 复合侵染症状第64-66页
        4.2.3 Fisher's exact检验第66-68页
    4.3 讨论第68-70页
    4.4 结论第70-71页
第五章 黄龙病菌和衰退病毒胁迫甜橙的转录组比较分析第71-95页
    5.1 材料与方法第71-73页
    5.2 结果与分析第73-86页
        5.2.1 RNA质量监测第73-74页
        5.2.2 各样品读段数(reads)比较分析第74-75页
        5.2.3 各病原分别胁迫甜橙差异表达基因分析第75-78页
        5.2.4 各病原分别胁迫甜橙差异表达基因GO功能富集第78-79页
        5.2.5 各病原分别胁迫甜橙差异表达基因功能聚类分析第79-86页
    5.3 讨论第86-93页
        5.3.1 各病原分别胁迫甜橙植株的差异表达基因数量与症状复杂性第86页
        5.3.2 各病原分别胁迫甜橙植株的转录水平变化相似性与症状相似性第86页
        5.3.3 各病原对甜橙植株的影响及植株对各病原的防御反应机制第86-93页
    5.4 结论第93-95页
第六章 RT-qPCR验证差异表达基因第95-107页
    6.1 材料与方祛第95-101页
    6.2 结果与分析第101-104页
        6.2.1 引物扩增效率和溶解曲线第101-103页
        6.2.2 Gfold值与RT-qPCR值一致性第103-104页
    6.3 讨论第104-106页
    6.4 结论第106-107页
第七章 主要结论、创新点及研究展望第107-111页
    7.1 主要结论第107-109页
    7.2 创新点第109页
    7.3 研究展望第109-111页
参考文献第111-133页
附录Ⅰ 缩略词第133-135页
附录Ⅱ 附表第135-139页
博士在读期间发表的论文及参加科研课题情况第139-141页
致谢第141-142页

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