| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 引言 | 第13-20页 |
| 1.1 瓯江彩鲤起源和介绍 | 第13-14页 |
| 1.2 瓯江彩鲤体色研究现状 | 第14-15页 |
| 1.3 基于芯片的全基因组关联分析 | 第15-17页 |
| 1.4 BSA混合测序技术的应用 | 第17-19页 |
| 1.5 实验目的 | 第19-20页 |
| 第二章 基于芯片的全基因组关联分析解析瓯江彩鲤体色遗传机制 | 第20-28页 |
| 2.1 前言 | 第20页 |
| 2.2 实验试剂和仪器 | 第20-21页 |
| 2.2.1 主要试剂及器械耗材 | 第20-21页 |
| 2.2.2 仪器 | 第21页 |
| 2.3 实验方法 | 第21-24页 |
| 2.3.1 样品采集 | 第21-22页 |
| 2.3.2 瓯江彩鲤DNA提取 | 第22-23页 |
| 2.3.3 DNA质量检测 | 第23页 |
| 2.3.4 DNA芯片上机 | 第23页 |
| 2.3.5 芯片数据分析 | 第23-24页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第24-28页 |
| 2.4.1 芯片数据质量控制 | 第24-25页 |
| 2.4.2 遗传差异分析 | 第25-26页 |
| 2.4.3 体色相关基因的功能解析 | 第26-28页 |
| 第三章 利用BSA混合测序技术在鲤鱼基因组中定位与体色遗传机制相关位点及基因 | 第28-36页 |
| 3.1 前言 | 第28页 |
| 3.2 实验方法 | 第28-29页 |
| 3.2.1 样品采集、基因组DNA提取以及DNA质量检测 | 第28页 |
| 3.2.2“全红”“粉玉”群体DNA混合 | 第28-29页 |
| 3.2.3 上机测序 | 第29页 |
| 3.2.4 数据处理 | 第29页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第29-36页 |
| 3.3.1 将clean-up数据比对到参考基因组 | 第29-31页 |
| 3.3.2 利用SAMTOOLS软件将比对结果数字化 | 第31-32页 |
| 3.3.3 利用Popoolation2软件计算SNP位点的等位基因频率 | 第32-34页 |
| 3.3.4 功能基因的解析 | 第34-36页 |
| 第四章 鲤鱼的FGF基因家族研究 | 第36-45页 |
| 4.1 前言 | 第36页 |
| 4.2 实验材料及方法 | 第36-38页 |
| 4.2.1 FGF基因家族的搜寻与定位 | 第36-37页 |
| 4.2.2 系统发育学分析 | 第37页 |
| 4.2.3 基因命名 | 第37页 |
| 4.2.4 不同组织间FGF基因的表达差异 | 第37-38页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第38-45页 |
| 4.3.1 鲤鱼中的FGF基因家族 | 第38-40页 |
| 4.3.2 FGF基因家族的系统发育分析 | 第40页 |
| 4.3.3 在全基因组复制过程中鲤鱼FGF基因的复制与丢失 | 第40-42页 |
| 4.3.4 FGF基因在鲤鱼各组中的表达图 | 第42-45页 |
| 小结与展望 | 第45-46页 |
| 小结 | 第45页 |
| 展望 | 第45-46页 |
| 附录 | 第46-49页 |
| 参考文献 | 第49-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 硕士在读期间撰写和发表论文情况 | 第57-58页 |
| 在校期间获得荣誉 | 第58页 |
