| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-18页 |
| 1.1 课题背景及研究目的和意义 | 第8-13页 |
| 1.2 国内外研究现状分析 | 第13-16页 |
| 1.2.1 转录因子与lncRNA关联关系分析的国内外研究现状 | 第13-15页 |
| 1.2.2 转录因子结合位点识别算法的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.3 主要研究内容 | 第16-18页 |
| 第2章 lncRNA与编码蛋白基因表达分析 | 第18-26页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 RNA-seq数据分析与处理 | 第18-19页 |
| 2.3 lncRNA与编码蛋白基因在多种细胞系中的表达情况 | 第19-21页 |
| 2.4 lncRNA与编码蛋白基因的共表达分析 | 第21-24页 |
| 2.5 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 组蛋白修饰预测lncRNA启动子 | 第26-37页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 组蛋白修饰数据特征 | 第26-29页 |
| 3.3 lncRNA基因和编码蛋白基因的启动子区域分析 | 第29-36页 |
| 3.3.1 lncRNA基因和编码蛋白基因的启动子区域分类 | 第30-32页 |
| 3.3.2 支持向量机分类模型介绍 | 第32-33页 |
| 3.3.3 用组蛋白修饰数据训练分类器预测启动子区域 | 第33-36页 |
| 3.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 第4章 基于表观遗传数据的TF-lncRNA转录调控预测方法 | 第37-49页 |
| 4.1 引言 | 第37页 |
| 4.2 预测模型的多数据类型特征建模 | 第37-41页 |
| 4.2.1 转录因子PWM特征 | 第37-40页 |
| 4.2.2 DNaseI footprint特征 | 第40页 |
| 4.2.3 组蛋白修饰特征 | 第40-41页 |
| 4.3 构建转录因子与lncRNA的结合预测模型 | 第41-43页 |
| 4.4 转录因子对lncRNA基因转录调控预测结果分析 | 第43-46页 |
| 4.5 转录因子对lncRNA-mRNA双向启动子的调控分析 | 第46-48页 |
| 4.6 本章小结 | 第48-49页 |
| 结论 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第55-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
