| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 脱氮硫杆菌 | 第12-16页 |
| 1.1.1 脱氮硫杆菌的基本特征 | 第12页 |
| 1.1.2 脱氮硫杆菌的代谢特征 | 第12-13页 |
| 1.1.3 脱氮硫杆菌的分类学及基因组学研究 | 第13-14页 |
| 1.1.4 脱氮硫杆菌的硫代谢体系 | 第14-16页 |
| 1.2 硫氧化酶系Sox complex | 第16-18页 |
| 1.3 细胞色素类硫氧化酶SoxAX | 第18-21页 |
| 1.3.1 SoxAX结构研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3.2 脱氮硫杆菌SoxAX蛋白研究进展 | 第19-21页 |
| 1.4 本文所涉及的技术与理论简介 | 第21-24页 |
| 1.4.1 蛋白建模与评价 | 第21-22页 |
| 1.4.2 分子力场 | 第22页 |
| 1.4.3 分子力学与分子动力学 | 第22-23页 |
| 1.4.4 分子对接 | 第23-24页 |
| 1.5 本课题的研究意义和内容 | 第24-25页 |
| 第二章 SoxA与SoxX蛋白的序列分析及系统进化分析 | 第25-42页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 所用软件和数据库 | 第25页 |
| 2.1.2 目的蛋白质氨基酸序列及核酸序列 | 第25-26页 |
| 2.2 实验过程 | 第26-27页 |
| 2.2.1 SoxA与Sox X蛋白的基本性质分析 | 第26-27页 |
| 2.2.2 SoxA与Sox X蛋白的系统进化分析 | 第27页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第27-41页 |
| 2.3.1 SoxA和Sox X的基本性质分析 | 第27-36页 |
| 2.3.2 SoxA与Sox X蛋白系统进化分析 | 第36-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 SoxA与SoxX蛋白的结构建模与质量评估 | 第42-50页 |
| 3.1 实验材料 | 第42-43页 |
| 3.1.1 所用软件和数据库 | 第42页 |
| 3.1.2 硬件计算平台 | 第42-43页 |
| 3.1.3 目的蛋白质氨基酸序列 | 第43页 |
| 3.2 实验过程 | 第43-44页 |
| 3.2.1 SoxA与Sox X蛋白的初始结构建模 | 第43页 |
| 3.2.2 初始结构的质量评估 | 第43-44页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第44-49页 |
| 3.3.1 模板序列检索与序列比对结果分析 | 第44-45页 |
| 3.3.2 SoxA与Sox X蛋白初始结构模型三维结构分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3 SoxA与Sox X蛋白初始模型质量评估结果分析 | 第46-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 第四章 SoxAX二聚体的构建和相互作用研究 | 第50-65页 |
| 4.1 实验材料 | 第50-51页 |
| 4.1.1 供试蛋白 | 第50页 |
| 4.1.2 软件计算平台 | 第50页 |
| 4.1.3 硬件计算平台 | 第50-51页 |
| 4.2 实验过程 | 第51-54页 |
| 4.2.1 SoxAX二聚体模型搭建 | 第51页 |
| 4.2.2 SoxAX血红素结合位点分析及插入 | 第51页 |
| 4.2.3 SoxAX二聚体的优化 | 第51-52页 |
| 4.2.4 SoxAX二聚体模型质量评估 | 第52页 |
| 4.2.5 SoxAX二聚体相互作用分析 | 第52-53页 |
| 4.2.6 SoxAX二聚体的相互作用能 | 第53-54页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第54-64页 |
| 4.3.1 SoxAX二聚体初始结构构建及血红素结合位点分析 | 第54-56页 |
| 4.3.2 SoxAX二聚体优化与评估 | 第56-58页 |
| 4.3.3 SoxAX二聚体相互作用分析 | 第58-63页 |
| 4.3.4 SoxAX二聚体相互作用能分析 | 第63-64页 |
| 4.4 本章小结 | 第64-65页 |
| 第五章 SoxAX蛋白与底物分子对接及相互作用研究 | 第65-85页 |
| 5.1 实验材料 | 第65-66页 |
| 5.1.1 供试材料 | 第65页 |
| 5.1.2 软件计算平台 | 第65页 |
| 5.1.3 硬件计算平台 | 第65-66页 |
| 5.2 实验过程 | 第66-68页 |
| 5.2.1 SoxAX活性位点分析 | 第66页 |
| 5.2.2 对接体系准备 | 第66-67页 |
| 5.2.3 分子对接 | 第67-68页 |
| 5.2.4 对接结果分析 | 第68页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第68-84页 |
| 5.3.1 SoxAX蛋白的活性位点定位 | 第68-69页 |
| 5.3.2 SoxAX与硫代硫酸盐S_2O_3~(2-)(THJ)对接结果分析 | 第69-72页 |
| 5.3.3 SoxAX与硫化氢H_2S(H_2S)对接结果分析 | 第72-76页 |
| 5.3.4 SoxAX与硫亚硫酸盐SO_3~-(SO_3)对接结果分析 | 第76-80页 |
| 5.3.5 SoxAX与半胱氨酸CYS (CYS)对接结果分析 | 第80-83页 |
| 5.3.6 SoxAX与不同底物对接结果分析 | 第83-84页 |
| 5.4 本章小结 | 第84-85页 |
| 结论与展望 | 第85-87页 |
| 1 结论 | 第85-86页 |
| 2 展望 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-92页 |
| 附录 | 第92-94页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 附件 | 第96页 |
