| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第1章 引言 | 第13-25页 |
| 1.1 转录组学研究技术的发展与应用 | 第13-16页 |
| 1.1.1 转录组和转录组学的概述 | 第13页 |
| 1.1.2 转录组测序技术的发展 | 第13-15页 |
| 1.1.3 高通量测序技术在软体动物中的应用 | 第15-16页 |
| 1.2 软体动物免疫及抗逆研究概况 | 第16-22页 |
| 1.2.1 免疫系统及应激 | 第16-17页 |
| 1.2.2 软体动物免疫及抗逆相关基因的研究 | 第17-19页 |
| 1.2.3 软体动物免疫及抗逆相关通路的研究 | 第19-22页 |
| 1.3 杂色鲍的基础生物学 | 第22-23页 |
| 1.4 主要研究内容与技术路线 | 第23-25页 |
| 1.4.1 主要研究内容 | 第23-24页 |
| 1.4.2 主要技术路线 | 第24-25页 |
| 第2章 材料与方法 | 第25-40页 |
| 2.1 材料 | 第25-30页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第25页 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.3 引物 | 第26-30页 |
| 2.2 实验方法 | 第30-40页 |
| 2.2.1 杂色鲍高温、缺氧、高温&缺氧联合应激实验 | 第30-32页 |
| 2.2.2 杂色鲍转录组缺氧诱导实验 | 第32页 |
| 2.2.3 构建测序文库和Illumina测序 | 第32-33页 |
| 2.2.4 Unigene基本功能注释 | 第33页 |
| 2.2.5 基因差异分析 | 第33-34页 |
| 2.2.6 杂色鲍总RNA的提取 | 第34页 |
| 2.2.7 基因组DNA的去除与cDNA第一链的合成 | 第34页 |
| 2.2.8 SMART-RACE技术获取HdAKT、HdPI3K基因全长 | 第34-36页 |
| 2.2.9 割胶纯化目的基因片段 | 第36页 |
| 2.2.10 目的片段连接到质粒载体 | 第36页 |
| 2.2.11 感受态细胞的转化及筛选 | 第36页 |
| 2.2.12 质粒插入片段的PCR检测 | 第36-37页 |
| 2.2.13 质粒测序 | 第37页 |
| 2.2.14 目的基因的生物信息学分析 | 第37页 |
| 2.2.15 实时荧光定量PCR反应体系及条件 | 第37-38页 |
| 2.2.16 数据可视化分析 | 第38页 |
| 2.2.17 信号通路相关基因的相互作用网络构建 | 第38页 |
| 2.2.18 dsRNA干扰实验 | 第38-40页 |
| 第3章 结果与分析 | 第40-105页 |
| 3.1 转录组分析 | 第40-75页 |
| 3.1.1 序列分析及拼接组装 | 第40-41页 |
| 3.1.2 Unigene序列功能注释 | 第41-43页 |
| 3.1.3 基于Gene Ontology和KEGG分析的功能分类 | 第43-63页 |
| 3.1.4 免疫相关基因表达模式分析 | 第63页 |
| 3.1.5 预测CDS蛋白序列 | 第63-65页 |
| 3.1.6 各样品间差异表达基因和基因表达趋势分析 | 第65-68页 |
| 3.1.7 转录组结果的qRT-PCR验证 | 第68-75页 |
| 3.2 杂色鲍PI3K-AKT信号通路相关基因的序列分析 | 第75-88页 |
| 3.2.1 HdAKT基因的序列分析 | 第75-79页 |
| 3.2.2 HdPI3K基因的序列分析 | 第79-88页 |
| 3.3 HdAKT、HdPI3K及PI3K-AKT信号通路相关基因在不同组织器官中的表达分析 | 第88-90页 |
| 3.4 PI3K-AKT信号通路相关基因在不同应激下的表达分析 | 第90-101页 |
| 3.4.1 PI3K-AKT信号通路相关基因在副溶血弧菌感染下的表达分析 | 第90-91页 |
| 3.4.2 PI3K-AKT信号通路相关基因在缺氧应激与副溶血弧菌感染下的表达分析 | 第91-93页 |
| 3.4.3 PI3K-AKT信号通路相关基因在高温应激与副溶血弧菌感染下的表达分析 | 第93-95页 |
| 3.4.4 PI3K-AKT信号通路相关基因在高温&缺氧联合应激与副溶血弧菌感染下的表达分析 | 第95-96页 |
| 3.4.5 PI3K-AKT信号通路相关基因的数据可视化分析 | 第96-99页 |
| 3.4.6 不同应激下杂色鲍PI3K-AKT信号通路相关基因的分子网络构建 | 第99-101页 |
| 3.5 PI3K-AKT信号通路相关基因在HdAKT干扰后的表达及分子网络的构建 | 第101-105页 |
| 3.5.1 PI3K-AKT信号通路相关基因在HdAKT干扰后的表达 | 第101-103页 |
| 3.5.2 HdAKT干扰后PI3K-AKT信号通路相关基因的分子网络构建 | 第103-105页 |
| 第4章 讨论 | 第105-112页 |
| 4.1 转录组 | 第105-108页 |
| 4.1.1 Unigene序列的注释 | 第105页 |
| 4.1.2 GO和KEGG注释分析 | 第105-106页 |
| 4.1.3 差异表达基因 | 第106页 |
| 4.1.4 免疫相关的候选基因的挖掘及qRT-PCR的验证 | 第106-108页 |
| 4.2 PI3K-AKT信号通路 | 第108-112页 |
| 4.2.1 HdAKT、HdPI3K基因的分析 | 第108-109页 |
| 4.2.2 PI3K-AKT信号通路相关成员参与杂色鲍先天免疫 | 第109页 |
| 4.2.3 PI3K-AKT信号通路参与免疫抑制 | 第109-110页 |
| 4.2.4 HdAKT干扰后PI3K-AKT信号通路调节机制 | 第110-112页 |
| 第5章 结论与展望 | 第112-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-124页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第124页 |
