| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-45页 |
| 1.1 鱼类免疫系统概述 | 第15页 |
| 1.2 先天性免疫识别受体系统 | 第15-23页 |
| 1.2.1 TLRs（Toll样受体）及其信号通路 | 第16-17页 |
| 1.2.2 RIG-I样受体（RLRs）及其依赖的信号通路 | 第17-20页 |
| 1.2.3 NOD样受体（NLRs）及其依赖的信号通路 | 第20-22页 |
| 1.2.4 C型凝集素受体（CLRs）及其依赖的信号通路 | 第22-23页 |
| 1.3 天然免疫系统对病原核酸的识别 | 第23-42页 |
| 1.3.1 对DNA病毒的识别 | 第24-34页 |
| 1.3.2 对RNA病毒的识别 | 第34-42页 |
| 1.4 展望 | 第42-43页 |
| 1.5 研究的目的和意义 | 第43-45页 |
| 第二章 黄河鲤LGP2基因鉴定及其核苷酸多态性与鲤疱疹病毒感染的关联研究 | 第45-79页 |
| 2.1 前言 | 第45-46页 |
| 2.2 材料和方法 | 第46-54页 |
| 2.2.1 主要化学试剂 | 第46页 |
| 2.2.2 主要仪器设备 | 第46页 |
| 2.2.3 制备病毒悬液 | 第46-47页 |
| 2.2.4 实验动物及病毒感染实验 | 第47-48页 |
| 2.2.5 LGP2基因cDNA全长的获得 | 第48-50页 |
| 2.2.6 提取黄河鲤的总DNA | 第50页 |
| 2.2.7 扩增LGP2基因组全长 | 第50-51页 |
| 2.2.8 基因组步移获得LGP2基因 5’侧翼区 | 第51页 |
| 2.2.9 生物信息学分析 | 第51页 |
| 2.2.10 5’侧翼序列启动子区的活性验证 | 第51-52页 |
| 2.2.11 实时定量检测 | 第52-53页 |
| 2.2.12 细胞感染及取样 | 第53页 |
| 2.2.13 LGP2分析核苷酸多态性与黄河鲤抗KHV感染表型的关联性 | 第53-54页 |
| 2.2.14 与性状关联位点的二次验证 | 第54页 |
| 2.3 结果 | 第54-75页 |
| 2.3.1 LGP2 cDNA序列分析 | 第54-55页 |
| 2.3.2 黄河鲤LGP2基因DNA序列分析 | 第55-62页 |
| 2.3.3 不同物种间LGP2基因的结构比较 | 第62-64页 |
| 2.3.4 LGP25’侧翼序列启动子活性验证 | 第64页 |
| 2.3.5 LGP2 mRNA的组织分布及病毒刺激后时序表达谱 | 第64-68页 |
| 2.3.6 CFC经poly（I：C）和KHV刺激后LGP2 mRNA的表达 | 第68页 |
| 2.3.7 LGP2核苷酸多态性位点与黄河鲤抗KHV感染性状关联性 | 第68-74页 |
| 2.3.8 LGP2核苷酸多态性位点与黄河鲤抗KHV感染性状关联性二次验证 | 第74-75页 |
| 2.4 讨论 | 第75-79页 |
| 第三章 黄河鲤STING基因的克隆与表达以及与疱疹病毒病的关联分析 | 第79-107页 |
| 3.1 前言 | 第79-80页 |
| 3.2 材料和方法 | 第80-84页 |
| 3.2.1 主要化学试剂 | 第80页 |
| 3.2.2 主要仪器设备 | 第80页 |
| 3.2.3 制备病毒悬液 | 第80-81页 |
| 3.2.4 实验动物及病毒感染实验 | 第81页 |
| 3.2.5 STING基因cDNA全长的克隆 | 第81-82页 |
| 3.2.6 黄河鲤基因组DNA提取 | 第82页 |
| 3.2.7 STING基因内含子的扩增 | 第82-83页 |
| 3.2.8 STING基因 5’侧翼序列的扩增 | 第83页 |
| 3.2.9 生物信息学分析 | 第83页 |
| 3.2.10 5’侧翼序列启动子活性验证 | 第83-84页 |
| 3.2.11 实时定量检测 | 第84页 |
| 3.2.12 细胞感染及取样 | 第84页 |
| 3.2.13 STING核苷酸多态性与黄河鲤抗KHV感染表型的关联分析 | 第84页 |
| 3.2.14 与性状关联位点的二次验证 | 第84页 |
| 3.3 结果 | 第84-104页 |
| 3.3.1 STING cDNA序列分析 | 第84-90页 |
| 3.3.2 黄河鲤STING全基因序列分析 | 第90-91页 |
| 3.3.3 侧翼序列及其生物信息学分析 | 第91页 |
| 3.3.4 不同物种间STING基因的结构比较 | 第91-92页 |
| 3.3.5 STING 5’侧翼序列启动子活性验证 | 第92-93页 |
| 3.3.6 STING mRNA的组织分布及病毒刺激后时序表达谱 | 第93-97页 |
| 3.3.7 CFC经KHV，Poly (I : C)和Poly (dA- dT)刺激后STING基因的表达分析 | 第97-99页 |
| 3.3.8 STING核苷酸多态性位点与黄河鲤抗KHV感染性状关联性 | 第99-104页 |
| 3.3.9 STING SNPs与黄河鲤抗KHV感染性状关联性二次验证 | 第104页 |
| 3.4 讨论 | 第104-107页 |
| 第四章 利用转录组研究黄河鲤免疫基因与抗KHV病毒的相关性 | 第107-128页 |
| 4.1 前言 | 第107-108页 |
| 4.2 材料和方法 | 第108-112页 |
| 4.2.1 主要化学试剂 | 第108页 |
| 4.2.2 主要仪器设备 | 第108页 |
| 4.2.3 制备病毒悬液 | 第108页 |
| 4.2.4 实验动物及病毒感染实验 | 第108页 |
| 4.2.5 转录组文库构建和测序 | 第108-109页 |
| 4.2.6 数据库生物信息分析 | 第109-111页 |
| 4.2.7 SSR分析 | 第111页 |
| 4.2.8 SNP筛选 | 第111-112页 |
| 4.2.9 可变剪接事件识别及分析 | 第112页 |
| 4.3 结果 | 第112-126页 |
| 4.3.1 样本中总RNA质量检测分析 | 第112页 |
| 4.3.2 四个组织的转录组统计结果 | 第112-113页 |
| 4.3.3 文库Unigene比对注释概况 | 第113-118页 |
| 4.3.4 差异表达基因的鉴定 | 第118-122页 |
| 4.3.5 免疫信号相关基因分析 | 第122-123页 |
| 4.3.6 SNP和InDel分析 | 第123-124页 |
| 4.3.7 SSR分析 | 第124-125页 |
| 4.3.8 选择性剪切概况分析 | 第125-126页 |
| 4.4 讨论 | 第126-128页 |
| 第五章 结论 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-148页 |
| 附录 | 第148-159页 |
| 缩略 词 | 第159-161页 |
| 致谢 | 第161-163页 |
| 作者简介 | 第163页 |
