| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1.1 水平基因转移的机制 | 第13-15页 |
| 1.1.1 转化 | 第13-14页 |
| 1.1.2 转导 | 第14页 |
| 1.1.3 接合 | 第14页 |
| 1.1.4 其他的机制 | 第14-15页 |
| 1.2 水平基因转移在进化上的意义 | 第15-18页 |
| 1.2.1 可移动遗传元件的水平转移为进化提供了素材 | 第15-16页 |
| 1.2.2 易发生转移的基因与水平基因转移的快速通道 | 第16-17页 |
| 1.2.3 水平基因转移保证了关键的代谢革新 | 第17页 |
| 1.2.4 水平基因转移与共生功能体的进化 | 第17-18页 |
| 1.3 真核生物中的水平基因转移 | 第18-22页 |
| 1.3.1 内共生导致的大规模水平基因转移 | 第18-19页 |
| 1.3.2 原核生物向真核生物的水平基因转移 | 第19-20页 |
| 1.3.3 真核生物之间的水平基因转移 | 第20-21页 |
| 1.3.4 真核生物到原核生物的基因转移 | 第21-22页 |
| 1.4 本文的研究内容 | 第22-23页 |
| 第二章 凡纳滨对虾与其他物种之间转座子的水平转移 | 第23-46页 |
| 2.1 引言 | 第23-25页 |
| 2.2 材料与方法 | 第25-31页 |
| 2.2.1 凡纳滨对虾的转录组序列的来源及筛选 | 第25页 |
| 2.2.2 转座子转录本的鉴别 | 第25-26页 |
| 2.2.3 转座子转录本所属超家族与家族分类 | 第26页 |
| 2.2.4 基于blast的水平转移判断 | 第26-27页 |
| 2.2.5 凡纳滨对虾转座子家族的同源序列 | 第27页 |
| 2.2.6 进化分析 | 第27-29页 |
| 2.2.7 转录本的差异表达分析 | 第29-31页 |
| 2.2.8 具有相似表达模式转录本的预测 | 第31页 |
| 2.3 结果 | 第31-44页 |
| 2.3.1 凡纳滨对虾转录组中的转座子序列 | 第31-33页 |
| 2.3.2 凡纳滨对虾转座子转录本与远缘物种具有高相似度 | 第33-35页 |
| 2.3.3 凡纳滨对虾转座子家族的进化分析 | 第35-41页 |
| 2.3.4 凡纳滨对虾转座子转录本的潜在生物学功能分析 | 第41-44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-45页 |
| 2.4.1 本研究中进化分析的可靠性 | 第44页 |
| 2.4.2 影响转座子水平转移的因素 | 第44-45页 |
| 2.4.3 水平转移转座子的生物学意义 | 第45页 |
| 2.5 小结 | 第45-46页 |
| 第三章 不同物种间单拷贝基因的水平转移 | 第46-77页 |
| 3.1 引言 | 第46-47页 |
| 3.2 理论背景 | 第47-49页 |
| 3.2.1 统计语言模型 | 第47页 |
| 3.2.2 齐夫定律 | 第47-48页 |
| 3.2.3 词频与逆文本频率指数 | 第48页 |
| 3.2.4 生物序列与自然语言 | 第48-49页 |
| 3.3 材料与方法 | 第49-55页 |
| 3.3.1 计算资源 | 第49页 |
| 3.3.2 基因中保守片断（“词”）的提取 | 第49-50页 |
| 3.3.3 词的计数 | 第50-51页 |
| 3.3.4 27 个物种的Uni Gene | 第51-52页 |
| 3.3.5 标记法及度量 | 第52-53页 |
| 3.3.6 使用Dis判断潜在水平基因转移 | 第53-54页 |
| 3.3.7 进一步的验证 | 第54页 |
| 3.3.8 基因组水平的序列比对 | 第54-55页 |
| 3.4 结果 | 第55-73页 |
| 3.4.1 保守的词及其特征 | 第55-57页 |
| 3.4.2 TF-IDF对于异常词的过滤作用 | 第57-59页 |
| 3.4.3 用Dis判断潜在的水平基因转移 | 第59-63页 |
| 3.4.4 潜在水平转移序列的进一步验证 | 第63-67页 |
| 3.4.5 水平转移涉及的物种及基因 | 第67-71页 |
| 3.4.6 水平基因转移在基因组水平的证据 | 第71-73页 |
| 3.5 讨论 | 第73-76页 |
| 3.5.1 与类似方法的比较 | 第73-74页 |
| 3.5.2 水平基因转移在水生动物之间发生的倾向性 | 第74页 |
| 3.5.3 管家基因，水平转移还是水平替换？ | 第74-75页 |
| 3.5.4 一种可能真核生物水平基因转移机制 | 第75-76页 |
| 3.6 小结 | 第76-77页 |
| 第四章 结论与创新点 | 第77-78页 |
| 4.1 结论 | 第77页 |
| 4.2 创新点 | 第77页 |
| 4.3 进一步研究内容 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-89页 |
| 附录 | 第89-163页 |
| 附录1 395 条转座子转录本的详细信息 | 第89-99页 |
| 附录2 其余6个凡纳滨对虾转座子家族的Fast Tree树 | 第99-104页 |
| 附录3 10 个凡纳滨对虾转座子家族的RAx ML树 | 第104-113页 |
| 附录4 查找词在序列中出现次数的Python模块 | 第113-117页 |
| 附录5 其余Uni Gene序列的进化树 | 第117-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 作者简介 | 第164页 |
