| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 符号说明 | 第11-12页 |
| 第一部分 Tse3和Tse3-Tsi3复合物的结构和功能研究 | 第12-118页 |
| 第一章 前言 | 第12-40页 |
| ·细菌的分泌系统简介 | 第12-15页 |
| ·T6SS的结构组成 | 第15-21页 |
| ·T6SS分泌系统的组装,组分循环模型 | 第21-22页 |
| ·T6SS表达组装的调控 | 第22-23页 |
| ·T6SS的效应蛋白 | 第23-32页 |
| ·降解细胞壁的效应因子 | 第25-30页 |
| ·降解细胞膜的效应因子 | 第30-31页 |
| ·降解核酸的效应因子 | 第31页 |
| ·其它的一些效应因子 | 第31-32页 |
| ·T6SS底物的运输机制 | 第32-34页 |
| ·T6SS在细菌中的作用 | 第34-37页 |
| ·T6SS在细菌拮抗中的作用 | 第34-35页 |
| ·T6SS其它可能的作用 | 第35-36页 |
| ·T6SS在人类疾病中的作用 | 第36-37页 |
| ·本文的研究目的和内容 | 第37-40页 |
| 第二章 Tse3和Tse3-Tsi3复合物的表达纯化及晶体筛选 | 第40-64页 |
| ·Tse3蛋白分析和片段截取 | 第40-41页 |
| ·Tsi3蛋白的片段截取 | 第41-42页 |
| ·材料 | 第42-47页 |
| ·菌株、基因组和载体 | 第42-43页 |
| ·化学试剂、克隆和限制性内切酶及服务 | 第43页 |
| ·主要仪器 | 第43-44页 |
| ·主要缓冲液的配制 | 第44-47页 |
| ·实验方法 | 第47-52页 |
| ·原核表达载体构建 | 第47-50页 |
| ·相应蛋白质的表达纯化 | 第50-51页 |
| ·硒代蛋白质的纯化 | 第51-52页 |
| ·实验结果 | 第52-56页 |
| ·Tse3蛋白的纯化 | 第52-53页 |
| ·Tsi3蛋白的纯化 | 第53-54页 |
| ·Tse3-Tsi3复合物的纯化 | 第54-55页 |
| ·硒代蛋白的纯化 | 第55-56页 |
| ·Tse3和Tse3-Tsi3蛋白复合物的晶体的筛选及优化 | 第56-61页 |
| ·晶体的培养方法 | 第56-58页 |
| ·Tse3母体蛋白的晶体生长 | 第58-59页 |
| ·Tse3硒代蛋白的晶体生长 | 第59-60页 |
| ·Tsi3晶体的筛选 | 第60页 |
| ·Tse3-Tsi3复合物晶体的筛选和优化 | 第60-61页 |
| ·本章小结 | 第61-64页 |
| 第三章 Tse3及Tse3-Tsi3复合物晶体结构的解析 | 第64-72页 |
| ·结构解析的基本原理 | 第64-70页 |
| ·晶体衍射的基本原理 | 第64-65页 |
| ·结构因子和电子密度 | 第65-66页 |
| ·衍射数据的收集和数据处理 | 第66-68页 |
| ·相角求解和模型搭建 | 第68-70页 |
| ·结构精修 | 第70页 |
| ·实验结果 | 第70-72页 |
| 第四章 Tse3及Tse3-Tsi3复合物的结构分析和功能研究 | 第72-118页 |
| ·实验材料 | 第72-73页 |
| ·实验的菌种,表达载体 | 第72页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第72-73页 |
| ·实验方法 | 第73-81页 |
| ·定点突变 | 第73-74页 |
| ·细胞毒性试验及WB实验 | 第74-75页 |
| ·脂质体的制备 | 第75-77页 |
| ·蛋白的膜结合实验(脂质体共沉降实验,Copelleting Assay) | 第77页 |
| ·肽聚糖的制备实验 | 第77页 |
| ·高效液相色谱法检测Tse3及其突变体的酶活 | 第77-78页 |
| ·高效液相色谱法检测Tse3的几丁质酶活性 | 第78页 |
| ·圆二色谱检测蛋白质的二级结构 | 第78页 |
| ·动态光散射(dynamic light scattering,DLS) | 第78-79页 |
| ·表面等离子共振(surface plasmon resonance,SPR) | 第79-81页 |
| ·电感耦合等离子体原子发射光谱法(ICP-AES)测量Tse3及Tse3-Tsi3复合物中金属离子含量 | 第81页 |
| ·实验结果 | 第81-110页 |
| ·Tse3的整体结构 | 第81-85页 |
| ·Tse3在钙离子存在下直接和膜结合 | 第85-91页 |
| ·Tse3的膜结合能力是其发挥活性所必需的 | 第91-94页 |
| ·膜结合激活Tse3的可能机制 | 第94-95页 |
| ·Tse3底物结合位点的结构 | 第95-98页 |
| ·Tse3底物结合凹槽的钙结合位点 | 第98-100页 |
| ·活性中心和可能的催化机制 | 第100-105页 |
| ·Tse3-Tsi3复合物结构 | 第105-109页 |
| ·Tsi3抑制Tse3的分子机制 | 第109-110页 |
| ·讨论 | 第110-116页 |
| ·Tse3是一个新颖的G型溶菌酶 | 第110-112页 |
| ·Tse3和Tge2效应蛋白的结构比较 | 第112-113页 |
| ·Tsi3是一个新颖的G型溶菌酶抑制剂 | 第113-114页 |
| ·Tse3和T6SS的运输 | 第114-116页 |
| ·本章总结 | 第116-118页 |
| 第二部分 STING蛋白的结构和功能研究 | 第118-136页 |
| 第一章 前言 | 第118-124页 |
| ·TLR9介导的DNA信号通路 | 第119页 |
| ·DAI/ZBPl和PolⅢ介导的胞内DNA信号通路 | 第119-120页 |
| ·STING介导的DNA信号通路 | 第120-121页 |
| ·PYHIN家族的蛋白在DNA信号转导中的作用 | 第121-122页 |
| ·DExD/H-Box Helicases介导的DNA信号通路 | 第122页 |
| ·本文研究目的和内容 | 第122-124页 |
| 第二章 h-STING~(CTD)蛋白的结构和功能研究 | 第124-136页 |
| ·h-STING~(CTD)蛋白的晶体生长和结构解析 | 第124-125页 |
| ·h-STING~(CTD)和h-STING~(CTD)-c-di-GMP的整体结构 | 第125-128页 |
| ·C-di-GMP和h-STING~(CTD)的作用方式 | 第128-129页 |
| ·C-di-GMP激活STING信号通路的机制 | 第129-131页 |
| ·讨论 | 第131-134页 |
| ·本章总结 | 第134-136页 |
| 全文总结 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-152页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第152-154页 |
| 致谢 | 第154-155页 |
| 附录 | 第155-180页 |
| 附表 | 第180页 |
