| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 縮略词表 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-20页 |
| 1 DHAV-1和DHAV-1研究进展 | 第10-13页 |
| ·DHAV-1流行和危害 | 第10-11页 |
| ·国外DHAV-1流行现状 | 第10页 |
| ·国内DHAV-1流行现状 | 第10-11页 |
| ·DHAV-1的危害 | 第11页 |
| ·DHAV-1及其特性 | 第11页 |
| ·DHAV-1的形态与结构 | 第11页 |
| ·DHAV-1的理化特性 | 第11页 |
| ·DHAV-1的宿主特异性 | 第11页 |
| ·DHAV-1的分子学特性 | 第11-12页 |
| ·DHAV-1的致病机理 | 第12-13页 |
| 2 RNA-Seq | 第13-17页 |
| ·RNA-Seq技术的流程 | 第13-14页 |
| ·RNA-Seq数据处理 | 第14-16页 |
| ·RNA-Seq技术在筛选疾病相关基因中的应用 | 第16-17页 |
| 3 高通量测序 | 第17-18页 |
| ·三种常见的测序平台 | 第17-18页 |
| ·Illumina测序 | 第17页 |
| ·454测序 | 第17-18页 |
| ·SOLiD测序 | 第18页 |
| 4 荧光定量PCR | 第18-19页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 DHAV-1感染雏鸭的组织RNA-Seq | 第20-51页 |
| 1 材料与方法 | 第20-28页 |
| ·主要仪器 | 第20页 |
| ·试剂 | 第20-21页 |
| ·主要溶液及其配置 | 第21页 |
| ·病毒 | 第21-22页 |
| ·病毒的来源 | 第21页 |
| ·病毒的增殖 | 第21页 |
| ·鸭胚半数致死量(DELD_(50))的测定 | 第21-22页 |
| ·动物实验 | 第22页 |
| ·试验鸭胚、雏鸭 | 第22页 |
| ·动物模型的建立 | 第22页 |
| ·组织光学检查 | 第22页 |
| ·病毒检测 | 第22-24页 |
| ·病毒RNA提取 | 第22-23页 |
| ·病毒cDNA合成 | 第23页 |
| ·病毒PCR检测 | 第23-24页 |
| ·RNA-Seq测序的样品准备 | 第24页 |
| ·组织RNA的提取 | 第24页 |
| ·组织RNA的质量检测 | 第24页 |
| ·测序 | 第24页 |
| ·测序结果分析 | 第24-25页 |
| ·差异表达基因的PCR验证 | 第25页 |
| ·引物设计 | 第25页 |
| ·半定量PCR及定量PCR | 第25-28页 |
| ·组织cDNA的合成 | 第25-26页 |
| ·PCR模板浓度的调整 | 第26页 |
| ·半定量PCR反应 | 第26-27页 |
| ·荧光定量PCR检测 | 第27-28页 |
| 2 实验结果 | 第28-42页 |
| ·鸭胚半数致死量(DELD_(50))的测定结果 | 第28页 |
| ·动物实验结果 | 第28-29页 |
| ·DHAV-1感染组织的病毒检测结果 | 第29-30页 |
| ·雏鸭组织总RNA的提取结果 | 第30-31页 |
| ·高通量测序结果评估 | 第31-36页 |
| ·与参考基因组和参考基因进行比对分析 | 第31-32页 |
| ·测序随机性评价 | 第32-33页 |
| ·Reads在参考基因组上的分布 | 第33-34页 |
| ·基因覆盖度统计 | 第34-35页 |
| ·测序饱和度分析 | 第35-36页 |
| ·基因表达量统计 | 第36-38页 |
| ·基因表达量注释 | 第36页 |
| ·实验重复性分析 | 第36-38页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第38页 |
| ·差异基因表达模式聚类分析 | 第38-40页 |
| ·差异基因在NCBI上的参考信息 | 第40页 |
| ·半定量及定量PCR的结果 | 第40-42页 |
| ·半定量PCR结果 | 第40-41页 |
| ·荧光定量PCR的结果 | 第41-42页 |
| 3 讨论 | 第42-50页 |
| ·实验动物疾病模型的建立 | 第42页 |
| ·RNA-seq技术的应用 | 第42-44页 |
| ·RNA-seq技术在筛选相关疾病基因中的应用 | 第42-43页 |
| ·应用RNA-seq筛选雏鸭对DHAV-1感染的应答基因 | 第43页 |
| ·雏鸭对DHAV-1感染应答基因的鉴定 | 第43页 |
| ·荧光定量PCR分析宿主应答基因的差异表达 | 第43-44页 |
| ·鸭DHAV-1感染应答基因的筛选及其意义 | 第44-49页 |
| ·PVALB基因 | 第45页 |
| ·DNTT基因 | 第45页 |
| ·RAG基因 | 第45-46页 |
| ·VSIG1基因 | 第46页 |
| ·Hsp25基因 | 第46页 |
| ·Edar基因 | 第46-47页 |
| ·IGF1基因 | 第47页 |
| ·CYP7A基因 | 第47页 |
| ·VDHAP基因 | 第47-48页 |
| ·HKDC1基因 | 第48页 |
| ·DHAV-1的可能致病机制 | 第48-49页 |
| ·利用鸡基因做参照的可能性 | 第49-50页 |
| 4 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 附表 | 第61-70页 |