| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-35页 |
| 第一章 植物WRKY转录因子超家族 | 第15-22页 |
| 1.植物的转录因子概述 | 第15-16页 |
| ·水稻转录因子家族 | 第15-16页 |
| ·拟南芥转录因子家族 | 第16页 |
| 2.植物WRKY转录因子超家族的结构及功能 | 第16-21页 |
| ·WRKY蛋白的结构域 | 第16-17页 |
| ·其它结构域 | 第17页 |
| ·WRKY蛋白与W盒的结合 | 第17-18页 |
| ·WRKY转录因子的生物学功能 | 第18-21页 |
| ·WRKY蛋白质参与防卫反应信号途径 | 第18-20页 |
| ·WRKY蛋白质参与激素信号途径 | 第20页 |
| ·WRKY蛋白质与发育和代谢过程 | 第20页 |
| ·WRKY蛋白质对非生物胁迫的反应 | 第20-21页 |
| 3.拟南芥及水稻WRKY转录因子家族的全基因组鉴定分析 | 第21-22页 |
| 第二章 植物比较基因组与分子进化研究 | 第22-30页 |
| 1.高等植物基因组测序研究进展 | 第22-24页 |
| ·拟南芥(Arabidopsisthaliana)基因组测序 | 第22页 |
| ·水稻(Oryzasativa)的基因组测序计划 | 第22-23页 |
| ·国际水稻基因组测序计划(粳稻基因组精细图谱) | 第22-23页 |
| ·水稻基因组草图测序计划 | 第23页 |
| ·杨树(毛果杨，Populustrichocarpa)基因组测序计划 | 第23-24页 |
| ·其它模式植物及重要农作物的测序 | 第24页 |
| 2.比较基因组的研究内容 | 第24-27页 |
| ·基因家族的比较分析——蛋白质组的比较 | 第25-27页 |
| ·家族和域的分析 | 第25-26页 |
| ·蛋白质组的分析 | 第26-27页 |
| ·古保守区 | 第27页 |
| ·水平基因转移 | 第27页 |
| 3.分子进化 | 第27-30页 |
| ·分子进化的概念 | 第28页 |
| ·生物大分子进化的特点 | 第28-29页 |
| ·生物大分子进化速率相对恒定 | 第28-29页 |
| ·生物大分子进化的“保守性” | 第29页 |
| ·进化的分子钟 | 第29页 |
| ·氨基酸序列与种系发生 | 第29-30页 |
| 第三章 植物转录因子的表达谱研究方法 | 第30-35页 |
| 1.Northern印迹与反转录PCR | 第30页 |
| 2.CDNA微阵列技术(Microarray or Macroarray) | 第30-32页 |
| 3.实时荧光定量反转录PCR(Real-time RT-PCR) | 第32-33页 |
| ·实时荧光定量PCR原理 | 第32-33页 |
| ·几种传统定量PCR方法简介 | 第33页 |
| 4.植物转录因子的表达谱研究方法应用比较 | 第33-34页 |
| 5.实验选题依据以及目的意义 | 第34-35页 |
| ·选题依据 | 第34页 |
| ·研究的目的意义 | 第34页 |
| ·研究内容的创新之处 | 第34-35页 |
| 第二部分 研究论文 | 第35-95页 |
| 第四章 水稻WRKY转录因子超家族的分析 | 第36-55页 |
| 1.材料与方法 | 第36-38页 |
| ·数据库及数据查询 | 第36页 |
| ·基因注释 | 第36页 |
| ·序列比对及进化树构建 | 第36-38页 |
| ·序列比对 | 第36-37页 |
| ·进化树的构建 | 第37页 |
| ·自展值分析 | 第37页 |
| ·阴影框标记 | 第37-38页 |
| 2.结果与分析 | 第38-44页 |
| ·水稻WRKY转录因子形成一个超家族 | 第38页 |
| ·水稻WRKY结构域编码序列内含子剪接的保守性 | 第38-39页 |
| ·以WRKY域对WRKY基因进行系统发育分析及分组 | 第39-41页 |
| ·OsWRKY转录因子各组及亚组的WRKY域比较分析 | 第41-42页 |
| ·进化树构建效果的检验与自展值分析 | 第42-43页 |
| ·水稻WRKY基因的系统发育分析 | 第43页 |
| ·WRKY基因之间WRKY域的重排现象 | 第43-44页 |
| ·籼稻WRKY基因家族 | 第44页 |
| 3.讨论 | 第44-55页 |
| ·较为系统完整的水稻WRKY基因家族数据 | 第44-45页 |
| ·关于WRKY基因的系统发育分析及分组 | 第45-55页 |
| 第五章 拟南芥WRKY转录因子超家族的分析 | 第55-65页 |
| 1.材料与方法 | 第55页 |
| ·数据查询 | 第55页 |
| ·序列比对及进化树构建 | 第55页 |
| 2.结果与分析 | 第55-58页 |
| ·拟南芥WRKY基因家族的组成 | 第55-56页 |
| ·以WRKY域对WRKY基因进行系统发育分析及分组 | 第56页 |
| ·AtWRKY转录因子各组及亚组的WRKY域比较分析 | 第56-57页 |
| ·进化树构建效果的检验与自展值分析 | 第57页 |
| ·拟南芥WRKY基因的系统发育分析 | 第57-58页 |
| ·WRKY基因之间WRKY域的重排现象 | 第58页 |
| 3.讨论 | 第58-65页 |
| ·拟南芥WRKY基因家族的组成、系统发育分析及分组 | 第58-65页 |
| 第六章 水稻与拟南芥WRKY基因家族的比较分析 | 第65-81页 |
| 1.材料与方法 | 第65页 |
| ·材料 | 第65页 |
| ·方法 | 第65页 |
| 2.结果分析 | 第65-70页 |
| ·水稻和拟南芥WRKY域的比较 | 第65-66页 |
| ·水稻和拟南芥WRKY基因家族的系统发育分析 | 第66页 |
| ·水稻及拟南芥WRKY基因亚家族数量的比较 | 第66-67页 |
| ·WRKY保守域的变异 | 第67-69页 |
| ·WRKY结构域核心序列WRKYGQK的变异 | 第67页 |
| ·WRKY结构域锌指区的变异 | 第67页 |
| ·水稻和拟南芥中几种特殊的WRKY域变异类型 | 第67-69页 |
| ·水稻WRKY基因的重复现象 | 第69-70页 |
| 3.讨论 | 第70-81页 |
| ·水稻及拟南芥WRKY基因亚家族数量的变化与进化 | 第70页 |
| ·WRKY域内保守内含子的剪接位点 | 第70-72页 |
| ·基因重复与变异 | 第72-81页 |
| 第七章 其它物种的WRKY基因数据分析及WRKY基因的进化 | 第81-89页 |
| 1.材料与方法 | 第81页 |
| ·数据库及数据查询 | 第81页 |
| ·进化树的构建 | 第81页 |
| 2.结果与分析 | 第81-83页 |
| ·主要的植物代表物种WRKY结构域的获得 | 第81-82页 |
| ·主要的植物代表物种的WRKY域的系统发育分析 | 第82-83页 |
| 3.讨论 | 第83-89页 |
| ·WRKY基因的起源 | 第83-84页 |
| ·WRKY基因的扩增与基因重复 | 第84页 |
| ·WRKY基因的亚家族分化 | 第84-85页 |
| ·内含子剪接与基因的进化 | 第85-89页 |
| 第八章 水稻WRKY基因的表达谱研究 | 第89-95页 |
| 1.材料与方法 | 第89-91页 |
| ·材料 | 第89页 |
| ·方法 | 第89-91页 |
| 2.结果分析 | 第91页 |
| 3.讨论 | 第91-95页 |
| 小结 | 第95-96页 |
| 发表论文 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-106页 |
