苏云金芽胞杆菌代谢网络的重建与分析
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-14页 |
| ·生物信息学与系统生物学 | 第7-9页 |
| ·生物信息学 | 第7页 |
| ·系统生物学 | 第7-9页 |
| ·代谢网络的研究内容与现状 | 第9-11页 |
| ·研究意义与主要研究内容 | 第11-14页 |
| ·立论依据 | 第11-12页 |
| ·主要研究内容 | 第12-14页 |
| 第二章 重建苏云金芽胞杆菌代谢网络 | 第14-23页 |
| ·引言 | 第14页 |
| ·网络重建：数据类型 | 第14-17页 |
| ·生物化学信息 | 第15页 |
| ·基因组注释信息 | 第15-17页 |
| ·其它信息 | 第17页 |
| ·网络重建：方法 | 第17-20页 |
| ·网络重建：精炼 | 第20-21页 |
| ·网络重建：实现和表示 | 第21-22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 第三章 苏云金芽胞杆菌代谢网络拓扑结构分析 | 第23-31页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·蝴蝶结结构 | 第23-26页 |
| ·小世界效应 | 第26-27页 |
| ·节点度分布 | 第27-28页 |
| ·鲁棒性（弹性） | 第28-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第四章 苏云金芽胞杆菌代谢网络模块化分析 | 第31-45页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·基本概念 | 第31-32页 |
| ·代表性算法简介 | 第32-35页 |
| ·Kernighan-Lin 算法 | 第32-33页 |
| ·分裂算法 | 第33页 |
| ·凝聚算法 | 第33页 |
| ·基于代谢通量的网络模块化分析方法 | 第33-34页 |
| ·基于层次结构的网络模块化分析方法 | 第34页 |
| ·模拟退火算法 | 第34-35页 |
| ·网络分解 | 第35-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 苏云金芽胞杆菌代谢网络代谢途径分析 | 第45-54页 |
| ·引言 | 第45页 |
| ·两种代谢途径分析方法 | 第45-47页 |
| ·基元模式及其应用 | 第45-46页 |
| ·极端途径及其应用 | 第46-47页 |
| ·两种方法的比较 | 第47页 |
| ·代谢途径分析实例：PHB 代谢 | 第47-53页 |
| ·简介 | 第47页 |
| ·数据集 | 第47-50页 |
| ·方法 | 第50-51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-55页 |
| ·论文总结 | 第54页 |
| ·工作展望 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第62页 |
