| 主要创新点 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 前言 | 第10-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-26页 |
| ·生物信息学概述 | 第16-18页 |
| ·研究内容现状与内容 | 第18-20页 |
| ·本文涉及到的几个生物概念 | 第20-24页 |
| ·中心法则 | 第20-21页 |
| ·蛋白质及其结构 | 第21-23页 |
| ·细胞膜与膜蛋白 | 第23-24页 |
| ·本论文的主要内容及结果 | 第24-26页 |
| 第二章 基于二面角序列的蛋白质结构比对 | 第26-38页 |
| ·结构比对简介 | 第26-27页 |
| ·结构比对的相关工作 | 第26-27页 |
| ·本文方法 | 第27-32页 |
| ·计算蛋白质肽链的二面角序列 | 第27-28页 |
| ·二面角的处理 | 第28-29页 |
| ·动态时间规整算法比对带方向的二面角序列 | 第29-30页 |
| ·距离的修正 | 第30-32页 |
| ·结果和讨论 | 第32-36页 |
| ·DTW比对后的修正距离Dist服从广义极值分布 | 第32页 |
| ·角度序列得分的统计估计 | 第32-33页 |
| ·基于Dist的蛋白质结构分类 | 第33-34页 |
| ·和其它结构比较算法的比较 | 第34-36页 |
| ·讨论 | 第36页 |
| ·小结 | 第36-38页 |
| 第三章 基于快速傅里叶变换的膜蛋白功能分类模型 | 第38-46页 |
| ·膜蛋白简介 | 第38-39页 |
| ·膜蛋白研究现状 | 第38-39页 |
| ·方法 | 第39-41页 |
| ·数据集 | 第39页 |
| ·特征选择 | 第39-41页 |
| ·模型选择和评价标准 | 第41页 |
| ·结果和讨论 | 第41-45页 |
| ·三种不同功能的膜运输蛋白的分类结果 | 第41-42页 |
| ·对每两个不同功能的膜运输蛋白进行分类 | 第42页 |
| ·FFT数据长度的影响 | 第42-44页 |
| ·物理化学性质对结果的影响 | 第44-45页 |
| ·小结 | 第45-46页 |
| 第四章 基于序列和局部结构嫡的蛋白质折叠速率预测模型 | 第46-56页 |
| ·蛋白质折叠问题简介 | 第46-49页 |
| ·预测蛋白质折叠速率相关工作 | 第46-49页 |
| ·蛋白质折叠数据和方法 | 第49-52页 |
| ·模型设计 | 第49-50页 |
| ·评价指标 | 第50页 |
| ·特征设计 | 第50-51页 |
| ·特征选择 | 第51-52页 |
| ·结果和讨论 | 第52-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第五章 基于序列以及残基活性和溶剂可及面积的蛋白质折叠速率预测模型 | 第56-78页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·数据集 | 第56页 |
| ·模型设计以及评价指标 | 第56-58页 |
| ·相对溶剂性和活性,稳定性 | 第57页 |
| ·二级结构 | 第57-58页 |
| ·特征设计 | 第58-59页 |
| ·特征选择 | 第59-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-65页 |
| ·影响折叠速率的因素 | 第61-65页 |
| ·和其他方法的比较 | 第65-70页 |
| ·例证 | 第70-73页 |
| ·基于其他特征的回归模型 | 第73-75页 |
| ·小结 | 第75-78页 |
| 第六章 原核生物基因组的CDS与ORF序列分析 | 第78-86页 |
| ·引言 | 第78页 |
| ·原核生物基因组的CDS序列分析 | 第78-81页 |
| ·基因组序列 | 第79页 |
| ·CDS序列的一些特性 | 第79-80页 |
| ·以S.Coelicolor为例的统计情况 | 第80-81页 |
| ·ORF序列组的定义与生成算法 | 第81-82页 |
| ·ORF序列参数 | 第81页 |
| ·ORF序列组的定义与性质 | 第81-82页 |
| ·集合MORF(A,p_0)的生成算法 | 第82-83页 |
| ·实例计算 | 第83-84页 |
| ·ORF的的搜索与计算结果 | 第83页 |
| ·CDS与MORF序列的比较 | 第83-84页 |
| ·小结 | 第84-86页 |
| ·注意的问题 | 第84-86页 |
| 第七章 结论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-106页 |
| 致谢 | 第106-108页 |
| 附录 | 第108-112页 |
| 个人简历 | 第112页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第112页 |