| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 1 Introduction | 第11-17页 |
| ·RNA and its structures | 第11-14页 |
| ·The RNA-RNA interaction problems | 第14-17页 |
| 2 RNA tertiary contacts:tangles | 第17-50页 |
| ·Young tableaux,RSK insertion and extraction | 第17-19页 |
| ·Tangled diagrams and vacillating tableaux | 第19-22页 |
| ·The bijection | 第22-29页 |
| ·Enumeration | 第29-35页 |
| ·Random k-noncrossing partitions | 第35-42页 |
| ·Random 2-regular,k-noncrossing partitions | 第42-50页 |
| 3 Partition function and basepair probabilities of RIP problem | 第50-77页 |
| ·Mathematical model:joint structures | 第50-56页 |
| ·The dynamic program of partition function | 第56-66页 |
| ·Base pairing probabilities | 第66-70页 |
| ·Computational result | 第70-77页 |
| 4 Target prediction and a statistical sampling algorithm for RNA-RNA interaction | 第77-93页 |
| ·The hybrid-grammar | 第77-84页 |
| ·Hybrid-probabilities | 第84-86页 |
| ·Boltzmann sampling | 第86-87页 |
| ·Computational results | 第87-89页 |
| ·Contrasting the rip1- and rip2-grammars | 第89-93页 |
| 5 RNA-RNA interaction prediction based on multiple sequence alignments | 第93-107页 |
| ·Multiple sequence alignments and compatibility | 第93-96页 |
| ·Loop-energy of joint structures of alignments | 第96-97页 |
| ·The grammar of canonical joint structures and the partition function | 第97-99页 |
| ·Probabilities and the Boltzmann sampling | 第99-100页 |
| ·Conclusion | 第100-107页 |
| Bibliography | 第107-113页 |
| Acknowledgement | 第113-115页 |
| Resume | 第115-116页 |
