| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-35页 |
| 1.1 课题背景和意义 | 第10-15页 |
| 1.1.1 表面活性剂材料的特性及其应用 | 第10-12页 |
| 1.1.2 香精分子的性质及研究 | 第12-13页 |
| 1.1.3 分子动力学模拟在研究表面活性剂材料性质方面的应用 | 第13-14页 |
| 1.1.4 分子力场应用的瓶颈 | 第14-15页 |
| 1.2 计算方法 | 第15-33页 |
| 1.2.1 全原子分子力场 | 第16-24页 |
| 1.2.2 粗粒化分子力场 | 第24-28页 |
| 1.2.3 分子动力学模拟方法 | 第28-33页 |
| 1.3 本文的研究内容和目的 | 第33-35页 |
| 第二章 分子动力学模拟预测表面活性剂在表面与溶液的平衡分布 | 第35-54页 |
| 2.1 背景介绍 | 第35-36页 |
| 2.2 模型和方法 | 第36-39页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第39-52页 |
| 2.3.1 平衡 | 第39-43页 |
| 2.3.2 表面浓度和性质 | 第43-46页 |
| 2.3.3 溶液结构和性质 | 第46-52页 |
| 2.4 本章小结 | 第52-54页 |
| 第三章 香精分子的粗粒化力场开发及香精-表面活性剂溶液自组装结构的模拟 | 第54-77页 |
| 3.1 背景介绍 | 第54-55页 |
| 3.2 方法 | 第55-61页 |
| 3.2.1 粗粒化模型与映射 | 第55-57页 |
| 3.2.2 分子内参数 | 第57页 |
| 3.2.3 分子间参数 | 第57-58页 |
| 3.2.4 参数化模型 | 第58-59页 |
| 3.2.5 模拟条件 | 第59-60页 |
| 3.2.6 研究模型 | 第60-61页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第61-75页 |
| 3.3.1 粗粒化模型的建立 | 第61-64页 |
| 3.3.2 香精分子对SDS自组装过程的动力学影响 | 第64-68页 |
| 3.3.3 香精分子对SDS胶束组成大小的影响 | 第68-72页 |
| 3.3.4 香精分子在SDS胶束中的分布 | 第72-75页 |
| 3.4 本章小结 | 第75-77页 |
| 第四章 搭建开放的、可继承的、灵活的网络力场平台 | 第77-101页 |
| 4.1 背景介绍 | 第77-80页 |
| 4.2 WebFF框架 | 第80-81页 |
| 4.3 功能组成 | 第81-89页 |
| 4.3.1 网络平台设计及安全 | 第81-82页 |
| 4.3.2 分子拓扑和指定原子类型 | 第82-83页 |
| 4.3.3 力场数据库 | 第83-84页 |
| 4.3.4 力场类型和支持的力场形式 | 第84-87页 |
| 4.3.5 搜索和力场的混合使用 | 第87-88页 |
| 4.3.6 上传力场 | 第88页 |
| 4.3.7 支持的模拟引擎 | 第88-89页 |
| 4.4 存储库中包含的力场 | 第89-90页 |
| 4.5 示例和讨论 | 第90-96页 |
| 4.5.1 上传TAFF力场 | 第90-94页 |
| 4.5.2 混合两个AMBER形式的力场 | 第94-96页 |
| 4.5.3 上传GAFF力场 | 第96页 |
| 4.6 力场验证 | 第96-100页 |
| 4.6.1 使用GROMACS验证AMBER形式的力场 | 第97-98页 |
| 4.6.2 使用LAMMPS验证CFF形式的力场 | 第98-100页 |
| 4.7 本章小结 | 第100-101页 |
| 全文总结与展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-119页 |
| 附录一 香精分子的键长、键角和二面角分布对比 | 第119-125页 |
| 附录二 香精分子的粗粒化参数 | 第125-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第135-137页 |
