| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第13-30页 |
| 1.1 黄姑鱼及其遗传学研究现状 | 第13-16页 |
| 1.1.1 黄姑鱼简介 | 第13-14页 |
| 1.1.2 黄姑鱼的遗传研究现状 | 第14-16页 |
| 1.2 DNA测序技术发展概况 | 第16-18页 |
| 1.2.1 第一代测序技术 | 第16页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第16-17页 |
| 1.2.3 第三代测序技术 | 第17页 |
| 1.2.4 10X Genomics技术 | 第17-18页 |
| 1.2.5 Hi-C技术 | 第18页 |
| 1.3 鱼类基因组研究 | 第18-21页 |
| 1.3.1 国外鱼类基因组研究 | 第20页 |
| 1.3.2 国内鱼类基因组研究 | 第20-21页 |
| 1.4 鱼类性别决定研究 | 第21-25页 |
| 1.4.1 鱼类性别决定与分化 | 第22页 |
| 1.4.2 鱼类性别相关分子标记 | 第22-24页 |
| 1.4.3 鱼类性别相关基因 | 第24-25页 |
| 1.5 全基因组关联分析(GWAS) | 第25-27页 |
| 1.5.1 GWAS技术简介 | 第25-26页 |
| 1.5.2 GWAS在鱼类研究中的应用 | 第26-27页 |
| 1.6 本研究的目的、意义及主要内容 | 第27-30页 |
| 第2章 黄姑鱼转录组序列分析 | 第30-40页 |
| 2.1 材料与方法 | 第30-32页 |
| 2.1.1 材料采集 | 第30页 |
| 2.1.2 RNA提取和质量检测 | 第30-31页 |
| 2.1.3 转录组测序文库的构建与测序 | 第31页 |
| 2.1.4 转录组测序数据质量控制与组装 | 第31-32页 |
| 2.1.5 转录组序列注释 | 第32页 |
| 2.2 结果与分析 | 第32-38页 |
| 2.2.1 黄姑鱼转录组测序和拼接 | 第32-33页 |
| 2.2.2 转录组序列功能注释 | 第33-35页 |
| 2.2.3 生长和免疫相关基因的筛选 | 第35-38页 |
| 2.2.4 数据提交 | 第38页 |
| 2.3 讨论 | 第38-39页 |
| 2.4 小结 | 第39-40页 |
| 第3章 基于Illumina测序的黄姑鱼基因组草图绘制与分析 | 第40-60页 |
| 3.1 材料与方法 | 第40-49页 |
| 3.1.1 黄姑鱼的选择与处理 | 第40-42页 |
| 3.1.2 DNA提取和质量检测 | 第42-43页 |
| 3.1.3 Illunima基因组测序文库的构建与测序 | 第43-44页 |
| 3.1.4 测序数据过滤 | 第44页 |
| 3.1.5 基因组Survey分析 | 第44-45页 |
| 3.1.6 基因组序列组装 | 第45-46页 |
| 3.1.7 基因组组装完整性评估 | 第46-47页 |
| 3.1.8 重复序列识别 | 第47页 |
| 3.1.9 基因组注释 | 第47页 |
| 3.1.10 核苷酸多样性分析 | 第47-48页 |
| 3.1.11 亲缘关系和基因家族分析 | 第48-49页 |
| 3.2 结果与分析 | 第49-57页 |
| 3.2.1 Illumina测序数据 | 第49页 |
| 3.2.2 基因组特征预估 | 第49-50页 |
| 3.2.3 基因组草图的构建 | 第50-51页 |
| 3.2.4 基因组组装结果评估 | 第51-52页 |
| 3.2.5 重复序列分析 | 第52-53页 |
| 3.2.6 基因组注释 | 第53-55页 |
| 3.2.7 核苷酸多样性分析 | 第55-56页 |
| 3.2.8 亲缘分析和基因家族 | 第56-57页 |
| 3.2.9 数据提交 | 第57页 |
| 3.3 讨论 | 第57-58页 |
| 3.3.1 黄姑鱼基因组的大小和重复序列及基因注释 | 第57页 |
| 3.3.2 黄姑鱼的遗传多样性 | 第57-58页 |
| 3.3.3 进化分析 | 第58页 |
| 3.4 小结 | 第58-60页 |
| 第4章 基于PacBio测序的黄姑鱼基因组组装与分析 | 第60-77页 |
| 4.1 材料和方法 | 第60-65页 |
| 4.1.1 黄姑鱼材料采集 | 第60页 |
| 4.1.2 DNA提取和质量检测 | 第60页 |
| 4.1.3 测序文库构建和检测方法 | 第60-62页 |
| 4.1.4 数据质量控制 | 第62-63页 |
| 4.1.5 基因组的组装 | 第63-64页 |
| 4.1.6 组装结果评估 | 第64页 |
| 4.1.7 重复序列分析、基因组注释及非编码RNA注释 | 第64-65页 |
| 4.1.8 与遗传图谱和基因组草图的比较 | 第65页 |
| 4.2 结果与分析 | 第65-75页 |
| 4.2.1 测序数据统计 | 第65-66页 |
| 4.2.2 基于PacBio测序、10X Genomics和 Hi-C数据的基因组组装 | 第66-67页 |
| 4.2.3 基因组组装结果评估 | 第67-68页 |
| 4.2.4 基因组重复序列分析 | 第68-69页 |
| 4.2.5 基因组结构和功能注释、非编码RNA注释 | 第69-73页 |
| 4.2.6 遗传图谱、基因组草图与染色体精细图谱的一致性比较 | 第73-75页 |
| 4.3 讨论 | 第75-76页 |
| 4.3.1 黄姑鱼染色体水平的基因组精细图谱 | 第75-76页 |
| 4.3.2 遗传图谱、基因组草图与染色体图谱的共线性 | 第76页 |
| 4.4 小结 | 第76-77页 |
| 第5章 黄姑鱼性别决定候选基因的定位 | 第77-93页 |
| 5.1 材料与方法 | 第77-80页 |
| 5.1.1 实验材料来源与样品采集 | 第77页 |
| 5.1.2 基因组DNA提取和测序 | 第77-78页 |
| 5.1.3 RNA提取和转录组测序 | 第78页 |
| 5.1.4 GWAS分析与分子标记筛选 | 第78-80页 |
| 5.1.5 性腺转录组测序数据分析 | 第80页 |
| 5.1.6 性别决定候选基因筛查与分析 | 第80页 |
| 5.2 结果与分析 | 第80-89页 |
| 5.2.1 SNP标记挖掘和性别决定区域定位 | 第80-84页 |
| 5.2.2 性腺转录组数据分析 | 第84-87页 |
| 5.2.3 性别决定相关候选基因的筛选 | 第87-89页 |
| 5.2.4 数据提交 | 第89页 |
| 5.3 讨论 | 第89-92页 |
| 5.3.1 黄姑鱼性染色体和性别决定区域 | 第89-90页 |
| 5.3.2 转录组差异基因表达分析 | 第90页 |
| 5.3.3 性别决定候选基因 | 第90-92页 |
| 5.4 小结 | 第92-93页 |
| 第6章 总结与展望 | 第93-96页 |
| 6.1 总结 | 第93-94页 |
| 6.2 创新点 | 第94页 |
| 6.3 展望 | 第94-96页 |
| 6.3.1 免疫机制的研究 | 第94-95页 |
| 6.3.2 性别决定机制研究 | 第95页 |
| 6.3.3 全基因组选择育种 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-110页 |
| 在学期间科研成果情况 | 第110页 |
