| 致谢 | 第5-9页 |
| 摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1 甘薯茎腐病和病原菌Dickeya dadantii | 第12-17页 |
| 1.1 甘薯茎腐病 | 第12-13页 |
| 1.2 甘薯茎腐病病原菌Dickeya dadantii | 第13-16页 |
| 1.2.1 形态 | 第13页 |
| 1.2.2 分类地位 | 第13-14页 |
| 1.2.3 Dickeya dadantii致病因子及致病机制 | 第14-16页 |
| 1.3 防治措施 | 第16-17页 |
| 2 细菌性软腐病病原菌的检测和鉴定技术 | 第17-22页 |
| 2.1 传统检测方法 | 第17-18页 |
| 2.2 免疫学检测方法 | 第18页 |
| 2.3 基于聚合酶链式反应(PCR)的检测技术 | 第18-19页 |
| 2.4 基于实时荧光定量PCR (qPCR)的检测技术 | 第19页 |
| 2.5 基于环介导等温扩增法(LAMP)的检测技术 | 第19-20页 |
| 2.6 重组酶聚合酶扩增技术(RPA) | 第20-22页 |
| 3 研究背景和目的 | 第22-23页 |
| 第二章 甘薯茎腐病病原菌的检测 | 第23-54页 |
| 2 材料与方法 | 第25-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-31页 |
| 2.1.1 Dickeya属细菌全基因组信息 | 第25-27页 |
| 2.1.2 供试菌株 | 第27-30页 |
| 2.1.3 主要试剂(盒)及酶 | 第30页 |
| 2.1.4 培养基及缓冲液 | 第30页 |
| 2.1.5 主要设备 | 第30-31页 |
| 2.2 泛基因组学分析 | 第31-32页 |
| 2.3 Dickeya属细菌系统分类 | 第32页 |
| 2.3.1 基于核心基因组编码氨基酸序列进行系统发育分析 | 第32页 |
| 2.3.2 基于全基因组相似度(overall genome relatedness)分类Dickeya属细菌 | 第32页 |
| 2.4 两种基于全基因组序列设计特异性引物的方法 | 第32-35页 |
| 2.4.1 利用find differential primers pipeline设计特异引物 | 第32-34页 |
| 2.4.2 寻找种特异基因和设计引物 | 第34页 |
| 2.4.3 引物特异性验证 | 第34-35页 |
| 2.5 D. dadantii接种土壤和甘薯 | 第35页 |
| 2.5.1 接种土壤 | 第35页 |
| 2.5.2 接种甘薯茎和块根 | 第35页 |
| 2.6 常规PCR和qPCR检测方法 | 第35-36页 |
| 2.6.1 qPCR反应体系及程序 | 第35-36页 |
| 2.6.2 DNA为模板 | 第36页 |
| 2.6.3 以接种样品DNA为模板 | 第36页 |
| 2.7 免疫捕捉PCR检测方法 | 第36-38页 |
| 2.7.1 多抗血清制备 | 第36-37页 |
| 2.7.2 效价测定 | 第37-38页 |
| 2.7.3 多抗血清特异性评价 | 第38页 |
| 2.7.4 免疫捕捉PCR灵敏度测定 | 第38页 |
| 3 结果 | 第38-51页 |
| 3.1 Dickeya属细菌的系统分类 | 第38-42页 |
| 3.1.1 Dickeya属细菌的系统发育关系 | 第38-40页 |
| 3.1.2 基于全基因组相似度分类Dickeya属细菌 | 第40-42页 |
| 3.2 特异性引物设计及验证 | 第42-45页 |
| 3.2.1 基于全基因组序列设计特异性引物 | 第42页 |
| 3.2.2 基于全基因组序列寻找特异基因及特异性引物设计 | 第42-45页 |
| 3.3 甘薯茎腐病菌的检测 | 第45-51页 |
| 3.3.1 常规PCR方法 | 第45-47页 |
| 3.3.2 qPCR方法 | 第47-48页 |
| 3.3.3 免疫捕捉PCR检测方法 | 第48-51页 |
| 3.3.4 三种检测方法比较 | 第51页 |
| 4 讨论 | 第51-54页 |
| 参考文献 | 第54-65页 |
| 附表 | 第65-69页 |
| 作者简介 | 第69页 |
