| 摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-16页 |
| 缩略词表 | 第17-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-36页 |
| 1. 松鼠科简介 | 第18页 |
| 2. 松鼠科物种分类研究 | 第18-21页 |
| 3. 松鼠科物种的分子学研究 | 第21-24页 |
| 3.1 遗传多样性研究 | 第21-22页 |
| 3.2 系统发生和物种厘定研究 | 第22-23页 |
| 3.3 生物地理学研究 | 第23-24页 |
| 4. 我国松鼠物种的研究现状 | 第24-26页 |
| 5. 本研究所用物种介绍 | 第26-28页 |
| 6. 线粒体基因组 | 第28-29页 |
| 7. 线粒体基因组与系统演化研究 | 第29-30页 |
| 8. 分子系统发生计算方法与数据处理 | 第30-35页 |
| 8.1 分子系统发生的原理与方法 | 第30-32页 |
| 8.2 数据划分和模型选择 | 第32-33页 |
| 8.3 不同基因的系统发生能力评估 | 第33-34页 |
| 8.4 基因的系统树差异 | 第34-35页 |
| 9. 本研究的目的和意义 | 第35-36页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第36-50页 |
| 1. 实验样本信息 | 第36-37页 |
| 2. 实验仪器与试剂 | 第37-39页 |
| 2.1 主要实验仪器和试剂 | 第37-39页 |
| 2.2 溶液配制 | 第39页 |
| 3. 线粒体基因组数据的获得 | 第39-44页 |
| 3.1 DNA提取与检测 | 第39-41页 |
| 3.2 PCR扩增 | 第41-42页 |
| 3.3 PCR产物胶回收纯化 | 第42-43页 |
| 3.4 克隆 | 第43-44页 |
| 4. 线粒体基因组数据的拼接注释和特征分析 | 第44-45页 |
| 4.1 序列的拼接和注释 | 第44-45页 |
| 4.2 线粒体基因组结构和特征分析 | 第45页 |
| 5. 系统发生分析方法 | 第45-48页 |
| 5.1 数据来源 | 第45-46页 |
| 5.2 序列处理及分析 | 第46-47页 |
| 5.3 构建系统发生树 | 第47-48页 |
| 6. 不同基因系统发生表现力评估 | 第48-50页 |
| 6.1 不同基因对不同分类阶元的分辨力 | 第48页 |
| 6.2 线粒体不同基因系统发生性能评估 | 第48-50页 |
| 第三章 6种松鼠线粒体全基因组的注释分析 | 第50-83页 |
| 1. 珀氏长吻松鼠(D.pernyi)的线粒体基因组 | 第50-55页 |
| 1.1 线粒体基因组的组成和结构 | 第50-52页 |
| 1.2 蛋白编码基因 | 第52页 |
| 1.3 密码子使用及氨基酸编码 | 第52-53页 |
| 1.4 RNA基因 | 第53-54页 |
| 1.5 非编码区 | 第54-55页 |
| 2. 红腿长吻松鼠(D.pyrrhomerus)线粒体全基因组 | 第55-60页 |
| 2.1 线粒体基因组的组成和结构 | 第55-57页 |
| 2.2 蛋白编码基因 | 第57页 |
| 2.3 密码子使用及氨基酸编码 | 第57-58页 |
| 2.4 RNA基因 | 第58-59页 |
| 2.5 非编码区 | 第59-60页 |
| 3. 赤腹松鼠(C.erythraeus)的线粒体基因组 | 第60-65页 |
| 3.1 线粒体基因组的组成和结构 | 第60-62页 |
| 3.2 蛋白编码基因 | 第62页 |
| 3.3 密码子使用及氨基酸编码 | 第62-63页 |
| 3.4 RNA基因 | 第63-64页 |
| 3.5 非编码区 | 第64-65页 |
| 4. 倭松鼠(T.maritimus)的线粒体基因组 | 第65-70页 |
| 4.1 线粒体基因组的组成和结构 | 第65-67页 |
| 4.2 蛋白编码基因 | 第67页 |
| 4.3 密码子使用及氨基酸编码 | 第67-68页 |
| 4.4 RNA基因 | 第68-69页 |
| 4.5 非编码区 | 第69-70页 |
| 5. 岩松鼠(S.davidianus)的线粒体基因组 | 第70-75页 |
| 5.1 线粒体基因组的组成和结构 | 第70-72页 |
| 5.2 蛋白编码基因 | 第72页 |
| 5.3 密码子使用及氨基酸编码 | 第72-73页 |
| 5.4 RNA基因 | 第73-74页 |
| 5.5 非编码区 | 第74-75页 |
| 6. 达乌尔黄鼠(S.dauricus)的线粒体基因组 | 第75-80页 |
| 6.1 线粒体基因组的组成和结构 | 第75-77页 |
| 6.2 蛋白编码基因 | 第77页 |
| 6.3 密码子使用及氨基酸编码 | 第77-78页 |
| 6.4 RNA基因 | 第78-79页 |
| 6.5 非编码区 | 第79-80页 |
| 7. 松鼠科物种比较基因组学研究 | 第80-83页 |
| 7.1 基因组结构和长度 | 第80-81页 |
| 7.2 氨基酸组成比较 | 第81-82页 |
| 7.3 密码子使用情况比较 | 第82-83页 |
| 第四章 线粒体基因组数据划分分析 | 第83-88页 |
| 1. 结果 | 第83-85页 |
| 1.1 不同先验数据划分策略比较 | 第83-84页 |
| 1.2 最佳数据划分策略 | 第84-85页 |
| 2. 讨论 | 第85-86页 |
| 3. 本章小结 | 第86-88页 |
| 第五章 松鼠科系统发生结果及讨论 | 第88-98页 |
| 1. 结果 | 第88-92页 |
| 1.1 碱基替换饱和性分析 | 第88-90页 |
| 1.2 松鼠科物种系统发生 | 第90-92页 |
| 2. 讨论 | 第92-97页 |
| 3. 本章小结 | 第97-98页 |
| 第六章 线粒体基因组中不同基因系统发生性能的评估 | 第98-120页 |
| 1. 结果 | 第98-114页 |
| 1.1 不同基因构建系统发生树 | 第98-102页 |
| 1.2 线粒体不同基因在不同分类阶元的系统发生分辨力 | 第102-104页 |
| 1.3 线粒体不同基因构建系统发生树的差异 | 第104-109页 |
| 1.4 单个基因系统发生表现力与基因长度的关系 | 第109-114页 |
| 2. 讨论 | 第114-119页 |
| 2.1 不同基因对松鼠科内不同分类阶元的系统发生分辨力 | 第114页 |
| 2.2 不同基因系统发生表现力的差异 | 第114-116页 |
| 2.3 表现力差异的原因 | 第116-117页 |
| 2.4 代表线粒体基因组的基因 | 第117-119页 |
| 3. 本章小结 | 第119-120页 |
| 论文总结 | 第120-122页 |
| 附录 | 第122-140页 |
| 参考文献 | 第140-152页 |
| 致谢 | 第152-153页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第153-155页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第155页 |
