基于二代三代测序序列的热带爪蟾基因组注释
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-20页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-18页 |
| 1.2.1 转录组测序技术 | 第12-16页 |
| 1.2.2 物种基因组注释 | 第16-17页 |
| 1.2.3 热带爪蟾研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 本文的章节安排 | 第18-20页 |
| 第二章 注释流程设计和特色创新 | 第20-28页 |
| 2.1 注释流程的设计背景 | 第20-22页 |
| 2.2 注释流程的设计思路 | 第22-26页 |
| 2.2.1 二代三代序列的转录组组装 | 第23-25页 |
| 2.2.2 基于组装结果的基因组注释 | 第25-26页 |
| 2.3 注释流程特色与创新 | 第26-28页 |
| 第三章 二代三代序列的转录组组装 | 第28-44页 |
| 3.1 数据收集及预处理 | 第28-33页 |
| 3.1.1 测序数据选择与收集 | 第28-31页 |
| 3.1.2 二代测序序列质控 | 第31-32页 |
| 3.1.3 三代测序序列校正 | 第32-33页 |
| 3.2 转录组De novo组装 | 第33-38页 |
| 3.2.1 链特异性序列组装 | 第33-35页 |
| 3.2.2 非链特异性序列组装 | 第35-37页 |
| 3.2.3 转录本序列过滤筛选 | 第37-38页 |
| 3.3 依赖转录本比对组装 | 第38-41页 |
| 3.3.1 PASA比对组装 | 第39-41页 |
| 3.3.2 提取开放型阅读框架 | 第41页 |
| 3.4 有参考基因比对组装 | 第41-44页 |
| 第四章 基于组装结果的基因组注释 | 第44-54页 |
| 4.1 基因结构从头预测 | 第44-49页 |
| 4.1.1 Augustus预测 | 第44-48页 |
| 4.1.2 Snap预测 | 第48-49页 |
| 4.2 基因组注释的整合 | 第49-52页 |
| 4.2.1 注释证据加权 | 第50-51页 |
| 4.2.2 注释证据整合 | 第51-52页 |
| 4.3 基因组注释的完善 | 第52-54页 |
| 第五章 基因组注释的结果与分析 | 第54-66页 |
| 5.1 注释结果整体评估 | 第56-59页 |
| 5.2 注释的新基因情况 | 第59-62页 |
| 5.2.1 新基因的识别 | 第59-61页 |
| 5.2.2 编码能力分析 | 第61-62页 |
| 5.3 基因功能注释分析 | 第62-66页 |
| 5.3.1 基因功能注释 | 第62-64页 |
| 5.3.2 功能注释结果 | 第64-66页 |
| 第六章 总结与展望 | 第66-68页 |
| 6.1 总结 | 第66-67页 |
| 6.2 展望 | 第67-68页 |
| 附录 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 | 第73-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
