| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 研究背景和研究意义 | 第12-14页 |
| 1.2 微生物群落比较的研究现状 | 第14-18页 |
| 1.2.1 基于序列比对的微生物群落比较方法 | 第14-16页 |
| 1.2.2 基于免比对的微生物群落比较方法 | 第16-18页 |
| 1.3 本文的主要工作及创新点 | 第18-20页 |
| 第二章 基于序列比对的群落分析方法的改进 | 第20-28页 |
| 2.1 RBRA计算框架 | 第20页 |
| 2.2 RBRA的实现流程 | 第20-24页 |
| 2.2.1 计算基因的丰度水平 | 第20-21页 |
| 2.2.2 找到作为参考的种子基因 | 第21页 |
| 2.2.3 通过流式DP混合聚类进行联合组装 | 第21-24页 |
| 2.2.4 样本丰度曲线 | 第24页 |
| 2.3 RBRA的具体应用 | 第24-25页 |
| 2.3.1 实验设计 | 第24页 |
| 2.3.2 实验结果 | 第24-25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-28页 |
| 第三章 基于免比对的群落分析方法的改进 | 第28-56页 |
| 3.1 变阶次马尔可夫模型 | 第28-30页 |
| 3.1.1 变阶次马尔可夫模型的定义 | 第29页 |
| 3.1.2 变阶次马尔可夫模型在不同领域的应用 | 第29-30页 |
| 3.2 变阶次马尔可夫模型的实现流程 | 第30-40页 |
| 3.2.1 实现过程流程图 | 第30-31页 |
| 3.2.2 计算k-tuple频度 | 第31-32页 |
| 3.2.3 基于k-tuple频度的相异度计算 | 第32-33页 |
| 3.2.4 用于为高通量测序数据建模的变阶次马尔可夫模型 | 第33-37页 |
| 3.2.5 Beta多样性和评估方式 | 第37-40页 |
| 3.3 基于变阶次马尔可夫模型的微生物群落聚类分析 | 第40-54页 |
| 3.3.1 实验设计 | 第40-42页 |
| 3.3.2 探究仿真的宏转录组数据之间的群落关系 | 第42-43页 |
| 3.3.3 基于海洋真核微生物的18个RNA序列数据的比较 | 第43-45页 |
| 3.3.4 22个海洋微生物真核生物RNA-Seq数据比较 | 第45-47页 |
| 3.3.5 基于88个全球海洋宏转录组样本的比较 | 第47-50页 |
| 3.3.6 基于不同海洋深度的宏转录组样本的梯度关系比较 | 第50-52页 |
| 3.3.7 来自微生物垫的宏转录组样本的梯度关系的比较 | 第52-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-56页 |
| 第四章 微生物群落分析方法应用—人体粪菌移植数据分析 | 第56-64页 |
| 4.1 基于短k-tuple对CDI相关样本进行聚类 | 第56-58页 |
| 4.2 基于长k-tuple对CDI相关样本进行有监督分类 | 第58-61页 |
| 4.2.1 40 tuple特征的过滤 | 第58-59页 |
| 4.2.2 有监督分类模型简介 | 第59-61页 |
| 4.3 本章小结 | 第61-64页 |
| 第五章 总结与展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 攻读硕士学位期间的科研成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
