| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-8页 |
| 第一章 引言 | 第15-24页 |
| 1.1 水产养殖环境中氮素及其来源 | 第15-16页 |
| 1.2 亚硝酸盐危害 | 第16-17页 |
| 1.3 参与亚硝酸盐转化的微生物过程 | 第17-20页 |
| 1.3.1 参与亚硝酸盐转化的微生物过程 | 第17-18页 |
| 1.3.2 参与亚硝酸盐转化的相关酶和功能基因研究进展 | 第18-20页 |
| 1.3.2.1 氨单加氧酶和羟胺氧化酶 | 第18-19页 |
| 1.3.2.2 亚硝酸盐氧化还原酶 | 第19页 |
| 1.3.2.3 硝酸盐还原酶 | 第19页 |
| 1.3.2.4 亚硝酸盐还原酶 | 第19-20页 |
| 1.4 水产养殖环境微生物和氮循环微生物多样性研究 | 第20-23页 |
| 1.5 研究目的和内容 | 第23-24页 |
| 第二章 材料和方法 | 第24-39页 |
| 2.1 仪器和试剂 | 第24-25页 |
| 2.2 凡纳滨对虾高位池选择 | 第25-26页 |
| 2.3 样品采集 | 第26-27页 |
| 2.4 水质因子参数分析和检测方法 | 第27-28页 |
| 2.5 微生物处理及测定方法 | 第28-36页 |
| 2.5.1 微生物滤膜过滤 | 第28页 |
| 2.5.2 水体微生物基因组总DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.5.3 亚硝酸盐转化功能基因PCR扩增 | 第29-31页 |
| 2.5.4 亚硝酸盐转化功能基因PCR扩增产物纯化 | 第31-32页 |
| 2.5.5 克隆文库构建 | 第32-33页 |
| 2.5.6 功能基因系统进化树构建 | 第33页 |
| 2.5.7 质粒标准品构建 | 第33页 |
| 2.5.8 微生物丰度及亚硝酸盐转化功能基因荧光定量PCR分析 | 第33-36页 |
| 2.5.9 微生物16S rRNA基因高通量测序 | 第36页 |
| 2.6 细菌的多样性与群落结构分析 | 第36-38页 |
| 2.6.1 丰富度和多样性评估 | 第36页 |
| 2.6.2 细菌菌群分类和群落结构 | 第36页 |
| 2.6.3 RDA/CCA排序分析 | 第36-38页 |
| 2.7 技术路线图 | 第38-39页 |
| 第三章 结果与分析 | 第39-100页 |
| 3.1 水质参数分析 | 第39-43页 |
| 3.2 不同时期养殖水体中参与亚硝酸盐积累与转化的微生物过程 | 第43-70页 |
| 3.2.1 亚硝酸盐转化功能基因多样性分析 | 第43-65页 |
| 3.2.1.1 细菌氨单加氧酶(AmoA)多样性分析 | 第47-49页 |
| 3.2.1.2 古菌氨单加氧酶(AmoA)多样性分析 | 第49-52页 |
| 3.2.1.3 周质硝酸盐还原酶(NapA)多样性分析 | 第52-55页 |
| 3.2.1.4 膜结合硝酸盐还原酶(NarG)多样性分析 | 第55-58页 |
| 3.2.1.5 铜型亚硝酸盐还原酶(NirK)多样性分析 | 第58-61页 |
| 3.2.1.6 细胞色素cd1型亚硝酸盐还原酶(NirS)多样性分析 | 第61-63页 |
| 3.2.1.7 周质亚硝酸盐还原酶(NrfA)多样性分析 | 第63-65页 |
| 3.2.2 参与亚硝酸盐转化功能基因的丰度变化 | 第65-70页 |
| 3.2.2.1 养殖水体中总细菌和古菌16S rRNA基因丰度变化 | 第65-66页 |
| 3.2.2.2 养殖水体中参与亚硝酸盐转化功能基因丰度变化 | 第66-68页 |
| 3.2.2.3 功能基因丰度与水质参数关系 | 第68-70页 |
| 3.3 不同时期养殖水体中细菌菌群动态变化及其与水质参数的相互关系 | 第70-84页 |
| 3.3.1 Illumina序列多样性评价 | 第70-73页 |
| 3.3.2 主成分和聚类分析 | 第73-74页 |
| 3.3.3 细菌多样性组成 | 第74-82页 |
| 3.3.4 细菌菌群与水质关系 | 第82-84页 |
| 3.4 讨论 | 第84-100页 |
| 3.4.1 不同时期养殖水体中参与亚硝酸盐积累与转化的微生物过程 | 第84-97页 |
| 3.4.1.1 参与亚硝酸盐转化的功能基因多样性变化 | 第85-91页 |
| 3.4.1.2 参与亚硝酸盐转化功能基因丰度变化 | 第91-96页 |
| 3.4.1.3 功能基因丰度与水质参数之间的关系 | 第96-97页 |
| 3.4.2 不同时期养殖水体中细菌菌群动态变化 | 第97-100页 |
| 3.4.2.1 细菌菌群动态变化及氮循环微生物 | 第97-98页 |
| 3.4.2.2 细菌菌群与水质参数的相互关系 | 第98-100页 |
| 第四章 小结与展望 | 第100-103页 |
| 附录 | 第103-124页 |
| 参考文献 | 第124-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 研究成果 | 第137页 |
