富营养条件下红树林土壤微生物多样性及功能基因研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第12-18页 |
| 1.1 红树林生境 | 第12页 |
| 1.1.1 红树林生态系统概括 | 第12页 |
| 1.1.2 红树林湿地沉积物 | 第12页 |
| 1.2 红树林微生物 | 第12-14页 |
| 1.2.1 原核微生物概述 | 第12-13页 |
| 1.2.2 真核微生物概述 | 第13页 |
| 1.2.3 微生物多样性 | 第13页 |
| 1.2.4 微生物资源研究现状 | 第13-14页 |
| 1.3 宏基因组分析 | 第14-15页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第15-16页 |
| 1.5 研究内容 | 第16页 |
| 1.6 实验技术路线 | 第16-18页 |
| 第2章 红树林土壤理化性质分析 | 第18-24页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-19页 |
| 2.1.1 土壤样品 | 第18页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第18页 |
| 2.1.3 实验仪器设备 | 第18-19页 |
| 2.2 实验方法 | 第19-20页 |
| 2.2.1 土壤碳、氮、硫的测定 | 第19页 |
| 2.2.2 土壤有效磷的测定 | 第19页 |
| 2.2.3 土壤电导率的测定 | 第19页 |
| 2.2.4 土壤含水量的测定 | 第19-20页 |
| 2.2.5 土壤pH的测定 | 第20页 |
| 2.2.6 土壤微生物总数的测定 | 第20页 |
| 2.3 结果与分析 | 第20-21页 |
| 2.3.1 土壤理化指标 | 第20页 |
| 2.3.2 理化指标分析 | 第20-21页 |
| 2.4 结论 | 第21-24页 |
| 第3章 红树林土壤细菌及放线菌纯培养的分离鉴定 | 第24-34页 |
| 3.1 材料与方法 | 第24-26页 |
| 3.1.1 培养基 | 第24页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第24页 |
| 3.1.3 实验仪器设备 | 第24页 |
| 3.1.4 PCR引物 | 第24页 |
| 3.1.5 分析软件 | 第24-26页 |
| 3.2 实验方法 | 第26-29页 |
| 3.2.1 样品处理 | 第26页 |
| 3.2.2 菌株分离 | 第26页 |
| 3.2.3 菌株排重、初步鉴定及保藏 | 第26页 |
| 3.2.4 菌株16SrRNA分析 | 第26-29页 |
| 3.3 结果与分析 | 第29-32页 |
| 3.3.1 菌株分离及形态学鉴定结果 | 第29页 |
| 3.3.2 16S rRNA扩增检测 | 第29-31页 |
| 3.3.3 16S rRNA测序结果 | 第31-32页 |
| 3.4 结论 | 第32-34页 |
| 第4章 红树林土壤微生物抗菌活性研究 | 第34-38页 |
| 4.1 材料 | 第34页 |
| 4.1.1 菌株样品 | 第34页 |
| 4.1.2 培养基 | 第34页 |
| 4.1.3 靶标菌 | 第34页 |
| 4.2 方法 | 第34-35页 |
| 4.2.1 发酵培养 | 第34页 |
| 4.2.2 靶标菌培养 | 第34页 |
| 4.2.3 抗菌活性检测 | 第34-35页 |
| 4.2.4 抗菌活性结果评价 | 第35页 |
| 4.3 结果与分析 | 第35-36页 |
| 4.3.1 菌株发酵液抑菌活性筛选结果 | 第35-36页 |
| 4.4 结论 | 第36-38页 |
| 第5章 红树林土壤微生物宏基因组分类 | 第38-60页 |
| 5.1 材料与方法 | 第38页 |
| 5.1.1 实验试剂 | 第38页 |
| 5.1.2 实验仪器设备 | 第38页 |
| 5.1.3 反应引物 | 第38页 |
| 5.2 实验方法 | 第38-42页 |
| 5.2.1 样品预处理 | 第38-39页 |
| 5.2.2 DNA提取 | 第39页 |
| 5.2.3 琼脂糖凝胶检测及浓度检测 | 第39页 |
| 5.2.4 PCR扩增 | 第39-40页 |
| 5.2.5 DNA纯化回收 | 第40-41页 |
| 5.2.6 定量混合 | 第41页 |
| 5.2.7 原始数据预处理 | 第41页 |
| 5.2.8 OTU聚类分析 | 第41-42页 |
| 5.2.9 Alpha多样性分析 | 第42页 |
| 5.2.10 物种分类分析 | 第42页 |
| 5.2.11 功能预测分析 | 第42页 |
| 5.3 结果与分析 | 第42-57页 |
| 5.3.1 DNA提取 | 第42-43页 |
| 5.3.2 OUT聚类分析 | 第43-44页 |
| 5.3.3 Alpha多样性分析 | 第44-45页 |
| 5.3.4 物种分类分析 | 第45-52页 |
| 5.3.5 微生物分类分析 | 第52-54页 |
| 5.3.6 功能预测分析 | 第54-57页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第57-60页 |
| 第6章 红树林宏基因组全基因组研究 | 第60-72页 |
| 6.1 实验材料 | 第60页 |
| 6.2 实验方法 | 第60-61页 |
| 6.2.1 DNA提取 | 第60页 |
| 6.2.2 原始数据处理 | 第60页 |
| 6.2.3 基因拼接及预测 | 第60页 |
| 6.2.4 COG功能注释 | 第60页 |
| 6.2.5 抗生素抗性基因注释 | 第60页 |
| 6.2.6 碳水化合物活性酶注释 | 第60-61页 |
| 6.2.7 GO功能注释 | 第61页 |
| 6.2.8 SEED功能注释 | 第61页 |
| 6.3 结果与分析 | 第61-70页 |
| 6.3.1 DNA提取 | 第61页 |
| 6.3.2 原始数据处理 | 第61页 |
| 6.3.3 基因拼接及预测 | 第61-62页 |
| 6.3.4 COG功能注释 | 第62-64页 |
| 6.3.5 抗生素抗性基因注释 | 第64-67页 |
| 6.3.6 碳水化合物活性酶注释 | 第67页 |
| 6.3.7 GO功能注释 | 第67-69页 |
| 6.3.8 SEED功能注释 | 第69-70页 |
| 6.4 小结与讨论 | 第70-72页 |
| 结论 | 第72-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 附录 | 第82-104页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
