| 中文摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 1 引言 | 第15-49页 |
| ·真菌分类研究概况 | 第15页 |
| ·土壤真菌的研究意义 | 第15-16页 |
| ·土壤真菌提取分离方法 | 第16-19页 |
| ·分离方法 | 第16-17页 |
| ·培养基 | 第17-19页 |
| ·分类技术在土壤真菌研究中的应用 | 第19-23页 |
| ·传统分类方法 | 第19-22页 |
| ·现代分类技术在土壤真菌研究中的应用 | 第22-23页 |
| ·分子系统学概念 | 第23-24页 |
| ·分子系统学研究中常用的基因片段 | 第24-29页 |
| ·ITS 序列 | 第24-26页 |
| ·Gpd 基因 | 第26-27页 |
| ·β-tubulin(β－微管蛋白) | 第27-28页 |
| ·EF1-α（延伸因子） | 第28页 |
| ·RPB2 (RNA 聚合酶Ⅱ) | 第28-29页 |
| ·多基因序列分析 | 第29页 |
| ·分子系统学常用的软件及数据处理方法 | 第29-33页 |
| ·常用生物软件简介 | 第29-33页 |
| ·PAUP | 第29-30页 |
| ·MrBayes 软件（贝叶斯方法） | 第30-31页 |
| ·MEGA | 第31页 |
| ·ModelTest | 第31-33页 |
| ·系统树的构建方法 | 第33-35页 |
| ·最大简约法 | 第33页 |
| ·距离法 | 第33-34页 |
| ·最大似然法 | 第34-35页 |
| ·树系可信度的检验 | 第35页 |
| ·数据处理方法 | 第35-40页 |
| ·序列的比对排定 | 第35-36页 |
| ·分子系统树构建软件的调用 | 第36-40页 |
| ·Modeltest 程序的应用 | 第40页 |
| ·国际上的焦点问题 | 第40-44页 |
| ·真菌生物多样性与系统进化 | 第40-42页 |
| ·真菌DNA 条形码系统建设 | 第42页 |
| ·真菌遗传和基因组学 | 第42-43页 |
| ·真菌活性次生代谢产物及其代谢调控 | 第43页 |
| ·医学真菌学 | 第43-44页 |
| ·我国土壤暗色丝孢菌分类研究现状及未来 | 第44-49页 |
| ·真菌分类研究中存在的问题 | 第45-46页 |
| ·分类学发展趋势与展望 | 第46-47页 |
| ·本研究拟解决的问题 | 第47-49页 |
| 2 实验材料和方法 | 第49-62页 |
| ·主要仪器 | 第49页 |
| ·培养基 | 第49-50页 |
| ·主要试剂及配制方法 | 第50-53页 |
| ·试验方法 | 第53-61页 |
| ·形态学研究用相关方法 | 第53-56页 |
| ·分子系统学相关方法 | 第56-61页 |
| ·数据处理步骤 | 第61-62页 |
| 3 研究结果 | 第62-168页 |
| ·头束霉属（Cephalotrichum） | 第62-106页 |
| ·尖顶孢头束霉（C. actisporum） | 第70-72页 |
| ·栗色头束霉（C. castaneum） | 第72-73页 |
| ·柱形头束霉（C. columnaris） | 第73-75页 |
| ·柱孢头束霉（C. cylindrosporus） | 第75-76页 |
| ·椭孢头束霉（C. ellipsoideum） | 第76-77页 |
| ·球孢头束霉（C. globosum） | 第77-78页 |
| ·膨梗头束霉（C. inflatus） | 第78-80页 |
| ·长颈头束霉（C. longicollum） | 第80-81页 |
| ·大孢头束霉（C. macrosporum） | 第81-82页 |
| ·小孢头束霉（C. microsporus） | 第82-86页 |
| ·第九头束霉（C. nanum） | 第86-88页 |
| ·矩孢头束霉（C. oblongum） | 第88-90页 |
| ·卵形头束霉（C. ovoideae） | 第90-91页 |
| ·紫棕头束霉（C. purpureofuscus） | 第91-93页 |
| ·粗壮头束霉（C. robustum） | 第93-94页 |
| ·螺纹孢头束霉（C. spiralis） | 第94-96页 |
| ·头束霉（C. stemonitis） | 第96-98页 |
| ·土壤头束霉（C. terricola） | 第98-100页 |
| ·疣梗头束霉（C. verrucipes） | 第100页 |
| ·疣孢头束霉（C. verrucisporum） | 第100-102页 |
| ·属内小结 | 第102-106页 |
| ·粘鞭霉属（Gliomastix） | 第106-124页 |
| ·禾谷粘鞭霉（G. cerealis） | 第110-112页 |
| ·卢蠕尔粘鞭霉（G. luzulae） | 第112-113页 |
| ·墙粘鞭霉（G. murorum） | 第113-115页 |
| ·墙粘鞭霉多色孢变种（G. murorum var. polychrome） | 第115-116页 |
| ·墙粘鞭霉费林变种（G. murorum var. felina） | 第116-117页 |
| ·层粘鞭霉（G. subiculosa） | 第117-119页 |
| ·西藏粘鞭霉（G. tibetensis） | 第119-120页 |
| ·粗糙孢粘鞭霉（G. verruculospora） | 第120-121页 |
| ·属内小结 | 第121-124页 |
| ·腐质霉属（Humicola） | 第124-139页 |
| ·中国腐质霉（H. chinensis） | 第127-128页 |
| ·腐质霉（H. fusoatra） | 第128-129页 |
| ·棕灰腐质霉（H. fuscogrisea） | 第129-131页 |
| ·灰腐质霉（H. grisea） | 第131-132页 |
| ·土壤腐质霉（H. interseminata） | 第132-133页 |
| ·光滑腐殖霉（H. levis） | 第133-134页 |
| ·长梗腐质霉（H. pedunclensis） | 第134-136页 |
| ·亚小腐质霉（H. subminima） | 第136-137页 |
| ·属内小结 | 第137-139页 |
| ·齿梗孢属（Scolecobasidium） | 第139-152页 |
| ·不等齿梗孢（S. anisomerosporum） | 第142-144页 |
| ·树状齿梗孢（S. dendroides） | 第144-145页 |
| ·腐生齿梗孢（S. humicola） | 第145-146页 |
| ·淡色齿梗孢（S. pallescens） | 第146-148页 |
| ·多变齿梗孢（S. tshawytschae） | 第148-149页 |
| ·属内小结 | 第149-152页 |
| ·节格孢属（Scytalidium） | 第152-168页 |
| ·嗜酸节格孢（S. acidophilum） | 第155-157页 |
| ·中国节格孢（S.chinensis） | 第157-158页 |
| ·卷旋节格孢（S. circinatum） | 第158-159页 |
| ·木栖节格孢（S. lignicola） | 第159-161页 |
| ·嗜热节格孢（S. thermophilum） | 第161-162页 |
| ·西藏节格孢（S. tibetensis） | 第162-164页 |
| ·具瘤节格孢（S. verrucaria） | 第164-166页 |
| ·属内小结 | 第166-168页 |
| 4 讨论与结论 | 第168-174页 |
| ·讨论 | 第168-171页 |
| ·结论 | 第171-174页 |
| 参考文献 | 第174-187页 |
| 致谢 | 第187-188页 |
| 在读期间发表的论文 | 第188-189页 |
