| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第13-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-33页 |
| 1.1 课题的提出 | 第14-15页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第15-32页 |
| 1.2.1 分子标记技术发展与应用状况 | 第15-19页 |
| 1.2.1.1 基于DNA-DNA杂交的分子标记 | 第15-16页 |
| 1.2.1.2 基于PCR技术的分子标记 | 第16-17页 |
| 1.2.1.3 基于高通量测序的SNP分子标记 | 第17-19页 |
| 1.2.2 柑橘分子标记的应用 | 第19-21页 |
| 1.2.2.1 柑橘杂种鉴定 | 第19-20页 |
| 1.2.2.2 柑橘遗传多样性及进化分析 | 第20-21页 |
| 1.2.3 柑橘遗传连锁图谱构建 | 第21-27页 |
| 1.2.3.1 遗传图谱构建原理 | 第21-22页 |
| 1.2.3.2 作图群体的选择 | 第22-23页 |
| 1.2.3.3 标记的连锁分析 | 第23页 |
| 1.2.3.4 柑橘遗传图谱构建进展 | 第23-27页 |
| 1.2.4 柑橘QTL定位 | 第27-32页 |
| 1.2.4.1 QTL作图原理和方法 | 第27-28页 |
| 1.2.4.2 柑橘QTL定位研究进展 | 第28-32页 |
| 1.3 本研究的目的和内容 | 第32-33页 |
| 1.3.1 本研究的目的和意义 | 第32页 |
| 1.3.2 主要研究内容 | 第32-33页 |
| 第二章 基于柑橘全基因组序列的SSR标记开发 | 第33-46页 |
| 2.1 引言 | 第33页 |
| 2.2 材料与方法 | 第33-37页 |
| 2.2.1 材料 | 第33页 |
| 2.2.2 基因组水平上的SSR鉴定 | 第33-34页 |
| 2.2.3 基因组DNA提取 | 第34-35页 |
| 2.2.4 SSR-PCR扩增 | 第35页 |
| 2.2.5 6%聚丙烯酰氨凝胶电泳（PAGE）检测 | 第35-37页 |
| 2.2.6 包含SSR位点的转录本序列的功能注释 | 第37页 |
| 2.2.7 标记多态性和种间聚类分析 | 第37页 |
| 2.3 结果与分析 | 第37-44页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取结果 | 第37-38页 |
| 2.3.2 基因组，转录本，CDs和UTR区域的不同类型SSR分布统计 | 第38-39页 |
| 2.3.3 包含SSR位点的转录本序列的功能注释 | 第39-41页 |
| 2.3.4 开发的SSR标记多态性和在不同种间的转移性分析 | 第41-43页 |
| 2.3.5 开发的SSR标记对不同柑橘种间聚类分析 | 第43-44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-46页 |
| 2.4.1 SSR在柑橘基因组中不同类型和不同区域的分布分析 | 第44-45页 |
| 2.4.2 SSR标记的开发与利用 | 第45-46页 |
| 第三章 基于枳壳全基因组重测序的SNP鉴定及InDel标记的开发 | 第46-54页 |
| 3.1 前言 | 第46页 |
| 3.2 材料与方法 | 第46-47页 |
| 3.2.1 材料 | 第46-47页 |
| 3.2.2 基因组DNA提取 | 第47页 |
| 3.2.3 全基因组重测序 | 第47页 |
| 3.2.4 测序数据的生物信息学分析 | 第47页 |
| 3.2.5 Indel标记的开发与验证 | 第47页 |
| 3.2.6 标记多态性和种间聚类分析 | 第47页 |
| 3.3 结果与分析 | 第47-52页 |
| 3.3.1 全基因重测序数据 | 第47-48页 |
| 3.3.2 重测序数据比对结果 | 第48页 |
| 3.3.3 分析SNP和Indel个数及在基因组上的分布 | 第48-50页 |
| 3.3.4 Indel标记的开发与验证 | 第50-51页 |
| 3.3.5 不同柑橘种的聚类分析 | 第51-52页 |
| 3.4 讨论 | 第52-54页 |
| 3.4.1 基于柑橘全基因组重测序的差异分析和数据利用 | 第52-53页 |
| 3.4.2 基于柑橘基因组重测序的Indel标记开发与利用 | 第53-54页 |
| 第四章 基于SSR和SNP标记的柑橘高密度连锁遗传图谱构建 | 第54-81页 |
| 4.1 前言 | 第54页 |
| 4.2 材料与方法 | 第54-58页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第54页 |
| 4.2.2 基因组DNA提取 | 第54-55页 |
| 4.2.3 SSR和Indel引物来源 | 第55页 |
| 4.2.4 PCR扩增和 6% PAGE电泳检测 | 第55页 |
| 4.2.5 SSR标记数据统计 | 第55页 |
| 4.2.6 基于简化基因组测序技术的SNP开发与分型 | 第55-57页 |
| 4.2.6.1 简化基因组测序酶切方案确定 | 第55-56页 |
| 4.2.6.2 实验流程 | 第56页 |
| 4.2.6.3 生物信息学分析流程 | 第56-57页 |
| 4.2.7 遗传连锁分析与图谱构建 | 第57-58页 |
| 4.2.8 基因组长度估算 | 第58页 |
| 4.3 结果与分析 | 第58-76页 |
| 4.3.1 群体构建和基因组DNA提取 | 第58-59页 |
| 4.3.2 SSR和Indel标记筛选及鉴定后代 | 第59-60页 |
| 4.3.3 SNP标记开发与分型 | 第60-64页 |
| 4.3.3.1 测序数据统计 | 第60-61页 |
| 4.3.3.2 SLAF标签开发 | 第61-63页 |
| 4.3.3.3 多态性SLAF标签基因型编码 | 第63-64页 |
| 4.3.4 柑橘高密度遗传图谱构建 | 第64-73页 |
| 4.3.4.1 母本遗传图谱构建 | 第64-67页 |
| 4.3.4.2 父本遗传图谱构建 | 第67-70页 |
| 4.3.4.3 双亲遗传图谱整合 | 第70-72页 |
| 4.3.3.4 共线性分析 | 第72-73页 |
| 4.3.5 标记类型统计 | 第73-75页 |
| 4.3.5.1 上图SNP标记信息统计 | 第73页 |
| 4.3.5.2 偏分离标记和缺失标记比例统计 | 第73-74页 |
| 4.3.5.3 上图标记完整度统计 | 第74-75页 |
| 4.3.6 柑橘基因组长度和图谱覆盖率 | 第75-76页 |
| 4.4 讨论 | 第76-81页 |
| 4.4.1 SSR标记的开发与鉴定 | 第76页 |
| 4.4.2 SLAF测序与SNP标记开发 | 第76-77页 |
| 4.4.3 柑橘遗传图谱构建及应用 | 第77-79页 |
| 4.4.4 偏分离标记分析 | 第79-81页 |
| 第五章 柑橘落叶性状关联基因的QTL定位 | 第81-97页 |
| 5.1 前言 | 第81页 |
| 5.2 材料与方法 | 第81-83页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第81页 |
| 5.2.2 标记检测 | 第81页 |
| 5.2.3 遗传图谱构建 | 第81页 |
| 5.2.4 表型检测 | 第81-82页 |
| 5.2.5 QTL定位分析 | 第82页 |
| 5.2.5.1 利用MapQTL软件的区间作图法 | 第82页 |
| 5.2.5.2 利用Mutmap法 | 第82页 |
| 5.2.6 候选基因功能注释 | 第82-83页 |
| 5.2.7 候选基因关联验证 | 第83页 |
| 5.2.8 候选基因冷胁迫关联基因定量分析 | 第83页 |
| 5.2.8.1 幼苗处理 | 第83页 |
| 5.2.8.2 总RNA提取与cDNA反转录 | 第83页 |
| 5.2.8.3 实时定量qRT-PCR | 第83页 |
| 5.3 结果与分析 | 第83-93页 |
| 5.3.1 表型统计 | 第83-84页 |
| 5.3.2 QTL定位分析 | 第84-86页 |
| 5.3.3 功能注释 | 第86-87页 |
| 5.3.4 标记关联验证 | 第87-90页 |
| 5.3.5 多态性Indel标记在柑橘三属不同种间扩增 | 第90-91页 |
| 5.3.6 低温胁迫关联基因定量分析 | 第91-93页 |
| 5.4 讨论 | 第93-97页 |
| 5.4.1 群体F1后代落叶性状的遗传规律 | 第93-94页 |
| 5.4.2 表型性状的QTL分析 | 第94-95页 |
| 5.4.3 候选关联基因低温胁迫诱导下的表达模式分析 | 第95-97页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第97-99页 |
| 6.1 主要结论 | 第97页 |
| 6.2 展望 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-112页 |
| 附录 | 第112-123页 |
| 附录 ? 开发的SSR标记的具体信息 | 第112-117页 |
| 附录Ⅱ 基于重测序开发的Indel标记的具体信息 | 第117-121页 |
| 附表Ⅲ 候选的30个基因功能注释信息和定量表达引物序列 | 第121-123页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
