| 致谢 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-40页 |
| 1 牡蛎的养殖现状 | 第17-20页 |
| 2 生长性状与耐热性状的研究进展 | 第20-25页 |
| 2.1 生长性状的研究进展 | 第20-23页 |
| 2.2 耐热性状的研究进展 | 第23-25页 |
| 3 数量性状的遗传定位方法综述 | 第25-39页 |
| 3.1 遗传定位的群体 | 第26-28页 |
| 3.1.1 F2群体 | 第26-27页 |
| 3.1.2 BC群体 | 第27页 |
| 3.1.3 重组自交系 | 第27页 |
| 3.1.4 自然群体 | 第27-28页 |
| 3.2 定位群体的基因型鉴定 | 第28-29页 |
| 3.3 QTL定位的方法 | 第29-39页 |
| 3.3.1 单标记分析（Single marker analysis） | 第30页 |
| 3.3.2 区间定位法（Interval Mapping） | 第30-33页 |
| 3.3.3 多重区间定位法（Multiple Interal Mapping, MIM or Multiple QTL Mapping） | 第33-34页 |
| 3.3.4 复合区间定位法（Composite Interval Mapping） | 第34页 |
| 3.3.5 分组分离分析 | 第34-38页 |
| 3.3.6 关联分析定位法 | 第38-39页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第39-40页 |
| 第二章 牡蛎高通量SNP标记开发技术建立 | 第40-51页 |
| 1 材料和方法 | 第40-47页 |
| 1.1 基因组DNA的提取 | 第40-43页 |
| 1.1.1 亲本DNA提取采用酚氯仿抽提法(Michael and Joseph 2012) | 第40-42页 |
| 1.1.2 子代DNA提取采用十二烷基肌氨酸钠法 | 第42-43页 |
| 1.2 GBS技术应用于牡蛎SNP开发 | 第43-47页 |
| 1.2.1 限制性内切酶双酶切 | 第43页 |
| 1.3.2 接头及barcode设计 | 第43-44页 |
| 1.3.3 接头退火 | 第44-45页 |
| 1.3.4 测序文库构建 | 第45-46页 |
| 1.3.5 文库质检及测序 | 第46-47页 |
| 2. 结果与讨论 | 第47-51页 |
| 2.1 限制性内切酶的选择 | 第47-49页 |
| 2.2 限制性内切酶组合的实际酶切效果 | 第49页 |
| 2.3 实际测序结果 | 第49-51页 |
| 第三章 牡蛎高密度遗传图谱的构建 | 第51-65页 |
| 1 引言 | 第51-52页 |
| 2 材料与方法 | 第52-56页 |
| 2.1 家系构建及表型鉴定 | 第52页 |
| 2.2 简化基因组测序 | 第52-53页 |
| 2.3 遗传图谱构建 | 第53-56页 |
| 2.3.1 原始数据处理 | 第53页 |
| 2.3.2 作图家系基因型鉴定 | 第53-55页 |
| 2.3.3 构建遗传图谱 | 第55-56页 |
| 3 结果与分析 | 第56-61页 |
| 3.1 牡蛎中的简化基因组测序 | 第56-58页 |
| 3.2 遗传图谱 | 第58-61页 |
| 4 讨论 | 第61-65页 |
| 4.1 牡蛎中的GBS测序 | 第61-62页 |
| 4.2 遗传图谱 | 第62-63页 |
| 4.3 偏离孟德尔分0离比的标记 | 第63-65页 |
| 第四章 牡蛎生长相关性状的QTL定位 | 第65-72页 |
| 1 引言 | 第65页 |
| 2 材料和方法 | 第65-66页 |
| 3 结果与讨论 | 第66-72页 |
| 3.1 生长性状的表型 | 第66-67页 |
| 3.2 生长相关QTL及候选基因 | 第67-70页 |
| 3.3 生长相关QTL及候选基因 | 第70-72页 |
| 第五章 牡蛎高温耐受性状的遗传解析 | 第72-96页 |
| 1 高温耐受性状BSA分析 | 第72-80页 |
| 1.1 引言 | 第72页 |
| 1.2 材料与方法 | 第72-75页 |
| 1.2.1 群体构建 | 第72-73页 |
| 1.2.2 高温刺激实验 | 第73页 |
| 1.2.3 极端表型混池重测序与SNP频率差异分析 | 第73-74页 |
| 1.2.4 SNP频率差异分析 | 第74-75页 |
| 1.3 结果与分析 | 第75-80页 |
| 1.3.1 高温敏感与高温耐受牡蛎的确定 | 第75页 |
| 1.3.2 两组间SNP频率差异分析 | 第75-77页 |
| 1.3.3 受选择基因组区域 | 第77页 |
| 1.3.4 高温耐受候选SNP位点及基因 | 第77-80页 |
| 2 高温耐受关联位点在个体水平的验证 | 第80-86页 |
| 2.1 引言 | 第80页 |
| 2.2 材料和方法 | 第80-81页 |
| 2.2.1 家系构建 | 第80-81页 |
| 2.2.2 热激实验 | 第81页 |
| 2.2.3 生存曲线分析 | 第81页 |
| 2.2.4 母本个体基因型检测 | 第81页 |
| 2.3 结果和分析 | 第81-86页 |
| 2.3.1 生存率统计 | 第81-82页 |
| 2.3.2 生存分析 | 第82-85页 |
| 2.3.3 高温耐受关联位点在个体水平的验证 | 第85-86页 |
| 3 高温耐受候选基因的表达量QTL定位研究 | 第86-94页 |
| 3.1 引言 | 第86-87页 |
| 3.2 材料与方法 | 第87-90页 |
| 3.2.1 子代RNA提取 | 第87-88页 |
| 3.2.2 检测RNA纯度和浓度 | 第88页 |
| 3.2.3 RNA反转录 | 第88页 |
| 3.2.4 引物设计 | 第88-90页 |
| 3.2.5 荧光定量PCR | 第90页 |
| 3.2.6 e QTL定位 | 第90页 |
| 3.3 结果与分析 | 第90-94页 |
| 3.3.1 基因表达量 | 第90-91页 |
| 3.3.2 e QTL定位 | 第91-94页 |
| 4 结论 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-110页 |
| 附录 | 第110-117页 |
| 个人简历 | 第117-118页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第118页 |
