| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-14页 |
| 第一章 适体、核糖开关及合成生物学研究进展 | 第14-23页 |
| 1 适体（Aptamer） | 第14-15页 |
| ·适体的发现和定义 | 第14页 |
| ·适体的特点 | 第14页 |
| ·适体与靶标分子相互作用简述 | 第14-15页 |
| ·适体应用进展 | 第15页 |
| 2 核糖开关（Riboswitch） | 第15-21页 |
| ·核糖开关的发现、定义和特点 | 第15-16页 |
| ·核糖开关的发现、定义 | 第15-16页 |
| ·核糖开关一般特征 | 第16页 |
| ·核糖开关分类 | 第16-20页 |
| ·维生素相关核糖开关 | 第16-17页 |
| ·焦磷酸硫胺素（Thiamine pyrophosphate, TPP） | 第16页 |
| ·黄素单核甘酸（Flavin mononucleotide, FMN） | 第16-17页 |
| ·腺苷钴胺素（Adenosyl cobalymin, AdoCbl） | 第17页 |
| ·氨基酸相关核糖开关 | 第17-19页 |
| ·硫-腺苷甲硫氨酸（S-Adenosyl Methionine, SAM） | 第17-18页 |
| ·S-腺苷-l-高半胱氨酸（S-Adenosyl-l-Homocysteine, SAH） | 第18页 |
| ·赖氨酸（Lysine） | 第18页 |
| ·甘氨酸（Glycine） | 第18-19页 |
| ·嘌呤相关核糖开关 | 第19-20页 |
| ·嘌呤（Purine） | 第19页 |
| ·环鸟苷二磷酸（Cyclic Di-Guanosine MonoPhosphate, Cyclic Di-GMP） | 第19页 |
| ·Q 核苷前体（PreQuosine, PreQ1） | 第19-20页 |
| ·核酶型相关核糖开关（葡萄糖胺-6-磷酸, Glucosamine-6-Phosphate, GlcN6P） | 第20页 |
| ·细胞内镁离子相关核糖开关 | 第20页 |
| ·新型串联核糖开关 | 第20页 |
| ·核糖开关调节机制 | 第20页 |
| ·核糖开关分布 | 第20-21页 |
| 3 合成生物学 | 第21-22页 |
| ·合成生物学定义 | 第21-22页 |
| ·合成生物学意义 | 第22页 |
| 4 研究目的及内容 | 第22-23页 |
| ·研究目的及意义 | 第22页 |
| ·研究内容 | 第22-23页 |
| 第二章 寡核苷酸与引物设计 | 第23-29页 |
| 1 材料与方法 | 第23-24页 |
| ·材料与处理工具 | 第23页 |
| ·Riboswitch 寡核苷酸设计方法举例 | 第23-24页 |
| 2 结果 | 第24-29页 |
| ·核糖开关序列获得 | 第24-27页 |
| ·核糖开关寡核苷酸引物设计 | 第27-29页 |
| 第三章 体外获取多元Riboswitch cDNA 与RNA | 第29-51页 |
| 1 材料与试剂 | 第29页 |
| ·实验材料 | 第29页 |
| ·处理工具 | 第29页 |
| ·酶和试剂 | 第29页 |
| 2 方法 | 第29-38页 |
| ·LR OligoMixs PCR 扩增 | 第29-31页 |
| ·LR-OM PCR 扩增寡核苷酸丰度 | 第29-30页 |
| ·MlyⅠ限制性酶切接头引物 | 第30页 |
| ·MlyⅠ酶切后OligoMix 组装 | 第30-31页 |
| ·缓慢降温法 | 第31页 |
| ·热循环法 | 第31页 |
| ·组装后片段PCR 扩增（F-PCR） | 第31页 |
| ·SR 全基因扩增（SRF-PCR） | 第31-32页 |
| ·组装产物克隆与测序 | 第32-33页 |
| ·纯化组装产物接A 处理 | 第32页 |
| ·连接 | 第32-33页 |
| ·转化 | 第33页 |
| ·质粒鉴定 | 第33-34页 |
| ·碱裂解法提取质粒 | 第33-34页 |
| ·质粒PCR 鉴定 | 第34页 |
| ·序列测定与保真性分析 | 第34页 |
| ·测序 | 第34页 |
| ·测序结果分析方法 | 第34页 |
| ·体外转录 | 第34-37页 |
| ·体外转录DNA 模板准备 | 第34-35页 |
| ·LR-DNA 体外转录模板准备 | 第34-35页 |
| ·SR-DNA 体外转录模板准备 | 第35页 |
| ·体外转录及条件优化 | 第35-37页 |
| ·体外转录模板量条件优化 | 第36页 |
| ·体外转录rNTP 量条件优化 | 第36-37页 |
| ·体外转录M92+条件优化 | 第37页 |
| ·转录后riboswitch RT-PCR 验证 | 第37页 |
| ·Riboswitch 适体保守序列 | 第37-38页 |
| ·文献提供结构 | 第37-38页 |
| ·PreQ1-riboswitch 适体保守序列与结构模式预测 | 第38页 |
| ·PreQ1-riboswitch 适体保守序列 | 第38页 |
| ·PreQ1-riboswitch 适体结构模式 | 第38页 |
| 3 结果 | 第38-49页 |
| ·LR OligoMixs PCR 扩增 | 第38-39页 |
| ·LR-OM PCR 纯化产物Mly I 限制性酶切鉴定 | 第39页 |
| ·体外组装 | 第39-40页 |
| ·F-PCR 扩增组装产物切胶回收 | 第40-41页 |
| ·组装产物克隆及序列分析 | 第41-46页 |
| ·SR 克隆与序列分析 | 第41-43页 |
| ·LR 克隆与序列分析 | 第43页 |
| ·克隆与序列分析说明 | 第43-46页 |
| ·克隆结果相关说明 | 第43-44页 |
| ·序列分析说明 | 第44-46页 |
| ·体外转录DNA 模板准备 | 第46页 |
| ·体外转录条件优化 | 第46-47页 |
| ·PreQ1-riboswitch 适体保守序列 | 第47-48页 |
| ·PreQ1-riboswitch 适体结构模式 | 第48页 |
| ·riboswitch 适体保守序列汇总 | 第48-49页 |
| 4 小结与讨论 | 第49-51页 |
| ·体外组装核糖开关 | 第49页 |
| ·体外转录 | 第49-50页 |
| ·序列比对分析 | 第50-51页 |
| 第四章 核糖开关相关文库构建 | 第51-58页 |
| 1 材料与处理工具 | 第51页 |
| 2 方法 | 第51页 |
| ·寡核苷酸信息汇总 | 第51页 |
| ·测序分析信息汇总 | 第51页 |
| ·测序序列二级结构及相关序列信息汇总 | 第51页 |
| ·测序样品储存信息汇总 | 第51页 |
| ·排除序列相关信息汇总 | 第51页 |
| 3 结果 | 第51-57页 |
| ·寡核苷酸信息表 | 第51-52页 |
| ·测序分析信息表 | 第52页 |
| ·测序序列二级结构及相关序列信息表 | 第52页 |
| ·测序样品储存信息表 | 第52-53页 |
| ·排除序列相关信息表 | 第53-57页 |
| 4 小结与讨论 | 第57-58页 |
| 总讨论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
