| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一篇 蓖麻毒素A链和核糖体蛋白P2相互作用的研究 | 第16-90页 |
| 第1章 综述 | 第16-28页 |
| 1.1 核糖体失活蛋白简介 | 第16-19页 |
| 1.2 核糖体失活蛋白ricin | 第19-22页 |
| 1.3 核糖体stalk蛋白 | 第22-23页 |
| 1.4 核糖体失活蛋白和核糖体stalk蛋白相互作用的研究 | 第23-24页 |
| 1.5 Ricin和核糖体stalk蛋白相互作用的研究现状 | 第24-28页 |
| 第2章 实验过程 | 第28-64页 |
| 2.1 基因克隆及质粒构建 | 第28-31页 |
| 2.1.1 基因克隆 | 第28-29页 |
| 2.1.2 PCR片段的回收 | 第29页 |
| 2.1.3 酶切和连接反应 | 第29-30页 |
| 2.1.4 连接产物的转化 | 第30页 |
| 2.1.5 抽提质粒与阳性克隆的鉴定 | 第30页 |
| 2.1.6 突变体质粒的构建 | 第30-31页 |
| 2.2 重组蛋白的表达及纯化 | 第31-33页 |
| 2.2.1 重组蛋白的表达 | 第31页 |
| 2.2.2 重组蛋白的纯化 | 第31-33页 |
| 2.3 晶体的生长 | 第33-34页 |
| 2.4 衍射数据的收集及处理 | 第34-39页 |
| 2.4.1 衍射数据的收集 | 第34-35页 |
| 2.4.2 衍射数据的处理 | 第35-39页 |
| 2.5 结构解析和模型修正 | 第39-46页 |
| 2.5.1 结构解析和初步修正 | 第39-42页 |
| 2.5.2 占有率的调整 | 第42-43页 |
| 2.5.3 各向异性温度因子修正 | 第43-44页 |
| 2.5.4 双重构象修正 | 第44-46页 |
| 2.6 结构模型的质量分析 | 第46-60页 |
| 2.6.1 结构模型与电子密度轮廓的吻合情况 | 第46-47页 |
| 2.6.2 结构模型的温度因子分析 | 第47-48页 |
| 2.6.3 结构模型的实空间相关系数分析 | 第48-49页 |
| 2.6.4 结构模型的立体化学分析 | 第49-50页 |
| 2.6.5 不同分辨率结构模型参数的比较 | 第50-53页 |
| 2.6.6 结构模型中分子的比较 | 第53-56页 |
| 2.6.7 各向异性温度因子修正对结构模型的影响 | 第56-60页 |
| 2.7 Pull-down实验 | 第60-61页 |
| 2.8 等温滴定微量热实验 | 第61页 |
| 2.9 RTA抑制核糖体合成蛋白质活性的测定 | 第61页 |
| 2.10 圆二色谱分析 | 第61-64页 |
| 第3章 实验结果与讨论 | 第64-79页 |
| 3.1 整体结构 | 第64-65页 |
| 3.2 Linker对结构的影响 | 第65-66页 |
| 3.3 晶体堆积对结构的影响 | 第66-68页 |
| 3.4 RTA和C10-P2相互作用界面的分析 | 第68-73页 |
| 3.5 RTA与P2相互作用界面影响RTA抑制核糖体合成蛋白质的活性 | 第73-74页 |
| 3.6 DDDM花样对RTA和C10-P2相互作用界面的影响 | 第74页 |
| 3.7 RTA与TCS识别P蛋白模型的比较 | 第74-79页 |
| 本篇小结 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-90页 |
| 第二篇 金黄色葡萄球菌中毒性调控因子Rot的结构生物学研究 | 第90-160页 |
| 第4章 综述 | 第90-98页 |
| 4.1 金黄色葡萄球菌简介 | 第90-92页 |
| 4.2 SarA及其家族蛋白 | 第92-95页 |
| 4.3 Rot调控因子 | 第95-98页 |
| 第5章 实验过程 | 第98-142页 |
| 5.1 基因克隆及质粒构建 | 第98-100页 |
| 5.1.1 基因克隆 | 第98页 |
| 5.1.2 PCR片段的回收 | 第98-99页 |
| 5.1.3 酶切和连接反应 | 第99页 |
| 5.1.4 连接产物的转化 | 第99页 |
| 5.1.5 抽提质粒与阳性克隆的鉴定 | 第99页 |
| 5.1.6 突变体质粒的构建 | 第99-100页 |
| 5.2 重组蛋白的表达及纯化 | 第100-103页 |
| 5.2.1 重组蛋白的表达 | 第100-101页 |
| 5.2.2 重组蛋白的纯化 | 第101-103页 |
| 5.3 晶体的生长 | 第103-104页 |
| 5.3.1 Rot native蛋白晶体的生长 | 第103-104页 |
| 5.3.2 Rot硒代蛋白晶体的生长 | 第104页 |
| 5.4 衍射数据的收集及处理 | 第104-113页 |
| 5.4.1 衍射数据的收集 | 第104-106页 |
| 5.4.2 衍射数据的处理 | 第106-113页 |
| 5.5 结构解析和模型修正 | 第113-119页 |
| 5.5.1 结构解析和初步修正 | 第113-116页 |
| 5.5.2 占有率的调整 | 第116-117页 |
| 5.5.3 电子密度缺陷区域模型的修正 | 第117-119页 |
| 5.6 结构模型的质量分析 | 第119-133页 |
| 5.6.1 结构模型与电子密度轮廓的吻合情况 | 第119-120页 |
| 5.6.2 结构模型的温度因子分析 | 第120-122页 |
| 5.6.3 结构模型的实空间相关系数分析 | 第122页 |
| 5.6.4 结构模型的立体化学分析 | 第122-124页 |
| 5.6.5 不同分辨率结构模型参数的比较 | 第124-127页 |
| 5.6.6 结构模型中Rot的比较 | 第127-133页 |
| 5.7 Rot-dsDNA复合物的尝试 | 第133-139页 |
| 5.7.1 晶体的生长及衍射数据的收集 | 第133-136页 |
| 5.7.2 衍射数据的处理 | 第136-138页 |
| 5.7.3 结构初步解析及分析 | 第138-139页 |
| 5.8 荧光偏振分析 | 第139-140页 |
| 5.9 分子排阻层析 | 第140页 |
| 5.10 Rot敲除菌株的回补及western blot检测 | 第140-142页 |
| 第6章 实验结果与讨论 | 第142-154页 |
| 6.1 整体结构 | 第142-143页 |
| 6.2 Rot结合dsDNA的特性 | 第143-144页 |
| 6.3 Rot结合dsDNA的作用界面分析 | 第144-146页 |
| 6.4 Rot二体作用界面的分析 | 第146-148页 |
| 6.5 Rot对α-toxm表达的抑制作用分析 | 第148页 |
| 6.6 Rot与SarA家族蛋白的比较 | 第148-154页 |
| 6.6.1 Rot与SarA家族蛋白序列的比较 | 第148-149页 |
| 6.6.2 Rot与SarA家族蛋白的结构比较 | 第149-154页 |
| 本篇小结 | 第154-155页 |
| 参考文献 | 第155-160页 |
| 第三篇 金黄色葡萄球菌中SaeR~(DBD)的结构生物学研究 | 第160-214页 |
| 第7章 综述 | 第160-164页 |
| 7.1 双组份调节系统 | 第160-161页 |
| 7.2 SaeR/S双组份调节系统 | 第161-162页 |
| 7.3 SaeR转录调控因子 | 第162-164页 |
| 第8章 实验过程 | 第164-198页 |
| 8.1 基因克隆及质粒构建 | 第164-166页 |
| 8.1.1 基因克隆 | 第164-165页 |
| 8.1.2 PCR片段的回收 | 第165页 |
| 8.1.3 酶切和连接反应 | 第165页 |
| 8.1.4 连接产物的转化 | 第165-166页 |
| 8.1.5 抽提质粒与阳性克隆的鉴定 | 第166页 |
| 8.1.6 突变体质粒的构建 | 第166页 |
| 8.2 重组蛋白的表达及纯化 | 第166-170页 |
| 8.2.1 重组蛋白的表达 | 第166-167页 |
| 8.2.2 重组蛋白的纯化 | 第167-170页 |
| 8.3 晶体的生长 | 第170-172页 |
| 8.4 衍射数据的收集及处理 | 第172-177页 |
| 8.4.1 衍射数据的收集 | 第172-173页 |
| 8.4.2 衍射数据的处理 | 第173-177页 |
| 8.5 结构解析和模型修正 | 第177-181页 |
| 8.5.1 初步解析和修正 | 第177-179页 |
| 8.5.2 占有率调整 | 第179-181页 |
| 8.6 结构模型的质量分析 | 第181-195页 |
| 8.6.1 结构模型与电子密度轮廓的吻合情况 | 第181-182页 |
| 8.6.2 结构模型的温度因子分析 | 第182-183页 |
| 8.6.3 结构模型的实空间相关系数分析 | 第183页 |
| 8.6.4 结构模型的立体化学分析 | 第183-185页 |
| 8.6.5 不同分辨率结构模型参数的比较 | 第185-191页 |
| 8.6.6 结构模型中SaeR~(DBD)的比较 | 第191-195页 |
| 8.7 凝胶迁移分析 | 第195-196页 |
| 8.8 圆二色谱分析 | 第196页 |
| 8.9 分子排阻层析 | 第196页 |
| 8.10 SaeR敲除菌株的回补及α-toxin的检测 | 第196-198页 |
| 第9章 实验结果与讨论 | 第198-208页 |
| 9.1 SaeR~(DBD)整体结构 | 第198-199页 |
| 9.2 SaeR和SaeR~(DBD)结合dsDNA特性的分析 | 第199-201页 |
| 9.3 SaeR和dsDNA相互作用界面的分析 | 第201-203页 |
| 9.4 SaeR正调控α-toxin的表达 | 第203-204页 |
| 9.5 SaeR~(DBD)识别dsDNA可能的机制 | 第204-208页 |
| 本篇小结 | 第208-209页 |
| 参考文献 | 第209-214页 |
| 附录 | 第214-430页 |
| 致谢 | 第430-432页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第432页 |
