| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语 | 第12-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-30页 |
| 1.1 链霉菌 | 第16-17页 |
| 1.1.1 链霉菌概况 | 第16页 |
| 1.1.2 链霉菌基因组特征 | 第16-17页 |
| 1.2 新型微生物资源 | 第17-19页 |
| 1.2.1 海洋微生物 | 第17-18页 |
| 1.2.2 极端环境微生物 | 第18页 |
| 1.2.3 植物内生菌 | 第18-19页 |
| 1.3 天然产物 | 第19-29页 |
| 1.3.1 聚酮与聚酮合酶 | 第19-22页 |
| 1.3.2 多肽 | 第22-24页 |
| 1.3.2.1 非核糖体多肽与非核糖体多肽合成酶 | 第22-24页 |
| 1.3.3 萜类 | 第24-25页 |
| 1.3.4 生物碱 | 第25-29页 |
| 1.3.4.1 吩嗪及其生物合成 | 第25-29页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第29-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第30-38页 |
| 2.1.1 实验所用菌株 | 第30页 |
| 2.1.2 实验所用质粒 | 第30-31页 |
| 2.1.3 实验所用引物 | 第31-33页 |
| 2.1.4 实验所用仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.5 实验所用培养基 | 第34-35页 |
| 2.1.6 实验所用主要生化试剂 | 第35-38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-49页 |
| 2.2.1 分子生物学基本操作 | 第38页 |
| 2.2.2 链霉菌的培养与菌种保藏 | 第38-39页 |
| 2.2.3 链霉菌生物活性的测定 | 第39页 |
| 2.2.4 链霉菌抗性背景研究 | 第39-40页 |
| 2.2.5 链霉菌基因组DNA的提取 | 第40页 |
| 2.2.6 脉冲场凝胶电泳 | 第40页 |
| 2.2.7 大片段DNA的透析回收 | 第40-41页 |
| 2.2.8 cosmid基因文库的构建 | 第41-45页 |
| 2.2.8.1 cosmid载体pMSB152B的处理 | 第41-42页 |
| 2.2.8.1.1 载体的线性化 | 第41-42页 |
| 2.2.8.2 链霉菌基因组DNA的Bsp143I（Sau3AI）部分酶切条件的摸索 | 第42页 |
| 2.2.8.3 链霉菌基因组DNA的Bsp143I部分酶切及大片段DNA的回收沉淀 | 第42-43页 |
| 2.2.8.4 大片段DNA与载体pMSB152B/Bgl II浓度的预测与连接 | 第43-44页 |
| 2.2.8.5 连接产物的包装 | 第44页 |
| 2.2.8.6 包装产物的侵染与阳性克隆率的检测 | 第44页 |
| 2.2.8.7 基因文库的扩增、独立保存与混合 | 第44-45页 |
| 2.2.9 基因组文库的PCR筛选 | 第45页 |
| 2.2.10 链霉菌-大肠杆菌属间接合转移 | 第45-46页 |
| 2.2.10.1 供体菌（大肠杆菌）的准备 | 第45-46页 |
| 2.2.10.2 受体菌（链霉菌）的准备 | 第46页 |
| 2.2.10.3 接合转移与纯化验证 | 第46页 |
| 2.2.11 发酵萃取、TLC及HPLC检测 | 第46-48页 |
| 2.2.12 LC-MS检测分析 | 第48页 |
| 2.2.13 生物信息学分析工具 | 第48-49页 |
| 第三章 二聚化吩嗪产生菌S. diastaticus W2和W4的初步研究 | 第49-54页 |
| 3.1 结果与分析 | 第49-53页 |
| 3.1.1 链霉菌W2和W4的生长形态观察 | 第49-50页 |
| 3.1.2 链霉菌W2和W4抗性背景的测定 | 第50页 |
| 3.1.3 链霉菌W2和W4的生物活性测定 | 第50-52页 |
| 3.1.4 利用PCR检测链霉菌W2和W4基因组序列的相似性 | 第52-53页 |
| 3.2 讨论 | 第53-54页 |
| 第四章 链霉菌W2全基因组的测序分析 | 第54-65页 |
| 4.1 前言 | 第54页 |
| 4.2 结果与分析 | 第54-63页 |
| 4.2.1 链霉菌W2全基因组DNA的提取 | 第54页 |
| 4.2.2 链霉菌W2基因组DNA的测序 | 第54-62页 |
| 4.2.2.1 链霉菌W2全基因组组分分析 | 第55-56页 |
| 4.2.2.2 链霉菌W2的基因功能分析 | 第56-62页 |
| 4.2.3 链霉菌W2中次级代谢生物合成基因簇的分析 | 第62-63页 |
| 4.3 讨论 | 第63-65页 |
| 第五章 链霉菌W2基因组文库的构建与筛选 | 第65-75页 |
| 5.1 结果与分析 | 第65-74页 |
| 5.1.1 基因组文库的构建 | 第65-69页 |
| 5.1.2 基因组文库的PCR筛选 | 第69-70页 |
| 5.1.3 细菌素生物合成基因簇的异源表达及产物检测 | 第70-72页 |
| 5.1.4 铁载体生物合成基因簇的异源表达及产物检测 | 第72-74页 |
| 5.2 讨论 | 第74-75页 |
| 第六章 链霉菌W2中吩嗪化合物生物合成基因簇的研究 | 第75-86页 |
| 6.1 结果与分析 | 第75-85页 |
| 6.1.1 吩嗪生物合成基因簇的生物信息学分析 | 第75页 |
| 6.1.2 吩嗪生物合成基因簇的异源表达 | 第75-79页 |
| 6.1.3 异源表达菌株发酵产物的HPLC分析 | 第79-80页 |
| 6.1.4 异源表达产物的LC-MS分析 | 第80-82页 |
| 6.1.5 基因中断质粒的构建 | 第82-85页 |
| 6.2 讨论 | 第85-86页 |
| 第七章 总结与展望 | 第86-88页 |
| 7.1 总结 | 第86-87页 |
| 7.2 展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-95页 |
| 附录 | 第95-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
