| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-42页 |
| 1.1 研究背景 | 第18-19页 |
| 1.2 干旱、低温胁迫响应机理研究 | 第19-33页 |
| 1.2.1 植物干旱胁迫的生理生化响应/适应机制 | 第19-20页 |
| 1.2.2 植物对低温胁迫的生理生化响应/适应机制 | 第20-21页 |
| 1.2.3 胁迫下渗透调节物质 | 第21-24页 |
| 1.2.4 胁迫下抗氧化酶活性 | 第24-25页 |
| 1.2.5 植物对干旱胁迫的分子响应/适应机制 | 第25-26页 |
| 1.2.6 干旱胁迫信号传递 | 第26页 |
| 1.2.7 干旱调控相关基因 | 第26-27页 |
| 1.2.8 ABA-dependent调控路径和ABA-independent调控路径 | 第27-28页 |
| 1.2.9 植物低温信号感知 | 第28-29页 |
| 1.2.10 植物低温胁迫相关基因的表达 | 第29页 |
| 1.2.11 转录因子在干旱、冷胁的调控作用 | 第29-32页 |
| 1.2.12 胁迫下的功能蛋白 | 第32-33页 |
| 1.3 转录组学在植物非生物逆境中研究应用 | 第33-35页 |
| 1.4 蛋白质组研究 | 第35-38页 |
| 1.4.1 蛋白质组学在植物干旱的研究 | 第36-37页 |
| 1.4.2 蛋白质组学在植物低温/冷胁迫的研究 | 第37-38页 |
| 1.5 古树相关的研究现状 | 第38-39页 |
| 1.6 研究的目的和内容 | 第39-42页 |
| 1.6.1 研究目的和意义 | 第39-40页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第40页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第40-42页 |
| 第二章 侧柏幼苗干旱胁迫根系转录组测序研究与差异基因筛选 | 第42-66页 |
| 2.1 引言 | 第42页 |
| 2.2 试验材料 | 第42-47页 |
| 2.2.1 培养条件与处理 | 第42-43页 |
| 2.2.2 RNA提取与质检 | 第43页 |
| 2.2.3 转录组测序 | 第43页 |
| 2.2.4 测序数据质量控制及从头（de novo）组装 | 第43-44页 |
| 2.2.5 组装后序列结构分析与功能注释 | 第44-45页 |
| 2.2.6 与组装结果比对 | 第45页 |
| 2.2.7 表达量分析与表达差异分析 | 第45页 |
| 2.2.8 差异基因GO、KEGG富集分析 | 第45-46页 |
| 2.2.9 SSR检测与转录因子分析 | 第46页 |
| 2.2.10 荧光定量PCR对转录组测序结果的验证 | 第46-47页 |
| 2.3 结果与分析 | 第47-60页 |
| 2.3.1 Illumina双端测序与de novo从头组装 | 第47-49页 |
| 2.3.2 Unigenes功能分析 | 第49页 |
| 2.3.3 GO、KOG功能分类 | 第49-51页 |
| 2.3.4 KEGG通路功能分类 | 第51-53页 |
| 2.3.5 干旱胁迫下的差异基因分析 | 第53页 |
| 2.3.6 干旱胁迫下的转录因子分析 | 第53-57页 |
| 2.3.7 SSR鉴定 | 第57-58页 |
| 2.3.8 qRT-PCR对RNA-seq差异基因的验证 | 第58-60页 |
| 2.4 讨论 | 第60-65页 |
| 2.5 小结 | 第65-66页 |
| 第三章 侧柏幼苗根系、叶组织干旱胁迫蛋白质组学分析 | 第66-88页 |
| 3.1 引言 | 第66-67页 |
| 3.2 材料与方法 | 第67-71页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第67页 |
| 3.2.2 叶绿素测定 | 第67-68页 |
| 3.2.3 可溶性蛋白含量测定 | 第68页 |
| 3.2.4 侧柏生长观察和水分含量测定 | 第68页 |
| 3.2.5 生理指标测定的统计分析 | 第68页 |
| 3.2.6 蛋白质提取、等点聚焦（IEF）、双向电泳分析和凝胶图像分析 | 第68-69页 |
| 3.2.7 样品蛋白质基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)分析 | 第69页 |
| 3.2.8 蛋白质鉴定数据库分析 | 第69-70页 |
| 3.2.9 蛋白质功能分类 | 第70页 |
| 3.2.10 RNA提取和定量PCR分析 | 第70-71页 |
| 3.3 结果与分析 | 第71-81页 |
| 3.3.1 干旱下可溶性蛋白质、叶绿素和水分含量，植物生长量观测 | 第71-73页 |
| 3.3.2 双向电泳分析与差异蛋白质的鉴定 | 第73-77页 |
| 3.3.3 蛋白质功能分类 | 第77页 |
| 3.3.4 鉴定蛋白质的表达聚类分析 | 第77-80页 |
| 3.3.5 蛋白质对应基因在转录水平变化分析 | 第80-81页 |
| 3.4 讨论 | 第81-87页 |
| 3.4.1 侧柏干旱胁迫下生理变化分析 | 第81-82页 |
| 3.4.2 参与胁迫响应/防御蛋白 | 第82-83页 |
| 3.4.3 碳水化合物代谢蛋白 | 第83-84页 |
| 3.4.4 叶片中光合作用相关蛋白 | 第84-85页 |
| 3.4.5 氮代谢相关蛋白 | 第85页 |
| 3.4.6 根系蛋白质命运(折叠和修饰)和蛋白质水解相关蛋白 | 第85-86页 |
| 3.4.7 其他分类蛋白质参与干旱胁迫 | 第86-87页 |
| 3.4.8 mRNA表达水平研究 | 第87页 |
| 3.5 小结 | 第87-88页 |
| 第四章 侧柏干旱胁迫响应基因在干旱后复水表达分析验证 | 第88-110页 |
| 4.1 材料与方法 | 第88-89页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第88-89页 |
| 4.1.2 RNA提取与反转录 | 第89页 |
| 4.1.3 荧光定量PCR分析 | 第89页 |
| 4.1.4 叶组织叶绿素含量测定 | 第89页 |
| 4.2 结果与分析 | 第89-105页 |
| 4.2.1 干旱胁迫下蛋白激酶相关基因表达分析 | 第89-92页 |
| 4.2.2 干旱胁迫复水下三个转录因子表达量分析 | 第92-94页 |
| 4.2.3 干旱胁迫复水下活性氧清除相关基因表达量分析 | 第94-97页 |
| 4.2.4 干旱胁迫复水下渗透调节相关基因表达量分析 | 第97-101页 |
| 4.2.5 干旱胁迫复水下保护因子相关基因表达量分析 | 第101-104页 |
| 4.2.6 干旱胁迫复水下 1433-like蛋白和皮部储存蛋白基因表达量分析 | 第104-105页 |
| 4.3 讨论 | 第105-109页 |
| 4.4 小结 | 第109-110页 |
| 第五章 古侧柏叶冬季自然低温响应的差异蛋白质组学研究 | 第110-133页 |
| 5.1 材料与方法 | 第111-113页 |
| 5.1.1 试验材料和生长环境 | 第111-112页 |
| 5.1.2 生理指标测定 | 第112-113页 |
| 5.1.3 蛋白质提取 | 第113页 |
| 5.1.4 等电聚焦、SDS-PAGE电泳和图像分析 | 第113页 |
| 5.1.5 差异蛋白质鉴定 | 第113页 |
| 5.1.6 鉴定蛋白质数据库检索 | 第113页 |
| 5.1.7 蛋白质功能分类 | 第113页 |
| 5.2 结果与分析 | 第113-125页 |
| 5.2.1 不同树龄侧柏叶绿素、MDA、可溶性蛋白质含量，SOD、POD活性变化 | 第113-114页 |
| 5.2.2 二维凝胶电泳分析与差异蛋白质的鉴定 | 第114-123页 |
| 5.2.3 蛋白质功能分类与定位 | 第123页 |
| 5.2.4 鉴定蛋白质在3个树龄中的表达聚类分析 | 第123-125页 |
| 5.3 讨论 | 第125-132页 |
| 5.3.1 生理参数变化 | 第125-126页 |
| 5.3.2 参与光合作用蛋白 | 第126-127页 |
| 5.3.3 能量和碳水化合物相关蛋白 | 第127-128页 |
| 5.3.4 胁迫响应相关蛋白 | 第128-130页 |
| 5.3.5 脂类代谢相关蛋白 | 第130页 |
| 5.3.6 蛋白质水解相关蛋白 | 第130页 |
| 5.3.7 激素代谢相关蛋白 | 第130-132页 |
| 5.4 小结 | 第132-133页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第133-136页 |
| 6.1 主要结论 | 第133-134页 |
| 6.2 创新点 | 第134-135页 |
| 6.3 研究展望 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-159页 |
| 附录 | 第159-171页 |
| 致谢 | 第171-172页 |
| 作者简介 | 第172页 |
