| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·GAGA Factor | 第13-15页 |
| ·GAGA Factor 的序列分析 | 第13页 |
| ·GAGA Factor 的结构 | 第13-14页 |
| ·与GAGA Factor 结合的分子 | 第14-15页 |
| ·GAGA Element | 第15-17页 |
| ·GAGA Element 的序列特征 | 第15-16页 |
| ·GAGA Element 在基因组中的分布 | 第16-17页 |
| ·GAGA Factor 调控的基因 | 第17页 |
| ·GAGA Factor 与 GAGA Element 的结合及染色质结构的改变 | 第17-19页 |
| ·GAGA Factor 单体与GAGA Element 的识别与结合 | 第17-18页 |
| ·GAGA Factor 与染色质结构的改变 | 第18-19页 |
| ·小结 | 第19-20页 |
| 第二章 水稻 GAGA Element 分析平台的构建 | 第20-28页 |
| ·水稻 GAGA Element 分析硬件及 Linux 平台的构建 | 第20-21页 |
| ·硬件平台构建 | 第20页 |
| ·Linux 平台构建 | 第20-21页 |
| ·Bioperl 的本地安装及配置 | 第21-22页 |
| ·Bioperl 简介 | 第21页 |
| ·Gentoo Linux 平台下Bioperl 的安装 | 第21-22页 |
| ·BioJava 平台的本地配置 | 第22页 |
| ·BioJava 简介 | 第22页 |
| ·BioJava 平台的搭建 | 第22页 |
| ·水稻 GAGA Element 分析的数据库构建 | 第22-28页 |
| ·Mysql 数据库的安装 | 第22-23页 |
| ·水稻、果蝇GFF 数据本地化及数据库的构建 | 第23-24页 |
| ·基因组浏览器GBrowse 的本地构建 | 第24-26页 |
| ·Gene Ontology (GO)数据库的本地化 | 第26-28页 |
| 第三章 水稻 GAGA Element 预测及调控基因 GO 注释信息获取 | 第28-36页 |
| ·水稻 GAGA Element 的预测及调控基因的功能分析基本框架 | 第28-30页 |
| ·总体流程 | 第28页 |
| ·基因组水平的GAGA Element Motif 扫描 | 第28页 |
| ·GAGA Element 的特征分析 | 第28-30页 |
| ·根据GAGA Element 的特征进行GAGA Element 预测 | 第30页 |
| ·根据GO 注释信息进行GAGA Element 调控基因的功能注释 | 第30页 |
| ·基因组水平的 GAGA Element Motif 的扫描 | 第30-32页 |
| ·使用Bioperl 进行基因组水平的GAGA Element Motif 扫描 | 第30-31页 |
| ·GAGA Element Motif 之间的距离分析 | 第31-32页 |
| ·GAGA Element 的预测 | 第32-33页 |
| ·GAGA Element 特征正则表达式的构建 | 第32-33页 |
| ·GAGA Element 预测 | 第33页 |
| ·GAGA Element 调控基因的 GO 功能注释 | 第33-36页 |
| ·GO Database Java DBI 的实现 | 第33-34页 |
| ·GAGA Element 调控基因的功能注释 | 第34-36页 |
| 第四章 GAGA Element 及调控基因功能数据分析 | 第36-54页 |
| ·GAGA Element 数据分析 | 第36-37页 |
| ·GAGA Element Motif 分析 | 第36页 |
| ·GAGA Element 分析 | 第36-37页 |
| ·GAGA Element 调控基因的功能分析 | 第37-42页 |
| ·GAGA Element 调控基因的GO 功能注释 | 第37-38页 |
| ·GAGA Elemenet 调控基因的GO 广义注释 | 第38页 |
| ·超几何分布富集GO 节点功能类 | 第38-40页 |
| ·水稻与果蝇GAGA Element 调控基因横向比较 | 第40-42页 |
| ·GAGA Element 在染色体上的分布 | 第42-50页 |
| ·GAGA Element 及其类似序列在染色体上的分布 | 第42-50页 |
| ·GAGA Element 及其类似序列在染色体区段上的分布 | 第50页 |
| ·研究中的一些问题 | 第50-52页 |
| ·富集节点中果蝇与水稻基因功能注释的不同趋势 | 第50-51页 |
| ·GAGA Element 可能参与光诱导表达基因的调控 | 第51-52页 |
| ·今后的研究工作 | 第52页 |
| ·对已经预测的GAGA Element 进行实验验证 | 第52页 |
| ·对预测的GAGA Element 进行染色体定位 | 第52页 |
| ·小结 | 第52-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 硕士攻读期间取得的研究成果 | 第60-61页 |
| 附录1 水稻 GAGA Element 调控基因的 GO Biological Process 富集 | 第61-65页 |
| 附录2 水稻 GAGA Element 调控基因的 GO Molecular Funcation 富集 | 第65-68页 |
| 附录3 代码下载 | 第68-69页 |
