| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-38页 |
| §1.1 引言 | 第16页 |
| §1.2 蛋白质折叠 | 第16-21页 |
| §1.2.1 问题的提出 | 第16-18页 |
| §1.1.2 研究状况 | 第18-19页 |
| §1.1.3 基本机理 | 第19-21页 |
| §1.2 α-螺旋 | 第21-24页 |
| §1.2.1 结构特点 | 第21-22页 |
| §1.2.2 判断法则 | 第22-23页 |
| §1.2.3 研究状况 | 第23-24页 |
| §1.4 计算机模拟 | 第24-28页 |
| §1.4.1 模拟的特点 | 第24-25页 |
| §1.4.2 粗粒化模型 | 第25-28页 |
| §1.5 研究目的及研究内容 | 第28-31页 |
| 参考文献 | 第31-38页 |
| 第二章 格子Monte Carlo模拟方法 | 第38-54页 |
| §2.1 Monte Carlo方法 | 第38页 |
| §2.2 抽样方法 | 第38-42页 |
| §2.2.1 简单抽样 | 第38-39页 |
| §2.2.2 重要性抽样 | 第39-41页 |
| §2.2.3 Metropolis抽样的动力学诠释 | 第41-42页 |
| §2.3 Monte Carlo模拟中的格子模型 | 第42-43页 |
| §2.4 格子Monte Carlo模拟的不同算法 | 第43页 |
| §2.5 键长涨落模型及相应算法 | 第43-46页 |
| §2.6 模拟方法 | 第46-50页 |
| §2.6.1 周期性边界条件 | 第46-47页 |
| §2.6.2 时间平均与系综平均 | 第47页 |
| §2.6.3 坐标处理 | 第47页 |
| §2.6.4 模拟退火 | 第47-48页 |
| §2.6.5 模拟的实施 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-54页 |
| 第三章 单单元格子链模型及均聚多肽链helix-coil转变的Monte Carlo模拟 | 第54-72页 |
| §3.1 前言 | 第54-55页 |
| §3.2 模型及方法 | 第55-58页 |
| §3.2.1 粗粒化格子模型及势能函数 | 第55-57页 |
| §3.2.2 模拟方法 | 第57-58页 |
| §3.3 模拟结果 | 第58-66页 |
| §3.3.1 比热峰及热力学转变 | 第58-59页 |
| §3.3.2 链大小及形状变化 | 第59-60页 |
| §3.3.3 螺旋数目及平均长度 | 第60-61页 |
| §3.3.4 螺旋的周期性 | 第61-64页 |
| §3.3.5 与Zimm-Bragg理论的对比 | 第64-66页 |
| §3.4 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 第四章 对Zimm-Bragg理论描述helix-coil转变的重新审视 | 第72-104页 |
| §4.1 前言 | 第72-73页 |
| §4.2 理论、模型及方法 | 第73-85页 |
| §4.2.1 Zimm-Bragg理论、large-N近似、large-λ近似及片段成核 | 第73-79页 |
| §4.2.2 获得Zimm-Bragg常数的实验、模拟方法 | 第79-82页 |
| §4.2.3 模型及模拟方法 | 第82-85页 |
| §4.3 模拟结果 | 第85-94页 |
| §4.3.1 比热及热力学转变 | 第85页 |
| §4.3.2 模拟中螺旋形成的ZB常数 | 第85-87页 |
| §4.3.3 螺旋比率及螺旋片段平均长度 | 第87-89页 |
| §4.3.4 基于数值分析验证Large-λ近似 | 第89-92页 |
| §4.3.5 螺旋片段成核或多残基成核 | 第92-94页 |
| §4.4 对Zimm-Bragg理论的讨论 | 第94-95页 |
| §4.5 对获得ZB常数方法的比较 | 第95-98页 |
| §4.6 本章小结 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-104页 |
| 第五章 非天然态氢键在α-螺旋形成过程中的作用 | 第104-120页 |
| §5.1 前言 | 第104-105页 |
| §5.2 模型及方法 | 第105-107页 |
| §5.2.1 粗粒化格子模型及势能函数 | 第105页 |
| §5.2.2 模拟方法 | 第105-106页 |
| §5.2.3 链构象及其转变过程的观测参量 | 第106-107页 |
| §5.3 模拟结果 | 第107-114页 |
| §5.3.1 比热、能量变化及热力学转变 | 第107-109页 |
| §5.3.2 螺旋片段个数及平均长度 | 第109-110页 |
| §5.3.3 Zimm-Bragg常数(s&s) | 第110页 |
| §5.3.4 螺旋形成过程中链大小及形状的变化 | 第110-114页 |
| §5.4 讨论 | 第114-115页 |
| §5.5 本章小结 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-120页 |
| 第六章 改进的单单元模型及非整数周期α-螺旋的形成 | 第120-136页 |
| §6.1 前言 | 第120-121页 |
| §6.2 模型及方法 | 第121-126页 |
| §6.2.1 格子模型及相应势能函数 | 第121-124页 |
| §6.2.2 模拟方法 | 第124页 |
| §6.2.3 链构象及其转变过程的描述参量 | 第124-126页 |
| §6.3 模拟结果 | 第126-132页 |
| §6.3.1 Helix-coil转变过程中的链构象变化 | 第126-128页 |
| §6.3.2 螺旋片断个数及平均长度 | 第128-129页 |
| §6.3.3 螺旋规整性的描述及非整数螺旋周期的确定 | 第129-130页 |
| §6.3.4 与Zimm-Bragg理论的比较 | 第130-132页 |
| §6.4 结论 | 第132页 |
| 参考文献 | 第132-136页 |
| 第七章 四单元模型的构建及对α-螺旋形成、结构的研究 | 第136-162页 |
| §7.1 前言 | 第136-137页 |
| §7.2 模型及方法 | 第137-144页 |
| §7.2.1 粗粒化格子模型及势能函数 | 第137-142页 |
| §7.2.2 模拟方法 | 第142页 |
| §7.2.3 观测参量 | 第142-144页 |
| §7.3 模拟结果 | 第144-156页 |
| §7.3.1 比热峰及热力学转变 | 第144-145页 |
| §7.3.2 链大小及形状变化 | 第145-146页 |
| §7.3.3 螺旋数目及平均长度 | 第146-148页 |
| §7.3.4 与Zimm-Bragg理论和Lifson-Roil理论的对比 | 第148-151页 |
| §7.3.5 螺旋的周期性 | 第151-152页 |
| §7.3.6 Ramachandran plot | 第152-154页 |
| §7.3.7 螺旋结构中各基团的相对位置 | 第154-155页 |
| §7.3.8 螺旋结构及各基团的热涨落特性 | 第155-156页 |
| §7.4 讨论 | 第156-157页 |
| §7.5 本章小结 | 第157-158页 |
| 参考文献 | 第158-162页 |
| 第八章 膜蛋白折叠过程的初步研究 | 第162-178页 |
| §8.1 前言 | 第162页 |
| §8.2 极端环境下模拟的模型及方法 | 第162-164页 |
| §8.2.1 粗粒化格子模型及势能函数 | 第162-163页 |
| §8.2.2 模拟方法 | 第163-164页 |
| §8.3 极端环境下的模拟结果与讨论 | 第164-168页 |
| §8.3.1 水环境下的模拟结果 | 第164-166页 |
| §8.3.2 脂环境下的模拟结果 | 第166-168页 |
| §8.4 脂双层的构建及E蛋白构象初步预测 | 第168-173页 |
| §8.4.1 E蛋白和脂双层的模型细节 | 第169-170页 |
| §8.4.2 模拟结果与讨论 | 第170-173页 |
| §8.5 本章小结 | 第173-174页 |
| 参考文献 | 第174-178页 |
| 简历 | 第178-180页 |
| 后记 | 第180-182页 |
