| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 前言 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-25页 |
| 一、高通量测序研究现状及分析 | 第15-17页 |
| 1.1 Roche（454）的发展及其工作原理 | 第15-16页 |
| 1.2 Illumina的发展及其工作原理 | 第16-17页 |
| 1.3 ABI-SOLiD的发展及其工作原理 | 第17页 |
| 二 鞘蕊苏二萜类成分生物合成机制研究进展 | 第17-25页 |
| 1 萜类化合物的研究进展 | 第17-19页 |
| 2 鞘蕊苏萜类化合物的研究进展 | 第19-21页 |
| 3 萜类化合物的生物合成途径 | 第21-23页 |
| 4 萜类合成酶的结构及功能相关性 | 第23-24页 |
| 5 萜类合成酶的进化与分类 | 第24-25页 |
| 第二 章鞘蕊苏转录组测序及分析 | 第25-60页 |
| 1 材料 | 第25-26页 |
| 1.1 实验材料 | 第25-26页 |
| 1.2 仪器设备 | 第26页 |
| 2 方法 | 第26-34页 |
| 2.1 总RNA提取及转录组测序 | 第26-27页 |
| 2.2 HiSeq测序数据质量评估 | 第27页 |
| 2.3 转录本组装 | 第27-28页 |
| 2.4 基因功能注释 | 第28-30页 |
| 2.5 编码蛋白框预测 | 第30页 |
| 2.6 SSR注释 | 第30页 |
| 2.7 基因表达水平分析 | 第30-31页 |
| 2.8 RNA-Seq整体质量评估 | 第31页 |
| 2.9 样品相关分析 | 第31-32页 |
| 2.10 GO/KEGG富集分析 | 第32-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-57页 |
| 3.1 RNA提取及质量检测 | 第34-35页 |
| 3.2 clean数据质量控制 | 第35-36页 |
| 3.3 组装 | 第36-37页 |
| 3.4 注释 | 第37-38页 |
| 3.5 COG注释 | 第38-40页 |
| 3.6 GO注释 | 第40-43页 |
| 3.7 KEGG注释 | 第43-45页 |
| 3.8 CDS预测 | 第45-46页 |
| 3.9 串联重复注释 | 第46-47页 |
| 3.10 差异表达分析 | 第47-54页 |
| 3.11 鞘蕊苏萜类基因筛选 | 第54-57页 |
| 4 讨论 | 第57-60页 |
| 第三 章三个萜类合成酶基因的克隆、序列分析及表达研究 | 第60-113页 |
| 1 实验材料 | 第60-61页 |
| 1.1 植物材料 | 第60页 |
| 1.2 主要试剂 | 第60-61页 |
| 1.3 实验器材 | 第61页 |
| 2 实验方法 | 第61-83页 |
| 2.1 鞘蕊苏叶片和根总RNA提取 | 第61-62页 |
| 2.2 3'RACE实验 | 第62-64页 |
| 2.3 5'RACE | 第64-67页 |
| 2.4 序列的生物信息学分析 | 第67页 |
| 2.5 实时荧光相对定量PCR | 第67-70页 |
| 2.6 CfGCS, CfVPS ,CfGAS基因功能验证 | 第70-83页 |
| 3 结果与分析 | 第83-110页 |
| 3.1 RNA提取 | 第83页 |
| 3.2 3'RACE扩增 | 第83-84页 |
| 3.3 5'RACE扩增 | 第84页 |
| 3.4 CfGCS、CfVPS、CfGAS基因生物信息学分析 | 第84-103页 |
| 3.5 系统进化树分析 | 第103-105页 |
| 3.6 qPCR结果分析 | 第105-106页 |
| 3.7 CfGCS, CfVPS ,CfGAS基因的功能验证 | 第106-110页 |
| 4 讨论 | 第110-113页 |
| 第四 章紫外线促进鞘蕊苏有效成分合成分子机制研究 | 第113-135页 |
| 1 材料与试剂 | 第113-114页 |
| 1.1 植物材料 | 第113页 |
| 1.2 实验仪器 | 第113页 |
| 1.3 实验试剂 | 第113-114页 |
| 2 方法 | 第114-120页 |
| 2.1 紫外线处理及样品采集 | 第114页 |
| 2.2 isoforskolin含量测定 | 第114-115页 |
| 2.3 qPCR检测基因表达量 | 第115-120页 |
| 3 结果与分析 | 第120-133页 |
| 4 讨论 | 第133-135页 |
| 结语与创新 | 第135-137页 |
| 参考文献 | 第137-150页 |
| 附录 | 第150-154页 |
| 致谢 | 第154页 |
