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版纳微型猪近交系13个种质遗传特性候选基因的克隆、表达及功能预测

摘要第1-13页
ABSTRACT第13-16页
英汉縮略语名词对照第16-17页
1 引言第17-41页
   ·动物近交系的定义及近交的遗传学效应第17-18页
     ·动物近交系的定义第17页
     ·近交的遗传学效应第17-18页
   ·动物近交系培育的遗传学意义第18页
   ·国内外动物近交系研究概况第18-19页
   ·版纳微型猪近交系的培育第19-23页
     ·版纳猪近交系的建立第19-21页
       ·立项背景第19页
       ·系祖选择第19-20页
       ·系祖选定第20页
       ·近交衰退第20-21页
     ·版纳微型猪祖先的出现及版纳微型猪近交系的建立第21-22页
       ·版纳微型猪祖先的出现第21页
       ·版纳微型猪近交系的建立第21-22页
     ·版纳微型猪近交系亚系的形成第22页
     ·版纳微型猪近交系鉴定后的应用前景第22-23页
   ·表达序列标签(EST)在新基因克隆中的应用第23-25页
   ·荧光定量PCR(qPCR)第25页
   ·本研究相关基因研究概况第25-39页
     ·GH(生长激素基因)第25-27页
     ·AQP3(水通道蛋白基因3)第27-28页
     ·VEGF(血管内皮生长因子)第28-30页
     ·TNF-α(肿瘤坏死因子α)第30-31页
     ·IFN-α(α干扰素)第31-32页
     ·IL-6(白细胞介素6)第32-34页
     ·SRY(Y染色体性别决定基因)第34-35页
     ·FAIM1(Fas细胞凋亡抑制分子)第35-36页
     ·PQBP1(多聚谷氨酰胺结合蛋白1)第36页
     ·STXBP6(突触结合蛋白6)第36-37页
     ·RBKS(核糖激酶)第37页
     ·FAR1(脂乙酰辅酶A还原酶1)第37-38页
     ·CENPP(着丝粒蛋白P)第38-39页
   ·本研究的目的和意义第39-41页
2 材料与方法第41-62页
   ·主要仪器及试剂第41-43页
     ·主要仪器第41-42页
     ·主要试剂第42-43页
   ·主要试剂的配制第43-44页
   ·实验材料采集第44页
   ·基因组DNA和RNA提取第44-47页
     ·血液DNA提取第44-45页
     ·组织RNA提取第45-47页
   ·核酸的质量检测第47-48页
     ·琼脂糖凝胶检测(胶染法+点染法)第47页
     ·核酸蛋白测定仪检测浓度和纯度第47-48页
   ·cDNA第一链合成第48页
   ·引物的设计及合成第48-52页
   ·PCR扩增及产物检测第52-53页
     ·不同基因的PCR反应体系及扩增程序第52-53页
     ·PCR产物检测第53页
   ·PCR产物的回收纯化第53-54页
   ·连接反应第54页
   ·感受态细胞的制备第54-55页
   ·连接产物的转化第55页
   ·菌液PCR鉴定第55-56页
   ·质粒提取第56-57页
   ·酶切鉴定第57页
   ·PCR鉴定第57页
   ·基因序列测定第57页
   ·荧光定量分析基因的表达量第57-58页
   ·原核表达载体的构建第58-60页
   ·重组质粒在大肠杆菌中的表达第60页
   ·蛋白表达产物的SDS-PAGE检测第60页
   ·Western blot验证第60页
   ·生物信息学分析第60-62页
3 结果与分析第62-137页
   ·核酸提取后的检测结果第62-63页
     ·DNA检测结果第62页
     ·RNA检测结果第62-63页
   ·版纳微型猪近交系GH基因克隆、表达及功能预测第63-70页
     ·GH基因扩增结果第63页
     ·GH基因序列及氨基酸序列第63-64页
     ·GH蛋白保守结构域第64-65页
     ·GH蛋白二级结构第65页
     ·GH蛋白三级结构第65页
     ·不同猪品种GH基因序列比对结果第65-66页
     ·多物种GH氨基酸序列比对结果第66-68页
     ·GH多物种系统进化树第68页
     ·pET-32α-GH重组质粒鉴定结果第68-69页
     ·pET-32α-GH重组蛋白的SDS-PAGE检测结果第69-70页
     ·pET-32α-GH重组蛋白的Western blot鉴定第70页
   ·版纳微型猪近交系AQP3基因克隆、表达及功能预测第70-75页
     ·AQP3基因扩增结果第70-71页
     ·AQP3基因序列及氨基酸序列第71-72页
     ·AQP3蛋白保守结构域第72页
     ·AQP3蛋白二级结构第72页
     ·AQP3蛋白三级结构第72-73页
     ·不同猪品种AQP3基因序列比对结果第73页
     ·多物种AQP3氨基酸序列比对结果第73-74页
     ·AQP3多物种系统进化树第74-75页
     ·AQP3基因多组织荧光定量检测结果第75页
   ·版纳微型猪近交系VEGF基因克隆、表达及功能预测第75-81页
     ·VEGF基因扩增结果第75-76页
     ·VEGF基因序列及氨基酸序列第76-77页
     ·VEGF蛋白保守结构域第77页
     ·VEGF蛋白二级结构第77页
     ·VEGF蛋白三级结构第77-78页
     ·不同猪品种VEGF基因序列比对结果第78-79页
     ·多物种VEGF氨基酸序列比对结果第79-80页
     ·VEGF多物种系统进化树第80-81页
     ·VEGF基因多组织荧光定量检测结果第81页
   ·版纳微型猪近交系TNF-α基因克隆、表达及功能预测第81-88页
     ·TNF-α基因扩增结果第81-82页
     ·TNF-α基因序列及氨基酸序列第82-83页
     ·TNF-α蛋白保守结构域第83页
     ·TNF-α蛋白二级结构第83页
     ·TNF-α蛋白三级结构第83-84页
     ·不同猪品种TNF-α基因序列比对结果第84页
     ·多物种TNF-α氨基酸序列比对结果第84-87页
     ·TNF-α多物种系统进化树第87页
     ·TNF-α基因多组织荧光定量检测结果第87-88页
   ·版纳微型猪近交系IFN-α基因克隆、表达及功能预测第88-93页
     ·IFN-α基因扩增结果第88页
     ·IFN-α基因序列及氨基酸序列第88-89页
     ·IFN-α蛋白保守结构域第89页
     ·IFN-α蛋白二级结构第89-90页
     ·IFN-α蛋白三级结构第90页
     ·不同猪品种IFN-α基因序列比对结果第90-91页
     ·多物种IFN-α氨基酸序列比对结果第91-92页
     ·IFN-α多物种系统进化树第92页
     ·IFN-α基因多组织荧光定量检测结果第92-93页
   ·版纳微型猪近交系IL-6基因克隆、表达及功能预测第93-99页
     ·IL-6基因扩增结果第93-94页
     ·IL-6基因序列及氨基酸序列第94页
     ·IL-6蛋白保守结构域第94-95页
     ·IL-6蛋白二级结构第95页
     ·IL-6蛋白三级结构第95页
     ·不同品种猪IL-6基因序列比对结果第95-96页
     ·多物种IL-6氨基酸序列比对结果第96-97页
     ·IL-6多物种系统进化树第97-98页
     ·IL-6基因多组织荧光定量检测结果第98-99页
   ·版纳微型猪近交系SRY基因克隆、表达及功能预测第99-106页
     ·SRY基因扩增结果第99-100页
       ·SRY F1/R1 PCR扩增结果第99页
       ·SRY F2/R2 PCR扩增结果第99-100页
     ·SRY基因序列及氨基酸序列第100页
     ·SRY蛋白保守结构域第100-101页
     ·SRY蛋白二级结构第101页
     ·SRY蛋白三级结构第101-102页
     ·不同品种猪SRY基因序列比对结果第102-103页
     ·多物种SRY氨基酸序列比对结果第103-104页
     ·SRY多物种系统进化树第104-105页
     ·pET-32a-SRY重组质粒鉴定结果第105页
     ·pET-32a-SRY重组蛋白的SDS-PAGE检测结果第105-106页
   ·版纳微型猪近交系FAIM1基因克隆、表达及功能预测第106-111页
     ·FAIM1基因扩增结果第106-107页
     ·FAIM1基因序列及氨基酸序列第107-108页
     ·FAIM1蛋白保守结构域第108页
     ·FAIM1蛋白二级结构第108页
     ·FAIM1蛋白三级结构第108-109页
     ·多物种FAIM1氨基酸序列比对结果第109-110页
     ·FAIM1多物种系统进化树第110页
     ·FAIM1基因多组织荧光定量检测结果第110-111页
   ·版纳微型猪近交系PQBP1基因克隆、表达及功能预测第111-116页
     ·PQBP1基因扩增结果第111-112页
     ·PQBP1基因序列及氨基酸序列第112页
     ·PQBP1蛋白保守结构域第112-113页
     ·PQBP1蛋白二级结构第113页
     ·PQBP1蛋白三级结构第113页
     ·多物种PQBP1氨基酸序列比对结果第113-115页
     ·PQBP1多物种系统进化树第115页
     ·PQBP1基因多组织荧光定量检测结果第115-116页
   ·版纳微型猪近交系STXBP6基因克隆、表达及功能预测第116-120页
     ·STXBP6基因扩增结果第116页
     ·STXBP6基因序列及氨基酸序列第116-117页
     ·STXBP6蛋白保守结构域第117页
     ·STXBP6蛋白二级结构第117-118页
     ·STXBP6蛋白三级结构第118页
     ·多物种STXBP6氨基酸序列比对结果第118-119页
     ·STXBP6多物种系统进化树第119页
     ·STXBP6基因多组织荧光定量检测结果第119-120页
   ·版纳微型猪近交系RBKS基因克隆、表达及功能预测第120-126页
     ·RBKS基因扩增结果第120-121页
     ·RBKS基因序列及氨基酸序列第121页
     ·RBKS蛋白保守结构域第121-122页
     ·RBKS蛋白二级结构第122页
     ·RBKS蛋白三级结构第122-123页
     ·多物种RBKS氨基酸序列比对结果第123-124页
     ·RBKS多物种系统进化树第124-125页
     ·RBKS基因多组织荧光定量检测结果第125-126页
   ·版纳微型猪近交系FAR1基因克隆、表达及功能预测第126-132页
     ·FAR1基因扩增结果第126页
     ·FAR1基因序列及氨基酸序列第126-127页
     ·FAR1蛋白保守结构域第127页
     ·FAR1蛋白二级结构第127-128页
     ·FAR1蛋白三级结构第128页
     ·多物种FAR1氨基酸序列比对结果第128-130页
     ·FAR1多物种系统进化树第130-131页
     ·FAR1基因多组织荧光定量检测结果第131-132页
   ·版纳微型猪近交系CENPP基因克隆、表达及功能预测第132-137页
     ·CENPP基因扩增结果第132页
     ·CENPP基因序列及氨基酸序列第132-133页
     ·CENPP蛋白保守结构域第133页
     ·CENPP蛋白二级结构第133-134页
     ·多物种CENPP氨基酸序列比对结果第134-135页
     ·CENPP多物种系统进化树第135-136页
     ·CENPP基因多组织荧光定量检测结果第136-137页
4 讨论第137-144页
   ·BMI种质遗传特性相关候选基因的筛选及确定第137-139页
   ·基因的组织差异表达现象解析第139-141页
   ·关于信号肽对蛋白质表达的影响第141页
   ·关于EST拼接克隆新基因的策略第141-144页
5 小结第144-146页
   ·主要研究结果第144-145页
   ·本研究的创新点第145-146页
参考文献第146-160页
附录第160-180页
 附录1 GenBank收录的版纳微型猪近交系GH的mRNA序列第160-161页
 附录2 GenBank收录的版纳微型猪近交系AQP3的mRNA序列第161-163页
 附录3 GenBank收录的版纳微型猪近交系VEGF的mRNA序列第163-164页
 附录4 GenBank收录的版纳微型猪近交系TNF-α的mRNA序列第164-165页
 附录5 GenBank收录的版纳微型猪近交系IFN-α的mRNA序列第165-167页
 附录6 GenBank收录的版纳微型猪近交系IL-6的mRNA序列第167-168页
 附录7 GenBank收录的版纳微型猪近交系SRY基因序列第168-170页
 附录8 GenBank收录的版纳微型猪近交系FAIM1的mRNA序列第170-171页
 附录9 GenBank收录的版纳微型猪近交系PQBP1的mRNA序列第171-173页
 附录10 GenBank收录的版纳微型猪近交系STXBP6的mRNA序列第173-174页
 附录11 GenBank收录的版纳微型猪近交系RBKS的mRNA序列第174-176页
 附录12 GenBank收录的版纳微型猪近交系FAR1的mRNA序列第176-178页
 附录13 GenBank收录的版纳微型猪近交系CENPP的mRNA序列第178-180页
在读博士研究生期间发表学术论文第180-181页
在读博士研究生期间主持项目第181页
在读博士研究生期间参与项目第181-182页
致谢第182页

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