| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-13页 |
| 第1章 绪论 | 第13-36页 |
| ·Pre-mRNA选择性剪接调控机制研究的目的和意义 | 第14-16页 |
| ·Pre-mRNA选择性剪接调控机制的研究现状 | 第16-33页 |
| ·Pre-mRNA剪接的分子生物学过程 | 第16-19页 |
| ·选择性剪接事件的研究现状 | 第19-23页 |
| ·选择性剪接调控机制的研究现状 | 第23-27页 |
| ·顺式作用元件的研究现状 | 第27-29页 |
| ·RNA-蛋白质结合区域特性的研究现状 | 第29-30页 |
| ·组织特异性选择性剪接及调控因子的研究现状 | 第30-31页 |
| ·Pre-mRNA剪接与疾病的研究现状 | 第31-33页 |
| ·论文主要研究内容和写作安排 | 第33-36页 |
| 第2章 组织特异性Pre-mRNA选择性剪接顺式作用元件及其功能的预测 | 第36-62页 |
| ·引言 | 第36-37页 |
| ·外显子芯片技术 | 第37-48页 |
| ·选择性剪接与微阵列技术 | 第37-39页 |
| ·外显子芯片的设计 | 第39-40页 |
| ·外显子芯片数据处理中的关键问题 | 第40-48页 |
| ·组织特异性pre-mRNA选择性剪接顺式作用元件的预测模型 | 第48-55页 |
| ·确定差异性表达的外显子 | 第50-52页 |
| ·调控区域与调控序列的选择 | 第52-53页 |
| ·顺式作用元件及相对功能水平的预测 | 第53-54页 |
| ·顺式作用元件的组织特异功能水平的估计 | 第54-55页 |
| ·模型预测结果及分析 | 第55-61页 |
| ·组织间表达有差异的外显子 | 第55-56页 |
| ·顺式作用元件及相对功能水平的预测 | 第56-57页 |
| ·预测出的顺式作用元件相关生物验证 | 第57-58页 |
| ·顺式作用元件的功能预测 | 第58-59页 |
| ·顺式作用元件的组织特异性选择性剪接调控网络图 | 第59-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 第3章 基于CLIP-Seq的SFRS1蛋白质在全转录组中的结合特性研究 | 第62-85页 |
| ·引言 | 第62-63页 |
| ·SFRS1蛋白质的CLIP-Seq实验 | 第63-69页 |
| ·SFRS1蛋白质 | 第63-64页 |
| ·RNA-蛋白质结合区域的测定方法 | 第64-65页 |
| ·CLIP实验 | 第65-66页 |
| ·高通量测序实验 | 第66-69页 |
| ·基于CLIP-Seq的RNA-蛋白质结合区域的特性研究 | 第69-84页 |
| ·基于动态规划的序列标记去除法 | 第69-71页 |
| ·蛋白质结合RNA序列与基因组序列的比对 | 第71-73页 |
| ·RNA-蛋白结合区域的分类 | 第73-76页 |
| ·基因本体论(Gene Ontology)分析 | 第76-78页 |
| ·RNA-蛋白质结合位点的预测 | 第78-81页 |
| ·RNA-蛋白质结合位点到剪接位点距离的性质 | 第81-82页 |
| ·RNA结合蛋白质与遗传疾病 | 第82-84页 |
| ·本章小结 | 第84-85页 |
| 第4章 RNase序列特异性研究及确定RNA-蛋白质结合区域的仿真算法 | 第85-97页 |
| ·引言 | 第85页 |
| ·核糖核酸酶简介 | 第85-87页 |
| ·核糖核酸酶序列特异性的研究 | 第87-90页 |
| ·评价核糖核酸酶序列特异性的方法 | 第87-88页 |
| ·RNase A/T1的序列特异性 | 第88-90页 |
| ·基于RNase的序列特异性初步确定RNA-蛋白质结合区域 | 第90-96页 |
| ·RNase剪切仿真算法 | 第90-92页 |
| ·算法预测结果 | 第92-94页 |
| ·算法对噪声的鲁棒性测试 | 第94-96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 第5章 基于统计力学的RNA-蛋白质结合区域特性预测模型 | 第97-119页 |
| ·引言 | 第97-98页 |
| ·RNA二级结构与选择性剪接 | 第98-101页 |
| ·RNA的二级结构及预测方法 | 第98-100页 |
| ·RNA的二级结构对选择性剪接的影响 | 第100-101页 |
| ·RNAMotif Modeler模型 | 第101-109页 |
| ·RNA序列配对概率的预测 | 第103-104页 |
| ·基于统计力学的RNA-蛋白质结合建模 | 第104-105页 |
| ·CLIP-seq转录组序列建模 | 第105-106页 |
| ·基于量子粒子群算法的参数优化 | 第106-108页 |
| ·模体收敛路径与图 | 第108页 |
| ·RNA结合蛋白质的模体序列图标 | 第108-109页 |
| ·SFRS1蛋白质结合模体的序列与结构预测结果 | 第109-118页 |
| ·QPSO参数选择对结果的影响 | 第109-110页 |
| ·SFRS1蛋白质结合模体搜索的收敛性 | 第110-111页 |
| ·SFRS1蛋白质与RNA结合区域的序列和结构特征 | 第111-113页 |
| ·不同长度模体的预测 | 第113-114页 |
| ·SFRS1结合区域为单链 | 第114-116页 |
| ·考虑RNA二级结构前后的预测结果对比 | 第116-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 结论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-146页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文和取得的科研成果 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
