| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 第一章 苯酚生物降解的研究进展 | 第16-42页 |
| ·苯酚的危害性及生产消费现状 | 第16-17页 |
| ·苯酚的特性及其危害 | 第16-17页 |
| ·世界苯酚生产与消费现状 | 第17页 |
| ·苯酚的生物降解途径及降解关键酶 | 第17-24页 |
| ·苯酚降解菌对逆境的适应能力 | 第17-18页 |
| ·苯酚的生物厌氧降解和好氧降解 | 第18页 |
| ·苯酚羟化酶 | 第18-21页 |
| ·细菌的特异途径调控和全局调控 | 第21-24页 |
| ·参与芳香族化合物降解的调控蛋白 | 第24-28页 |
| ·XylR/DmpR型调控蛋白家族 | 第25页 |
| ·LysR型调控蛋白家族 | 第25-26页 |
| ·AraC型调控蛋白家族 | 第26页 |
| ·IclR型调控蛋白家族 | 第26页 |
| ·FNR和MarR型调控蛋白家族 | 第26页 |
| ·GntR型调控蛋白家族 | 第26页 |
| ·双组分信号转录调控蛋白家族 | 第26-27页 |
| ·苯酚降解基因簇的调控多样性 | 第27-28页 |
| ·XylR/DmpR调控蛋白家族的调控机制 | 第28-37页 |
| ·XylR/DmpR型调控蛋白控制的代谢操纵子 | 第29-30页 |
| ·XylR/DmpR型调控蛋白的结构域 | 第30-32页 |
| ·XylR/DmpR型调控蛋白的结构 | 第32-35页 |
| ·XylR/DmpR型调控蛋白在激活过程中与DNA的结合 | 第35-37页 |
| ·σ~(54) 依赖型启动子的转录 | 第37-38页 |
| ·σ~(54) 因子的结构域 | 第37页 |
| ·σ~(54) 因子识别的启动子 | 第37页 |
| ·σ~(54) 依赖型启动子的转录特点 | 第37-38页 |
| ·生物降解调控蛋白的研究前景和展望 | 第38-42页 |
| 第二章 苯酚羟化酶调控基因mphR的克隆和序列分析 | 第42-59页 |
| ·材料和方法 | 第43-51页 |
| ·菌株和质粒 | 第43页 |
| ·酶和试剂 | 第43页 |
| ·培养基 | 第43页 |
| ·反向PCR技术的原理及流程 | 第43-44页 |
| ·A. calcoaceticus PHEA-2 基因组DNA的分离 | 第44页 |
| ·PCR扩增及纯化 | 第44-45页 |
| ·A. calcoaceticus PHEA-2 基因组DNA的酶切和电泳 | 第45-46页 |
| ·Southern杂交技术 | 第46-49页 |
| ·酶切或PCR产物的连接 | 第49-50页 |
| ·连接产物的转化 | 第50页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第50-51页 |
| ·插入片段的测序 | 第51页 |
| ·结果 | 第51-57页 |
| ·苯酚羟化酶基因簇mph的组成 | 第51页 |
| ·苯酚羟化酶基因簇mph的5’末端酶切图谱分析 | 第51-52页 |
| ·Southern杂交结果 | 第52-53页 |
| ·反向PCR扩增ORF1 基因 | 第53-55页 |
| ·苯酚羟化酶调控蛋白MphR的氨基酸序列的系谱分析 | 第55-56页 |
| ·MphR的4 个结构域 | 第56-57页 |
| ·讨论 | 第57-59页 |
| ·染色体步移法 | 第57页 |
| ·MphR的结构域和氨基酸序列特点 | 第57-59页 |
| 第三章 苯酚降解调控蛋白MphR的功能鉴定 | 第59-77页 |
| ·材料与方法 | 第59-62页 |
| ·菌株和质粒 | 第59-60页 |
| ·酶，试剂及主要仪器 | 第60页 |
| ·培养基与抗生素 | 第60-61页 |
| ·引物 | 第61页 |
| ·SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳使用的溶液及缓冲液成分 | 第61页 |
| ·纯化组氨酸标签（His-Tag）融合蛋白使用的NTA缓冲液的成分 | 第61-62页 |
| ·凝胶阻滞试剂的配制 | 第62页 |
| ·原理 | 第62-63页 |
| ·共转化菌构建原理 | 第62页 |
| ·凝胶阻滞实验原理 | 第62-63页 |
| ·方法 | 第63-67页 |
| ·载体的构建 | 第63页 |
| ·β-半乳糖苷酶酶活的检测方法 | 第63页 |
| ·SDS-PAGE蛋白电泳的操作方法 | 第63-64页 |
| ·His-MphR融合蛋白的诱导表达 | 第64页 |
| ·His-MphR融合蛋白表达分析 | 第64页 |
| ·His-MphR融合蛋白的纯化 | 第64-65页 |
| ·纯化的His-MphR蛋白浓度的测定 | 第65页 |
| ·凝胶阻滞实验 | 第65-67页 |
| ·结果 | 第67-73页 |
| ·mphR和mphK启动子检测载体的构建 | 第67-68页 |
| ·mphR基因在野生型PHEA-2 菌中的转录特点 | 第68-69页 |
| ·MphR可以在大肠杆菌中激活苯酚羟化酶基因启动子PmphK转录 | 第69页 |
| ·PmphK可以被NC188250 菌的苯酚降解调控蛋白MopR交叉激活 | 第69-71页 |
| ·苯酚降解调控蛋白MphR化学信号域（A域）效应物识别谱的鉴定 | 第71页 |
| ·融合蛋白MphR的表达与分析 | 第71-72页 |
| ·融合蛋白MphR的纯化与分析 | 第72页 |
| ·探针的标记结果 | 第72-73页 |
| ·MphR蛋白与探针的结合实验 | 第73页 |
| ·讨论 | 第73-77页 |
| 第四章 MphR依赖型启动子PmphK的调控元件分析 | 第77-94页 |
| ·材料 | 第77-80页 |
| ·菌株和质粒 | 第77-79页 |
| ·酶，试剂及主要仪器 | 第79页 |
| ·培养基与抗生素 | 第79页 |
| ·引物 | 第79-80页 |
| ·原理和实验流程 | 第80-81页 |
| ·引物延伸法确定基因转录起始位点的原理 | 第80页 |
| ·启动子逐段截短的实验流程 | 第80-81页 |
| ·方法 | 第81-83页 |
| ·载体的构建，蛋白的表达及纯化，凝胶阻滞实验 | 第81页 |
| ·引物延伸方法 | 第81-83页 |
| ·结果与分析 | 第83-90页 |
| ·mphR和mphK基因启动子调控元件的分析 | 第83页 |
| ·mphK基因转录起始位点的确定 | 第83-85页 |
| ·5’端截短的mphK启动子的性质 | 第85-86页 |
| ·全细胞生物检测菌PEMRP14 和PEMRP34 检测低浓度苯酚的特点 | 第86页 |
| ·苯酚羟化酶启动子PmphK的最小启动子区域 | 第86-87页 |
| ·苯酚羟化酶启动子PmphK的不同区域和调控蛋白MphR的结合特点 | 第87-90页 |
| ·讨论 | 第90-94页 |
| 第五章 MphR蛋白结构模拟分析及其晶体制备 | 第94-103页 |
| ·材料与方法 | 第94-98页 |
| ·菌株 | 第94页 |
| ·培养基与抗生素 | 第94页 |
| ·试剂盒 | 第94页 |
| ·蛋白结晶原理 | 第94-95页 |
| ·蛋白质的表达,纯化方法 | 第95页 |
| ·蛋白质的体外结晶 | 第95-98页 |
| ·结果与分析 | 第98-101页 |
| ·MphR保守域的分析和三维结构的预测 | 第98-100页 |
| ·His-MphR蛋白结晶的初筛 | 第100-101页 |
| ·His-MphR蛋白结晶的优化 | 第101页 |
| ·讨论 | 第101-103页 |
| 结论 | 第103页 |
| 本研究的特色与创新点 | 第103-106页 |
| 参考文献 | 第106-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 作者简介 | 第118-119页 |
