| 学位论文数据集 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-9页 |
| Abstract | 第9-14页 |
| 第一章 绪论 | 第23-47页 |
| 1.1 超分子体系概述 | 第23-27页 |
| 1.1.1 生物大分子体系中的超分子 | 第23-25页 |
| 1.1.2 分子容器 | 第25-27页 |
| 1.2 分子模拟方法概述 | 第27-36页 |
| 1.2.1 基于量子力学的模拟方法 | 第27-28页 |
| 1.2.2 基于经典力学的模拟方法 | 第28-32页 |
| 1.2.3 溶剂模型 | 第32-33页 |
| 1.2.4 周期性边界条件与长程静电作用 | 第33-34页 |
| 1.2.5 自由能的模拟计算 | 第34-36页 |
| 1.3 含金属离子体系的计算机建模 | 第36-44页 |
| 1.3.1 金属离子的重要性 | 第36页 |
| 1.3.2 计算机建模的重要性 | 第36-37页 |
| 1.3.3 含金属离子体系建模的困难与挑战 | 第37-38页 |
| 1.3.4 含金属体系的量子力学建模 | 第38页 |
| 1.3.5 含金属体系的经典力学建模——非键模型 | 第38-41页 |
| 1.3.6 含金属体系的经典力学建模——共价连接模型 | 第41-43页 |
| 1.3.7 含金属体系的经典力学建模——虚拟原子模型 | 第43-44页 |
| 1.4 论文思路和研究内容 | 第44-47页 |
| 第二章 Mg~(2+)虚拟原子模型力场参数的精炼 | 第47-61页 |
| 2.1 引言 | 第47-48页 |
| 2.2 方法 | 第48-55页 |
| 2.2.1 本研究中使用的力场 | 第48-50页 |
| 2.2.2 本研究中使用的实验值 | 第50页 |
| 2.2.3 精炼力场参数的方法 | 第50-52页 |
| 2.2.4 模拟参数及条件的设置 | 第52-53页 |
| 2.2.5 水合自由能计算方法 | 第53-55页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第55-58页 |
| 2.3.1 参数精炼过程与结果 | 第55-56页 |
| 2.3.2 参数的测试与比较 | 第56-58页 |
| 2.4 小结 | 第58-61页 |
| 第三章 六配位二价金属阳离子的虚拟原子模型力场参数开发 | 第61-85页 |
| 3.1 引言 | 第61-62页 |
| 3.2 方法 | 第62-69页 |
| 3.2.1 本研究中使用的力场 | 第62页 |
| 3.2.2 本研究中使用的实验值 | 第62-63页 |
| 3.2.3 分子模拟参数及条件的设置 | 第63-64页 |
| 3.2.4 水合自由能计算方法 | 第64-65页 |
| 3.2.5 CaDA模型参数开发 | 第65-68页 |
| 3.2.6 模型参数的测试 | 第68页 |
| 3.2.7 模型参数精炼 | 第68-69页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第69-84页 |
| 3.3.1 针对TIP3P水模型的CaDA参数开发 | 第69-72页 |
| 3.3.2 针对SPC/E水模型的CaDA参数开发 | 第72-76页 |
| 3.3.3 针对TIP4P-EW水模型的CaDA参数开发 | 第76-79页 |
| 3.3.4 CaDA模型的改进 | 第79-81页 |
| 3.3.5 CaDA参数精炼 | 第81-82页 |
| 3.3.6 最终的二价六配位金属离子的CaDA模型 | 第82-84页 |
| 3.4 小结 | 第84-85页 |
| 第四章 虚拟原子模型力场参数的性能评价 | 第85-109页 |
| 4.1 引言 | 第85-87页 |
| 4.2 方法 | 第87-93页 |
| 4.2.1 本研究中使用的力场 | 第87-89页 |
| 4.2.2 水交换速率常数的计算 | 第89-90页 |
| 4.2.3 激酶GSK3β的MD模拟 | 第90-91页 |
| 4.2.4 谷胱甘肽合成酶GS的MD模拟 | 第91页 |
| 4.2.5 GTP酶OsRac1的MD模拟 | 第91-92页 |
| 4.2.6 E.coli乙二醛酶GlxI的MD模拟 | 第92页 |
| 4.2.7 MD模拟参数设置 | 第92-93页 |
| 4.2.8 模拟性能评价方法 | 第93页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第93-106页 |
| 4.3.1 水交换速率常数预测性能的评价 | 第93-94页 |
| 4.3.2 激酶GSK3β体系的测试 | 第94-96页 |
| 4.3.3 谷胱甘肽合成酶GS体系的测试 | 第96-100页 |
| 4.3.4 GTP酶OsRac1体系的测试 | 第100-103页 |
| 4.3.5 E.coli乙二醛酶GlxI金属替代体系的测试 | 第103-105页 |
| 4.3.6 讨论 | 第105-106页 |
| 4.4 小结 | 第106-109页 |
| 第五章 金属配位纳米胶囊M_2L_4自组装的分子动力学模拟研究 | 第109-127页 |
| 5.1 引言 | 第109-110页 |
| 5.2 方法 | 第110-117页 |
| 5.2.1 配体分子的力场参数 | 第110-111页 |
| 5.2.2 汞离子的力场参数开发 | 第111-113页 |
| 5.2.3 单组装体体系的模拟方法 | 第113-114页 |
| 5.2.4 多组装体体系的模拟方法 | 第114-115页 |
| 5.2.5 一般模拟方法及参数设置 | 第115-116页 |
| 5.2.6 组装体的识别及统计 | 第116-117页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第117-124页 |
| 5.3.1 汞离子力场参数开发 | 第117-119页 |
| 5.3.2 M_2L_4纳米胶囊超分子结构转化 | 第119页 |
| 5.3.3 单组装体的自组装 | 第119-121页 |
| 5.3.4 多组装体的自组装 | 第121-124页 |
| 5.4 小结 | 第124-127页 |
| 第六章 金属配位纳米胶囊M_2L_4客体封装的分子动力学模拟研究 | 第127-151页 |
| 6.1 引言 | 第127-129页 |
| 6.2 方法 | 第129-134页 |
| 6.2.1 富勒烯分子的力场参数 | 第129页 |
| 6.2.2 单组装体体系的模拟方法 | 第129-130页 |
| 6.2.3 多组装体体系的模拟方法 | 第130页 |
| 6.2.4 一般模拟方法及参数设置 | 第130-131页 |
| 6.2.5 客体结合自由能的计算 | 第131-133页 |
| 6.2.6 组装体的识别及统计 | 第133-134页 |
| 6.2.7 客体封装概率及选择性的计算 | 第134页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第134-148页 |
| 6.3.1 单组装体对富勒烯的封装 | 第134-139页 |
| 6.3.2 富勒烯客体分子竞争封装的机理 | 第139-143页 |
| 6.3.3 多组装体对客体分子的封装 | 第143-148页 |
| 6.4 小结 | 第148-151页 |
| 第七章 结论 | 第151-155页 |
| 7.1 结论 | 第151-153页 |
| 7.2 创新点 | 第153-155页 |
| 问题与建议 | 第155-157页 |
| 参考文献 | 第157-167页 |
| 致谢 | 第167-169页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第169-171页 |
| 作者及导师简介 | 第171-172页 |
| 附件 | 第172-173页 |
