| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 微生物基因组发展概况 | 第12-13页 |
| 1.2 微生物基因组研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 微生物基因组计划 | 第13-14页 |
| 1.2.2 基因组学的分类 | 第14页 |
| 1.2.3 微生物基因组学研究现状及热点 | 第14-16页 |
| 1.3 测序技术的发展状况 | 第16-18页 |
| 1.3.1 测序技术的兴起 | 第16-17页 |
| 1.3.2 主要测序技术、应用和进展 | 第17-18页 |
| 1.4 微生物蛋白质组学概述 | 第18-21页 |
| 1.4.1 蛋白质组学的兴起 | 第18页 |
| 1.4.2 蛋白质组学研究思路进展 | 第18-19页 |
| 1.4.3 蛋白组学研究方法 | 第19-21页 |
| 1.5 溶杆菌属(Lysobacter sp.)菌研究概况 | 第21-26页 |
| 1.5.1 产酶溶杆菌(Lysobacter enzymogenes)的生物学特性 | 第21-22页 |
| 1.5.2 产酶溶杆菌(Lysobacter enzymogenes)的生防机制及应用 | 第22-23页 |
| 1.5.3 溶杆菌属菌的基因组学研究进展 | 第23-25页 |
| 1.5.4 溶杆菌属(Lysobacter sp.)菌的蛋白组学研究状况 | 第25-26页 |
| 1.6 本研究的目的、意义及技术路线 | 第26-28页 |
| 1.6.1 本研究的目的、意义 | 第26-27页 |
| 1.6.2 本研究的技术路线 | 第27-28页 |
| 第2章 Lysobacter sp.SNNU513全基因组测序及注释 | 第28-42页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第28-32页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第28页 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.1.3 基因组测序和组装 | 第29-30页 |
| 2.1.4 基因组的初步分析 | 第30-32页 |
| 2.2 结果与分析 | 第32-40页 |
| 2.2.1 基因组的提取 | 第32页 |
| 2.2.2 基因组序列组装 | 第32-33页 |
| 2.2.3 基因组序列分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 RNA预测与分析 | 第34-35页 |
| 2.2.5 基因功能预测与分析 | 第35-38页 |
| 2.2.6 代谢通路分析 | 第38-40页 |
| 2.3 讨论 | 第40-42页 |
| 第3章 Lysobacter sp.SNNU513蛋白组的建立 | 第42-76页 |
| 3.1 实验材料 | 第42-44页 |
| 3.1.1 菌株 | 第42页 |
| 3.1.2 常用培养基 | 第42页 |
| 3.1.3 主要化学试剂 | 第42页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第42-43页 |
| 3.1.5 常用溶液配制 | 第43-44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-48页 |
| 3.2.1 Lysobacter sp.SNNU513的活化 | 第44页 |
| 3.2.2 Lysobacter sp.SNNU513的拮抗实验 | 第44-45页 |
| 3.2.3 胞内外蛋白样品的制备 | 第45-46页 |
| 3.2.4 蛋白浓度测定 | 第46页 |
| 3.2.5 SDS-PAGE凝胶电泳检测 | 第46页 |
| 3.2.6 Lysobacter sp.SNNU513总蛋白的Shotgun LC-MS质谱检测 | 第46-47页 |
| 3.2.7 蛋白注释 | 第47页 |
| 3.2.8 潜在抗菌相关蛋白的性质分析 | 第47-48页 |
| 3.3 结果与分析 | 第48-74页 |
| 3.3.1 Lysobacter sp.SNNU513的拮抗实验 | 第48-49页 |
| 3.3.2 Lysobacter sp.SNNU513蛋白浓度检测 | 第49-50页 |
| 3.3.3 SDS-PAGE分离胞内外蛋白 | 第50-51页 |
| 3.3.4 质谱鉴定的蛋白的功能分析 | 第51-60页 |
| 3.3.5 潜在活性蛋白的综合分析 | 第60-65页 |
| 3.3.6 α-lytic protease的基础生物信息学分析 | 第65-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-76页 |
| 第4章 总结和展望 | 第76-78页 |
| 4.1 总结 | 第76页 |
| 4.2 展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 致谢 | 第90-92页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第92页 |
