| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 缩略词 | 第8-9页 |
| 文献综述 | 第9-25页 |
| 1 棉花概述 | 第9-16页 |
| 1.1 棉纤维分化和发育的生理过程 | 第9-12页 |
| 1.2 棉纤维发育相关基因研究进展 | 第12-15页 |
| 1.3 棉纤维发育突变体 | 第15-16页 |
| 1.4 棉纤维发育与microRNA | 第16页 |
| 2 棉花转录组的表达谱研究 | 第16-25页 |
| 2.1 经典表达谱分析研究 | 第17-18页 |
| 2.2 高通量的表达谱分析研究 | 第18-25页 |
| 前言 | 第25-27页 |
| 材料与方法 | 第27-37页 |
| 1 实验材料 | 第27-28页 |
| 1.1 植物材料 | 第27页 |
| 1.2 试剂与试剂盒 | 第27-28页 |
| 2 实验方法 | 第28-37页 |
| 2.1 样品制备及高通量测序 | 第28-30页 |
| 2.2 生物信息学分析 | 第30-34页 |
| 2.3 实时荧光定量RT-PCR | 第34-37页 |
| 结果与讨论 | 第37-59页 |
| 1 总RNA质量检测 | 第37-38页 |
| 2 测序评估 | 第38-42页 |
| 2.1 参考基因选择及统计 | 第38页 |
| 2.2 测序质量评估 | 第38-40页 |
| 2.3 测序饱和度分析 | 第40-41页 |
| 2.4 Clean tag拷贝数分布 | 第41页 |
| 2.5 样品间公共标签分析 | 第41-42页 |
| 3 基因表达注释 | 第42-45页 |
| 3.1 clean tag比对统计 | 第42页 |
| 3.2 正义、反义链基因表达注释 | 第42-45页 |
| 4 差异表达标签与差异表达基因(differently expressed genes,DEGs) | 第45-48页 |
| 5 纤维发育相关基因分析 | 第48-51页 |
| 6 纤维发育过程中miRNA及其靶标表达分析 | 第51-57页 |
| 7 Real Time qRT-PCR对测序基因的验证 | 第57-59页 |
| 全文总结 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-71页 |
| 读研期间已发表的论文 | 第71-73页 |
| 致谢 | 第73页 |