| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 英文缩写说明 | 第9-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-26页 |
| 1.1 生物信息学研究概述 | 第10-11页 |
| 1.2 系统和复杂系统研究概述 | 第11-12页 |
| 1.3 系统生物学研究概述 | 第12-14页 |
| 1.3.1 系统生物学的出现和定义 | 第12-13页 |
| 1.3.2 系统生物学的研究范式 | 第13-14页 |
| 1.3.3 系统生物学的研究内容 | 第14页 |
| 1.4 生物分子网络 | 第14-23页 |
| 1.4.1 代谢网络 | 第15-17页 |
| 1.4.2 蛋白质相互作用网络 | 第17页 |
| 1.4.3 基因调控网络 | 第17-23页 |
| 1.5 枯草芽孢杆菌介绍 | 第23页 |
| 1.6 选题依据和主要内容 | 第23-26页 |
| 1.6.1 选题依据 | 第23-24页 |
| 1.6.2 主要内容 | 第24-26页 |
| 第二章 复杂网络的基本理论 | 第26-46页 |
| 2.1 复杂网络的基本概念 | 第26-28页 |
| 2.2 网络图的计算机表示法 | 第28-30页 |
| 2.2.1 邻接矩阵 | 第28-29页 |
| 2.2.2 邻接表与三元组 | 第29-30页 |
| 2.3 复杂网络的若干拓扑学参数 | 第30-34页 |
| 2.3.1 度 | 第30页 |
| 2.3.2 度分布 | 第30-31页 |
| 2.3.3 聚类系数 | 第31页 |
| 2.3.4 特征路径长度 | 第31-32页 |
| 2.3.5 中心度 | 第32-34页 |
| 2.3.6 网络的密度 | 第34页 |
| 2.4 复杂网络的若干模型 | 第34-40页 |
| 2.4.1 规则网络模型 | 第34-35页 |
| 2.4.2 随机网络模型 | 第35-36页 |
| 2.4.3 小世界网络模型 | 第36-38页 |
| 2.4.4 无标度网络模型 | 第38-40页 |
| 2.5 复杂网络的结构特征 | 第40-43页 |
| 2.5.1 复杂网络的分层结构 | 第40-42页 |
| 2.5.2 复杂网络中的模体 | 第42-43页 |
| 2.6 常用生物网络分析和可视化软件 | 第43-45页 |
| 2.6.1 Pajek | 第43-44页 |
| 2.6.2 Cytoscape | 第44页 |
| 2.6.3 FANMOD | 第44-45页 |
| 2.6.4 其他生物网络相关软件 | 第45页 |
| 2.7 本章小结 | 第45-46页 |
| 第三章 枯草芽孢杆菌MySQL生物学数据库构建 | 第46-62页 |
| 3.1 MySQL数据库管理系统 | 第46-48页 |
| 3.1.1 MySQL数据库管理系统介绍 | 第46-47页 |
| 3.1.2 MySQL数据库安装与配置 | 第47-48页 |
| 3.2 枯草芽孢杆菌MySQL生物学数据库构建 | 第48-59页 |
| 3.2.1 数据来源:BsubCyc数据库介绍 | 第48-50页 |
| 3.2.2 数据库结构初步设计 | 第50-52页 |
| 3.2.3 BsubCyc数据文件转化 | 第52-53页 |
| 3.2.4 导入MySQL数据库 | 第53-54页 |
| 3.2.5 数据库结构的进一步完善 | 第54-59页 |
| 3.2.6 数据库构建最终结果 | 第59页 |
| 3.3 枯草芽孢杆菌MySQL生物学数据库的使用与示例 | 第59-61页 |
| 3.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 第四章 枯草芽孢杆菌基因调控网络构建与分析 | 第62-85页 |
| 4.1 枯草芽孢杆菌基因调控网络构建 | 第62-68页 |
| 4.1.1 枯草芽孢杆菌MySQL生物学数据库调控数据整合 | 第62-65页 |
| 4.1.2 DBTBS数据库调控数据整合 | 第65-66页 |
| 4.1.3 两个数据集的最终整合 | 第66-68页 |
| 4.2 枯草芽孢杆菌基因调控网络分析 | 第68-84页 |
| 4.2.1 基因调控网络的连通体 | 第68-73页 |
| 4.2.2 度分布与无标度性 | 第73-74页 |
| 4.2.3 中心度分析 | 第74-75页 |
| 4.2.4 小世界特性分析 | 第75-77页 |
| 4.2.5 分层结构分析 | 第77-81页 |
| 4.2.6 网络模体搜索 | 第81-84页 |
| 4.3 本章小结 | 第84-85页 |
| 总结与展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 附录 94个从表的结构 | 第95-99页 |
| 个人简历 | 第99页 |