| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩写、术语表 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 分子相互作用 | 第13-19页 |
| 1.2.1 通过实验获得的分子相互作用 | 第14-16页 |
| 1.2.2 通过预测得到的分子相互作用 | 第16-19页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第19-23页 |
| 1.3.1 高通量测序技术分类 | 第20页 |
| 1.3.2 高通量技术应用 | 第20-22页 |
| 1.3.3 表达谱高通量数据分析方法 | 第22-23页 |
| 1.4 生物学在线资源网站建立方法 | 第23-26页 |
| 1.4.1 Java | 第24页 |
| 1.4.2 Java EE及JavaServr Faces | 第24页 |
| 1.4.3 JavaScript及AJAX | 第24页 |
| 1.4.4 ORACLE数据库 | 第24-25页 |
| 1.4.5 分布式计算 | 第25-26页 |
| 1.5 课题目的 | 第26页 |
| 1.6 研究策略 | 第26页 |
| 1.7 论文结构 | 第26-28页 |
| 第二章 人类预测分子相互作用网络的建立 | 第28-44页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 预测人类分子相互作用网络建立流程概览 | 第29-30页 |
| 2.3 建立统一的分子标识符 | 第30-32页 |
| 2.3.1 使用数据库网站提供的在线工具或映射关系文件 | 第31-32页 |
| 2.3.2 使用BioMart在线标识符映射数据库 | 第32页 |
| 2.3.3 使用Blast工具进行序列匹配及筛选 | 第32页 |
| 2.4 建立训练例子集 | 第32-33页 |
| 2.4.1 正例子集 | 第32-33页 |
| 2.4.2 负例子集 | 第33页 |
| 2.5 侧面证据 | 第33-40页 |
| 2.5.1 共表达 | 第34-35页 |
| 2.5.2 结构域相互作用 | 第35-37页 |
| 2.5.3 功能注释相关性 | 第37-38页 |
| 2.5.4 共进化 | 第38-39页 |
| 2.5.5 同源相互作用 | 第39-40页 |
| 2.5.6 侧面证据的特征强度评估 | 第40页 |
| 2.6 建立预测模型 | 第40-41页 |
| 2.7 评估预测模型的质量 | 第41-42页 |
| 2.8 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 基因集功能关联分析 | 第44-54页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 基因集功能关联分析 | 第44-46页 |
| 3.2.1 基因集功能关联分析理论 | 第44-45页 |
| 3.2.2 基因集功能关联分析公式 | 第45-46页 |
| 3.3 Gene Ontology生物途径网络分析 | 第46-48页 |
| 3.4 基因功能预测 | 第48-49页 |
| 3.5 案例研究 | 第49-53页 |
| 3.6 本章小结 | 第53-54页 |
| 第四章 人类分子相互作用在线资源的建立 | 第54-73页 |
| 4.1 引言 | 第54页 |
| 4.2 平台架构 | 第54-55页 |
| 4.3 平台界面及使用 | 第55-71页 |
| 4.3.1 蛋白质信息查询及结果展示页面 | 第56-57页 |
| 4.3.2 分子相互作用查询及结果展示页面 | 第57-58页 |
| 4.3.3 同源相互作用查询及结果展示页面 | 第58-59页 |
| 4.3.4 序列比对查询及结果展示页面 | 第59-60页 |
| 4.3.5 标识符在线转换工具 | 第60-61页 |
| 4.3.6 生物途径信息 | 第61-63页 |
| 4.3.7 生物途径功能关联 | 第63页 |
| 4.3.8 蛋白质功能预测 | 第63-64页 |
| 4.3.9 基因集功能关联分析工具 | 第64-68页 |
| 4.3.10 分子相互作用及生物途径功能关联用户收藏夹 | 第68-69页 |
| 4.3.11 分子相互作用数据文件下载 | 第69-70页 |
| 4.3.12 其他信息 | 第70-71页 |
| 4.4 本章小结 | 第71-73页 |
| 第五章 多物种的基因集功能关联分析工具 | 第73-100页 |
| 5.1 引言 | 第73页 |
| 5.2 平台架构 | 第73-75页 |
| 5.3 网站界面 | 第75-76页 |
| 5.4 网站功能 | 第76-91页 |
| 5.4.1 在线标识符转换工具 | 第77-79页 |
| 5.4.2 多物种的基因集功能关联分析工具内容介绍 | 第79-91页 |
| 5.5 其他物种中基因集功能关联分析工具的应用 | 第91-98页 |
| 5.5.1 基因集功能关联分析工具在酵母中的应用 | 第91-96页 |
| 5.5.2 microRNA功能预测 | 第96-98页 |
| 5.6 本章小结 | 第98-100页 |
| 第六章 结论及展望 | 第100-103页 |
| 6.1 结论 | 第100-102页 |
| 6.2 展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-110页 |
| 作者简介 | 第110页 |
