| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 综述 | 第12-23页 |
| 1.1 分子系统学 | 第12-15页 |
| 1.1.1 分子系统学原理 | 第12-13页 |
| 1.1.2 分子标记选择 | 第13-15页 |
| 1.2 线粒基因组 | 第15-19页 |
| 1.2.1 线粒体 | 第15页 |
| 1.2.2 线粒体基因组的基本特征 | 第15-16页 |
| 1.2.3 线粒体基因组的进化特点 | 第16-17页 |
| 1.2.4 线粒体基因组的重排 | 第17-19页 |
| 1.2.5 比较线粒体基因组学 | 第19页 |
| 1.3 线粒体基因组可用的分子标记 | 第19-20页 |
| 1.4 纽形动物系统发育研究历史与现状 | 第20-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-32页 |
| 2.1 样品保存和处理方法 | 第23页 |
| 2.2 总DNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.3 DNA片段的扩增和测序 | 第24-28页 |
| 2.3.1 引物的使用和设计 | 第24-25页 |
| 2.3.2 PCR反应体系及运行程序 | 第25-27页 |
| 2.3.3 凝胶电泳检测条带 | 第27页 |
| 2.3.4 测序 | 第27页 |
| 2.3.5 纯化及克隆 | 第27-28页 |
| 2.4 生物信息分析 | 第28-32页 |
| 2.4.1 序列拼接和基因注释 | 第28-29页 |
| 2.4.2 序列分析 | 第29页 |
| 2.4.3 比较线粒体基因组分析 | 第29-30页 |
| 2.4.4 系统发育分析 | 第30-32页 |
| 第三章 九种线粒体基因组基本组成和结构 | 第32-81页 |
| 3.1 亨氏无沟纽虫Baseodiscus hemprichii | 第33-38页 |
| 3.2 戈怪纽虫Gogonorhynchus sp | 第38-43页 |
| 3.3 美丽小尾纽虫Micrura bella | 第43-49页 |
| 3.4 血色喙纽虫Ramphogordius sanguineus | 第49-56页 |
| 3.5 环纹背睾纽虫Notospermus geniculatus | 第56-61页 |
| 3.6 灌氏离纵沟纽虫Paralineopsis cf taki | 第61-66页 |
| 3.7 井岛小休氏纽虫Hubrechtella ijimai | 第66-72页 |
| 3.8 斑管栖纽虫Tubulanus punctatus | 第72-77页 |
| 3.9 椒斑岩田纽虫Iwatanemertes piperata | 第77-81页 |
| 第四章 系统发育分析 | 第81-88页 |
| 4.1 数据集建立 | 第81-82页 |
| 4.2 系统发育树结果 | 第82-88页 |
| 第五章 纽形动物线粒体基因组比较 | 第88-107页 |
| 5.1 线粒体基因组的大小变化和碱基组成 | 第88-92页 |
| 5.2 基因组成和排列 | 第92-93页 |
| 5.3 蛋白质编码基因分析 | 第93-102页 |
| 5.3.1 氨基酸编码数量和起始、终止密码子变化规律 | 第93-99页 |
| 5.3.2 氨基酸使用率 | 第99-101页 |
| 5.3.3 各类群间的进化压力 | 第101-102页 |
| 5.4 核糖体RNA基因分析 | 第102-105页 |
| 5.5 转运RNA基因 | 第105页 |
| 5.6 非编码区 | 第105-107页 |
| 小结 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 学术成果 | 第124-125页 |
| 个人简历 | 第125页 |
