| 缩略词表 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 前言 | 第16-21页 |
| 第一部分 CRISPR-Cas9抑制HBV复制与表达的研究 | 第21-53页 |
| 1 实验材料 | 第21-22页 |
| 1.1 细胞系 | 第21页 |
| 1.2 质粒载体 | 第21页 |
| 1.3 主要试剂 | 第21-22页 |
| 1.4 主要仪器 | 第22页 |
| 1.5 动物品系 | 第22页 |
| 2 实验方法 | 第22-41页 |
| 2.1 gRNA的选择和设计 | 第22-23页 |
| 2.2 CRISPR-Cas9系统的构建 | 第23-26页 |
| 2.3 CRISPR-Cas9系统外源剪切活性的检测（SSA） | 第26-28页 |
| 2.4 细胞培养和转染 | 第28页 |
| 2.5 HBV DNA的提取以及CRISPR-Cas9内源剪切活性的检测（T7EI） | 第28-30页 |
| 2.6 乙肝病毒标志物检测及CRISPR-Cas9的脱靶效应评价 | 第30-35页 |
| 2.7 单克隆细胞筛选及HBV cccDNA的检测 | 第35-40页 |
| 2.8 HBV高压水动力小鼠模型构建 | 第40-41页 |
| 3 结果 | 第41-50页 |
| 3.1 gRNA的选择和设计 | 第41-43页 |
| 3.2 CRISPR-Cas9系统的内、外源剪切活性及脱靶效应的检测 | 第43-44页 |
| 3.3 目标区域突变情况的深度测序检测 | 第44-46页 |
| 3.4 CRISPR-Cas9抑制细胞内HBV复制与表达的检测 | 第46-47页 |
| 3.5 HBV基因组S4位点突变的单克隆细胞中HBV复制的检测 | 第47-49页 |
| 3.6 CRISPR-Cas9抑制小鼠体内HBV复制与表达的检测 | 第49-50页 |
| 4 讨论 | 第50-53页 |
| 第二部分 CRISPR-Cas9清除整合状态HBV DNA的研究 | 第53-71页 |
| 1 实验材料 | 第53页 |
| 1.1 细胞系 | 第53页 |
| 1.2 gRNA及引物合成 | 第53页 |
| 1.3 主要试剂 | 第53页 |
| 2 实验方法 | 第53-57页 |
| 2.1 全长整合HBV DNA的特异性扩增 | 第53-56页 |
| 2.2 gRNA的选择及设计 | 第56-57页 |
| 2.3 CRISPR-Cas9系统的构建、细胞培养与转染、HBV标志物的检测 | 第57页 |
| 2.4 gRNA内源剪切活性的检测（T7EI） | 第57页 |
| 3 结果 | 第57-68页 |
| 3.1 新方法扩增细胞内全长整合的HBV DNA | 第57-60页 |
| 3.2 gRNA的设计及剪切活性检测 | 第60-61页 |
| 3.3 gRNA在细胞内抑制HBV复制与表达的检测 | 第61-64页 |
| 3.4 整合状态HBV DNA被全长清除的测序验证 | 第64-65页 |
| 3.5 整合HBV DNA被清除的细胞株中HBV标志物的检测 | 第65-67页 |
| 3.6 整合HBV DNA被清除细胞株的长期观察及检测 | 第67-68页 |
| 4 讨论 | 第68-71页 |
| 第三部分 清除HBV前后宿主细胞全基因组测序及分析 | 第71-98页 |
| 1 实验材料 | 第71-72页 |
| 1.1 细胞系 | 第71页 |
| 1.2 主要试剂 | 第71页 |
| 1.3 主要仪器 | 第71-72页 |
| 1.4 生物信息分析软件 | 第72页 |
| 2 实验方法 | 第72-76页 |
| 2.1 细胞系DNA的提取（CTAB法） | 第72页 |
| 2.2 文库的构建 | 第72-75页 |
| 2.3 库检及上机测序 | 第75页 |
| 2.4 生物信息学分析方法 | 第75-76页 |
| 3 结果 | 第76-94页 |
| 3.1 高通量测序数据的质量控制 | 第76-79页 |
| 3.2 HBV清除前后宿主细胞基因组中HBV整合位点分析 | 第79-81页 |
| 3.3 清除HBV前后宿主细胞基因组中SNP的位点及类型分析 | 第81-86页 |
| 3.4 HBV清除前后宿主细胞基因组Indel的位点分析 | 第86-87页 |
| 3.5 HBV清除前后宿主细胞基因组结构性变异（SV）的统计分析 | 第87-88页 |
| 3.6 HBV清除前后宿主细胞基因组变异在染色体上的分布统计 | 第88-90页 |
| 3.7 HBV清除前后宿主细胞基因组变异的功能注释 | 第90-92页 |
| 3.8 CRISPR-Cas9系统在清除HBV过程中脱靶效应的分析 | 第92页 |
| 3.9 利用CRISPR-Cas9剪切残余序列排除细胞污染的可能性 | 第92-93页 |
| 3.10 HBV清除前后宿主细胞DNA修复相关基因的检测 | 第93-94页 |
| 4 讨论 | 第94-98页 |
| 结论 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-106页 |
| 个人基本情况 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
