| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-37页 |
| 1.1 水稻分蘖角度的研究进展 | 第13-21页 |
| 1.1.1 驯化使水稻匍匐生长转变为直立生长 | 第14-16页 |
| 1.1.2 TAC1类基因在植物中具有调控侧生分支水平生长的保守功能 | 第16-18页 |
| 1.1.3 LAZY1在调控分蘖角度和分支角度上与TAC1相反 | 第18-20页 |
| 1.1.4 其它与水稻分蘖角度相关的基因研究 | 第20-21页 |
| 1.2 水稻叶夹角的研究进展 | 第21-31页 |
| 1.2.1 水稻直立叶片的选育 | 第21-22页 |
| 1.2.2 水稻叶夹角的分子机理研究 | 第22-31页 |
| 1.2.2.1 OsLG1突变导致水稻叶枕缺失叶片直立生长 | 第23-24页 |
| 1.2.2.2 通过改变水稻机械组织来调控叶夹角的相关基因研究 | 第24-25页 |
| 1.2.2.3 植物激素BR对水稻叶夹角的影响 | 第25-29页 |
| 1.2.2.4 植物生长素对水稻叶夹角的影响 | 第29-30页 |
| 1.2.2.5 植物激素GA对水稻叶夹角的影响 | 第30-31页 |
| 1.3 全基因组关联分析及其在水稻中的应用 | 第31-35页 |
| 1.3.1 全基因组关联分析 | 第31-33页 |
| 1.3.2 全集因组关联分析在水稻中的应用 | 第33-35页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第35-37页 |
| 2 材料和方法 | 第37-43页 |
| 2.1 水稻材料和全基因组测序 | 第37页 |
| 2.2 田间种植和表型调查 | 第37页 |
| 2.3 双因素方差分析 | 第37-38页 |
| 2.4 全基因组关联分析 | 第38页 |
| 2.5 连锁不平衡（LD）分析 | 第38-39页 |
| 2.6 突变体查询和超量表达载体构建及转化 | 第39-40页 |
| 2.7 水稻DNA的小样抽提及共分离鉴定 | 第40页 |
| 2.8 水稻RNA抽提及表达量分析 | 第40-41页 |
| 2.9 外源激素处理试验 | 第41-42页 |
| 2.10 单倍型和核酸多态性（π）分析 | 第42-43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-84页 |
| 3.1 栽培稻分蘖角度自然变异的遗传机制 | 第43-66页 |
| 3.1.1 开花时期的核心种质分蘖角度的表型变异 | 第43-44页 |
| 3.1.2 分蘖角度的全基因组关联分析 | 第44-48页 |
| 3.1.3 TAC1的单倍型分析 | 第48-51页 |
| 3.1.4 D2是关联位点qTA1b的候选基因 | 第51-56页 |
| 3.1.5 D2的单倍型分析 | 第56页 |
| 3.1.6 TAC3是qTA3的候选基因 | 第56-63页 |
| 3.1.7 TAC3的单倍型分析 | 第63-64页 |
| 3.1.8 TAC1、TAC3和D2的核酸多态性分析 | 第64-65页 |
| 3.1.9 三基因不同单倍型组合对籼稻分蘖角度的影响 | 第65-66页 |
| 3.2 栽培稻剑叶夹角自然变异的遗传机制 | 第66-84页 |
| 3.2.1 开花时期的核心种质剑叶角度的表型变异 | 第66-69页 |
| 3.2.2 剑叶夹角的全基因组关联分析 | 第69-72页 |
| 3.2.3 bHLH的16亚家族基因保守调控水稻叶夹角 | 第72-76页 |
| 3.2.4 关联基因的单倍型分析 | 第76-83页 |
| 3.2.5 栽培稻分蘖角度与剑叶夹角的相关性 | 第83-84页 |
| 4 讨论 | 第84-91页 |
| 4.1 分蘖角度在籼稻亚群和粳稻亚群中存在不同的遗传调控机制 | 第84-85页 |
| 4.2 TAC1、TAC3、D2和其它基因是决定栽培稻分蘖角度自然变异的重要基因 | 第85-86页 |
| 4.3 剑叶夹角在籼粳两个亚群中具有不同遗传调控机制 | 第86-87页 |
| 4.4 bHLH转录因子第16亚家族具有保守的调控水稻叶夹角功能 | 第87-88页 |
| 4.5 基于GWAS栽培稻分蘖角度和剑叶夹角具有低水平的相关性 | 第88-89页 |
| 4.6 优良单倍型/等位基因的组合对于改良株型的应用 | 第89-90页 |
| 4.7 小结与展望 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-108页 |
| 附录Ⅰ | 第108-113页 |
| 附录Ⅱ | 第113-115页 |
| 致谢 | 第115-117页 |
