| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-30页 |
| 1 miRNA概述 | 第13-20页 |
| 1.1 miRNA的生物合成和作用机制 | 第13-15页 |
| 1.2 miRNA的鉴定和研究方法 | 第15-18页 |
| 1.2.1 传统的实验方法 | 第15-17页 |
| 1.2.2 miRNA芯片技术 | 第17页 |
| 1.2.3 新一代测序技术 | 第17-18页 |
| 1.2.4 生物信息学预测 | 第18页 |
| 1.3 miRNA靶基因预测 | 第18-20页 |
| 2 miRNA与免疫 | 第20-24页 |
| 2.1 炎症反应中miRNA的调控 | 第20-21页 |
| 2.2 先天性免疫和miRNA | 第21-23页 |
| 2.3 适应性免疫和miRNA | 第23-24页 |
| 3 miRNA与铁稳态 | 第24-26页 |
| 3.1 miRNA调控的细胞铁摄取 | 第24-25页 |
| 3.2 miR-200b调控的细胞铁储存 | 第25页 |
| 3.3 miR-122 对系统铁的调控 | 第25-26页 |
| 4 硬骨鱼类miRNA的研究进展 | 第26-28页 |
| 5 本文的研究目的意义 | 第28-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-48页 |
| 1 实验材料 | 第30-33页 |
| 1.1 样品采集 | 第30页 |
| 1.2 载体 | 第30页 |
| 1.3 细胞 | 第30页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第30-31页 |
| 1.5 主要试剂 | 第31-33页 |
| 2 实验方法 | 第33-48页 |
| 2.1 Total RNA的提取 | 第33页 |
| 2.2 small RNA文库构建 | 第33-34页 |
| 2.3 库检及测序 | 第34页 |
| 2.4 测序数据分析流程 | 第34-35页 |
| 2.5 miRNA表达谱分析 | 第35-36页 |
| 2.6 靶基因预测 | 第36页 |
| 2.7 差异表达miRNA靶基因GO和KEGG分析 | 第36-37页 |
| 2.8 RNA反转录 | 第37-38页 |
| 2.8.1 Total RNA反转录 | 第37页 |
| 2.8.2 miRNA反转录 | 第37-38页 |
| 2.9 荧光定量PCR | 第38-41页 |
| 2.10 质粒构建 | 第41-44页 |
| 2.10.1 双荧光素酶报告载体构建 | 第41页 |
| 2.10.2 突变载体的构建 | 第41-42页 |
| 2.10.3 原核重组质粒的构建 | 第42-44页 |
| 2.11 原核重组质粒的诱导表达 | 第44页 |
| 2.12 细胞实验 | 第44-46页 |
| 2.12.1 细胞复苏 | 第44页 |
| 2.12.2 细胞冻存 | 第44-45页 |
| 2.12.3 细胞传代 | 第45页 |
| 2.12.4 细胞转染 | 第45页 |
| 2.12.5 双荧光素酶活性检测 | 第45-46页 |
| 2.13 Western blot | 第46页 |
| 2.14 数据分析 | 第46-48页 |
| 第三章 结果与分析 | 第48-81页 |
| 1 团头鲂嗜水气单胞菌感染肝脏miRNA转录组分析 | 第48-67页 |
| 1.1 总RNA质量检测结果 | 第48-49页 |
| 1.2 small RNA测序数据概况 | 第49-50页 |
| 1.3 公共及特有序列分析 | 第50-51页 |
| 1.4 各类small RNA注释 | 第51页 |
| 1.5 团头鲂肝脏miRNAs表达分析 | 第51-56页 |
| 1.5.1 团头鲂miRNAs的鉴定 | 第51-53页 |
| 1.5.2 差异表达miRNAs的鉴定 | 第53-55页 |
| 1.5.3 qRT-PCR验证结果 | 第55-56页 |
| 1.6 差异表达miRNAs靶基因预测及功能注释 | 第56-63页 |
| 1.7 差异表达miRNAs靶基因验证 | 第63-67页 |
| 2 miR-375 对TF和TFR的影响 | 第67-69页 |
| 2.1 miR-375 抑制TF和TFR的表达 | 第67-68页 |
| 2.2 miR-375 靶向作用于TF和TFR的 3’UTR | 第68-69页 |
| 3 miR-146a和miR-29a的功能研究 | 第69-81页 |
| 3.1 TRAF6原核表达及抗体的制备 | 第69-71页 |
| 3.2 miR-146a和miR-29a靶向作用于TRAF6的 3’UTR | 第71-72页 |
| 3.3 miR-146a、miR-29a抑制TRAF6的表达 | 第72-74页 |
| 3.4 miR-146a、miR-29a感染嗜水气单胞菌后表达分析 | 第74-76页 |
| 3.5 团头鲂TRAF6基因感染嗜水气单胞菌后表达分析 | 第76-77页 |
| 3.6 LPS刺激后miR-146a和miR-29a的表达分析 | 第77-79页 |
| 3.7 miR-146a和miR-29a对于TLR/NF-κB下游基因表达的影响 | 第79-81页 |
| 第四章 讨论 | 第81-88页 |
| 1 团头鲂感染嗜水气单胞菌后肝脏miRNA表达模式 | 第81-84页 |
| 2 miR-375 对于TF和TFR的调控作用 | 第84-85页 |
| 3 miR-146a和miR-29a在团头鲂中的免疫功能 | 第85-88页 |
| 小结 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-105页 |
| 附录 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
