| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 1 前言 | 第10-17页 |
| 1.1 RLRs基因家族 | 第10-12页 |
| 1.1.1 MDA5 | 第11-12页 |
| 1.1.2 LGP2 | 第12页 |
| 1.2 中性选择检验及其在重要性状定位研究上的应用 | 第12-13页 |
| 1.3 中性选择的研究方法 | 第13-16页 |
| 1.3.1 基于位点变异频率谱线的方法 | 第14-15页 |
| 1.3.1.1 Tajimas’D检验 | 第14页 |
| 1.3.1.2 Fu and Li’s D and F检验 | 第14-15页 |
| 1.3.1.3 Fay and Wu’H检验 | 第15页 |
| 1.3.2 基于连锁不平衡的检测方法 | 第15页 |
| 1.3.3 基于群体分化的方法 | 第15-16页 |
| 1.3.4 Ka/Ks | 第16页 |
| 1.4 本研究的目的与研究思路 | 第16-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-28页 |
| 2.1 材料与仪器设备 | 第17-20页 |
| 2.1.1 实验鸡群 | 第17-19页 |
| 2.1.2 实验外群 | 第19页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第19-20页 |
| 2.1.4 主要试剂及其配制 | 第20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-28页 |
| 2.2.1 试剂配制 | 第20-21页 |
| 2.2.2 全血RNA的抽提 | 第21-22页 |
| 2.2.3 RNA样品的检测 | 第22页 |
| 2.2.3.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第22页 |
| 2.2.3.2 核酸分析仪检测 | 第22页 |
| 2.2.4 RNA反转录 | 第22-23页 |
| 2.2.5 鸡MDA5和LGP2基因编码区序列的扩增 | 第23-25页 |
| 2.2.6 番鸭MDA5和LGP2基因编码区序列的扩增 | 第25-26页 |
| 2.2.7 PCR分段结果的拼接 | 第26页 |
| 2.2.8 MDA5和LGP2基因编码区SIFT预测 | 第26页 |
| 2.2.9 数据分析 | 第26-28页 |
| 2.2.9.1 MDA5和LGP2基因编码区多态性分析 | 第26-27页 |
| 2.2.9.2 MDA5和LGP2基因编码区中性检验 | 第27页 |
| 2.2.9.3 MDA5和LGP2基因编码区聚类分析 | 第27页 |
| 2.2.9.4 MDA5和LGP2基因编码区Fst计算 | 第27页 |
| 2.2.9.5 MDA5和LGP2基因编码区SNP分型 | 第27页 |
| 2.2.9.6 MDA5和LGP2基因编码区连锁不平衡分析 | 第27-28页 |
| 3 结果和分析 | 第28-42页 |
| 3.1 鸡MDA5和LGP2编码区扩增及测序 | 第28-30页 |
| 3.1.1 全血RNA的提取 | 第28页 |
| 3.1.2 PCR扩增结果 | 第28-30页 |
| 3.2 番鸭MDA5和LGP2编码区扩增及测序 | 第30-31页 |
| 3.2.1 大脑组织RNA的提取 | 第30页 |
| 3.2.2 PCR扩增结果 | 第30-31页 |
| 3.3 MDA5和LGP2基因编码区SIFT预测结果 | 第31-32页 |
| 3.4 MDA5和LGP2基因编码区多态性分析结果 | 第32-35页 |
| 3.4.1 MDA5基因编码区多态性分析结果 | 第32-33页 |
| 3.4.2 LGP2基因编码区多态性分析结果 | 第33-34页 |
| 3.4.3 品种间MDA5和LGP2编码区的密码子偏爱性 | 第34-35页 |
| 3.5 品种间遗传分化分析 | 第35-37页 |
| 3.5.1 MDA5基因遗传分化分析 | 第35-36页 |
| 3.5.2 LGP2基因遗传分化分析 | 第36-37页 |
| 3.6 鸡MDA5和LGP2基因编码区中性检验 | 第37-38页 |
| 3.7 鸡MDA5和LGP2基因编码区连锁不平衡分析 | 第38-40页 |
| 3.8 鸡MDA5和LGP2基因聚类分析 | 第40-42页 |
| 4 讨论与结论 | 第42-46页 |
| 4.1 多态性分析 | 第42-43页 |
| 4.2 SIFT检验 | 第43-44页 |
| 4.3 遗传分化系数 | 第44页 |
| 4.4 中性选择检验 | 第44-45页 |
| 4.5 结论 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 附录 | 第51页 |
