| 摘要 | 第4-6页 |
| Summary | 第6-8页 |
| 1 前言 | 第9-25页 |
| 1.1 烟碱是烟叶生产的主要目的物 | 第9-15页 |
| 1.1.1 烟碱的性质及用途 | 第9-10页 |
| 1.1.2 烟碱的合成 | 第10-11页 |
| 1.1.3 调控烟碱合成的方法和技术 | 第11-15页 |
| 1.1.3.1 遗传调控 | 第11-13页 |
| 1.1.3.2 环境影响 | 第13页 |
| 1.1.3.3 栽培技术 | 第13-14页 |
| 1.1.3.4 生理活性物质 | 第14-15页 |
| 1.2 植物基因表达与杂种优势的形成 | 第15-18页 |
| 1.2.1 植物基因表达调控概述 | 第15-16页 |
| 1.2.2 杂种优势形成的机理 | 第16-17页 |
| 1.2.3 基因表达调控与杂种优势关系 | 第17-18页 |
| 1.3 基因差异表达的研究方法和技术 | 第18-21页 |
| 1.3.1 实时荧光定量PCR技术 | 第19页 |
| 1.3.2 抑制性消减杂交法（SSH） | 第19-20页 |
| 1.3.3 转录组测序技术 | 第20-21页 |
| 1.4 生物信息学分析方法和技术 | 第21-24页 |
| 1.4.1 cDNA文库构建 | 第22页 |
| 1.4.2 表达序列标签（EST） | 第22-23页 |
| 1.4.3 生物分子数据库 | 第23-24页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 2 材料和方法 | 第25-36页 |
| 2.1 材料来源 | 第25-26页 |
| 2.2 技术路线 | 第26-28页 |
| 2.3 试验方法与技术 | 第28-36页 |
| 2.3.1 不同优势杂交组合筛选 | 第28-29页 |
| 2.3.1.1 田间试验方法 | 第28页 |
| 2.3.1.2 样品制备 | 第28页 |
| 2.3.1.3 烟叶烟碱含量的测定 | 第28-29页 |
| 2.3.2 总RNA提取 | 第29-31页 |
| 2.3.2.1 总RNA提取前准备 | 第29页 |
| 2.3.2.2 总RNA提取方法 | 第29-30页 |
| 2.3.2.3 总RNA的纯度和完整性检测 | 第30-31页 |
| 2.3.3 文库构建及测序 | 第31页 |
| 2.3.3.1 cDNA文库构建 | 第31页 |
| 2.3.4 EST序列生物信息学分析 | 第31-36页 |
| 2.3.4.1 原始数据过滤 | 第32页 |
| 2.3.4.2 参考序列比对分析 | 第32-33页 |
| 2.3.4.3 基因表达水平分析 | 第33-34页 |
| 2.3.4.4 差异表达分析 | 第34页 |
| 2.3.4.5 差异基因GO功能分类 | 第34-35页 |
| 2.3.4.6 差异基因KEGG分析 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-56页 |
| 3.1 不同优势杂交组合的筛选 | 第36-39页 |
| 3.1.1 2014年各杂交组合烟碱含量杂种优势表现分析 | 第36-38页 |
| 3.1.2 2015年各杂交组合杂种优势表现 | 第38-39页 |
| 3.2 RNA提取 | 第39-40页 |
| 3.3 EST序列生物信息学分析 | 第40-56页 |
| 3.3.1 测序产量统计 | 第40-41页 |
| 3.3.2 参考序列比对结果 | 第41-45页 |
| 3.3.2.1 干净序列与参考基因组比对情况统计 | 第41-43页 |
| 3.3.2.2 序列在参考基因组不同区域的分布情况 | 第43-45页 |
| 3.3.3 基因表达水平分析 | 第45页 |
| 3.3.4 差异表达基因分析 | 第45-47页 |
| 3.3.5 差异基因GO富集分类 | 第47-51页 |
| 3.3.6 差异基因KEGG分析 | 第51-56页 |
| 4 小结与讨论 | 第56-65页 |
| 4.1 不同优势材料的筛选 | 第57-58页 |
| 4.2 cDNA文库的质量控制 | 第58-59页 |
| 4.3 测序数据处理与质量控制 | 第59-60页 |
| 4.4 基因表达计算结果分析 | 第60页 |
| 4.5 差异表达基因的筛选 | 第60-61页 |
| 4.6 与烟碱合成相关的差异表达基因分析 | 第61-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-78页 |
| 附录 | 第78-79页 |
| 附件一 Va116×巴斯玛VS Va116吡啶生物碱合成代谢途径的通路图 | 第79-80页 |
| 附件二 Va116×巴斯玛VS Va116烟酸和烟酰胺代谢通路 | 第80-81页 |
| 附件三 Va116×巴斯玛VS巴斯玛吡啶生物碱合成代谢途径的通路图 | 第81-82页 |
| 附件四 Va116×巴斯玛VS巴斯玛烟酸和烟酰胺代谢通路 | 第82-83页 |
| 附件五 Va116×巴斯玛VS Va116×GDH88吡啶生物碱合成 | 第83-84页 |
| 附件六 Va116×巴斯玛VS Va116×GDH88烟酸和烟酰胺代谢 | 第84-85页 |
