| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第10-21页 |
| 1.1 系统发生树的构建 | 第11-18页 |
| 1.1.1 系统发育树的基本概念 | 第11页 |
| 1.1.2 系统发生树的研究概述 | 第11-18页 |
| 1.2 系统发生树的稳健性—自举法 | 第18-19页 |
| 1.3 宏基因组学研究简介 | 第19页 |
| 1.4 本文主要工作 | 第19-21页 |
| 第二章 内氨基酸距离及其在系统发生树研究中的应用 | 第21-41页 |
| 2.1 内氨基酸距离的定义及性质 | 第24-29页 |
| 2.1.1 内氨基酸距离序列的定义 | 第24-25页 |
| 2.1.2 距离序列的条件几何分布 | 第25-26页 |
| 2.1.3 相对偏差 | 第26-27页 |
| 2.1.4 两个物种之间的弦距离(Chord distance) | 第27-28页 |
| 2.1.5 系统发育树的稳健性 | 第28页 |
| 2.1.6 参数K的确定 | 第28-29页 |
| 2.2 计算结果 | 第29-37页 |
| 2.2.1 数据集1的结果 | 第30-32页 |
| 2.2.2 数据集2的结果 | 第32-37页 |
| 2.3 本章结论和讨论 | 第37-41页 |
| 2.3.1 主要结论 | 第37页 |
| 2.3.2 IAGDP方法和Afreixo等人提出的方法的不同之处 | 第37-38页 |
| 2.3.3 进化距离和IAGDP法给出的距离之间的关系 | 第38-40页 |
| 2.3.4 本章主要结论 | 第40-41页 |
| 第三章 内距离在宏基因组研究中的应用 | 第41-55页 |
| 3.1 宏基因组研究概况 | 第41-43页 |
| 3.1.1 宏基因组定义及主要研究方法 | 第41-42页 |
| 3.1.2 无比对方法在宏基因组研究中的应用 | 第42-43页 |
| 3.2 基因组中的一种新的信号—内距离在宏基因组研究中的应用 | 第43-55页 |
| 3.2.1 DNA序列的基于内核苷酸距离模型 | 第43-46页 |
| 3.2.2 数据和结果 | 第46-52页 |
| 3.2.3 结果的定量分析 | 第52-53页 |
| 3.2.4 结论 | 第53-55页 |
| 第四章 工作总结和展望 | 第55-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 附录 | 第65页 |
