| 摘要 | 第6-9页 |
| abstract | 第9-11页 |
| 第一章 综述 | 第22-28页 |
| 1.1 粗粒化(CG)模型概述 | 第22-23页 |
| 1.2 Double-well G(?)-like模型 | 第23-24页 |
| 1.3 TMFF力场和多种粗粒化水模型 | 第24页 |
| 1.4 TMFF力场的重参数化 | 第24-25页 |
| 1.5 PD-CG力场 | 第25页 |
| 1.6 RF-LF Backmapping方法 | 第25-26页 |
| 1.7 SOBC和SLIO优化算法 | 第26-27页 |
| 1.8 本文结构 | 第27-28页 |
| 第二章 用CG模型研究限制性环境中蛋白构象变化 | 第28-37页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 Double-well G(?)-like模型及其动力学模拟 | 第29-31页 |
| 2.2.1 Double-well G(?)-like模型 | 第29-31页 |
| 2.2.2 Langevin动力学模拟 | 第31页 |
| 2.3 模拟结果与讨论 | 第31-36页 |
| 2.3.1 自由空间的构象转变 | 第31-32页 |
| 2.3.2 不同大小的限制空间 | 第32-33页 |
| 2.3.3 不同强度的吸引力 | 第33-35页 |
| 2.3.4 转变温度(T_f)和残基Contact map | 第35-36页 |
| 2.4 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 TMFF力场的开发 | 第37-51页 |
| 3.1 引言 | 第37-39页 |
| 3.2 方法与理论 | 第39-43页 |
| 3.2.1 TMFF力场 | 第39-42页 |
| 3.2.2 动力学模拟 | 第42-43页 |
| 3.3 结果讨论 | 第43-50页 |
| 3.3.1 TMFF参数化 | 第43-46页 |
| 3.3.2 TMFF有效性 | 第46-48页 |
| 3.3.3 TMFF应用—肌激酶 | 第48-49页 |
| 3.3.4 TMFF效率 | 第49-50页 |
| 3.4 小结 | 第50-51页 |
| 第四章 TMFF和多种粗粒化水模型 | 第51-63页 |
| 4.1 引言 | 第51-53页 |
| 4.2 方法和理论 | 第53-56页 |
| 4.2.1 多种极化粗粒化水模型 | 第53-54页 |
| 4.2.2 TMFF力场 | 第54-55页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第55-56页 |
| 4.3 结果讨论 | 第56-62页 |
| 4.3.1 模拟步长2 fs | 第56-58页 |
| 4.3.2 模拟步长6 fs | 第58-59页 |
| 4.3.3 应用到1ANK、2LXY | 第59-62页 |
| 4.4 小结 | 第62-63页 |
| 第五章 TMFF的重参数化及其在蛋白质折叠方面的应用 | 第63-73页 |
| 5.1 引言 | 第63-64页 |
| 5.2 方法和理论 | 第64-66页 |
| 5.2.1 修改的TMFF和粗粒化水模型 | 第64-65页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第65-66页 |
| 5.3 结果讨论 | 第66-72页 |
| 5.3.1 修改的TMFF的重参数化 | 第66-67页 |
| 5.3.2 修改的TMFF的有效性 | 第67-69页 |
| 5.3.3 折叠模拟的应用 | 第69-72页 |
| 5.4 小结 | 第72-73页 |
| 第六章 PD-CG力场的开发 | 第73-89页 |
| 6.1 引言 | 第73-75页 |
| 6.2 方法与理论 | 第75-80页 |
| 6.2.1 PD-CG蛋白模型 | 第75-78页 |
| 6.2.2 PD-CG水模型 | 第78-79页 |
| 6.2.3 分子动力学模拟 | 第79-80页 |
| 6.3 结果讨论 | 第80-88页 |
| 6.3.1 PD-CG力场参数化 | 第80-82页 |
| 6.3.2 PD-CG力场有效性 | 第82-85页 |
| 6.3.3 应用到5KK3和4O9Y | 第85-88页 |
| 6.4 小结 | 第88-89页 |
| 第七章 从粗粒化到全原子—RF-LF Backmapping方法 | 第89-101页 |
| 7.1 引言 | 第89-90页 |
| 7.2 方法与理论 | 第90-95页 |
| 7.2.1 RF-LF Backmapping方法 | 第90-92页 |
| 7.2.2 CBTB粗粒化模型及其参数化 | 第92-94页 |
| 7.2.3 RSMD动力学模拟 | 第94-95页 |
| 7.3 结果讨论 | 第95-100页 |
| 7.3.1 RF-LF方法的有效性 | 第95-97页 |
| 7.3.2 全原子模拟的时间长度和频率 | 第97-99页 |
| 7.3.3 RSMD的应用 | 第99-100页 |
| 7.4 小结 | 第100-101页 |
| 第八章 SOBC和SLIO优化算法实现高效粗粒化 | 第101-116页 |
| 8.1 引言 | 第101-102页 |
| 8.2 方法与理论 | 第102-107页 |
| 8.2.1 ENM with NMA | 第102页 |
| 8.2.2 ED-CG理论 | 第102-103页 |
| 8.2.3 SOBC方法 | 第103-104页 |
| 8.2.4 FM-CG理论 | 第104-105页 |
| 8.2.5 SLIO方法 | 第105-107页 |
| 8.3 结果讨论 | 第107-115页 |
| 8.3.1 SOBC效率以及跟SASB方法对比 | 第107-110页 |
| 8.3.2 SLIO优化过程和效率测试 | 第110-112页 |
| 8.3.3 SLIO确定最优数目 | 第112-113页 |
| 8.3.4 SOBC和NMA-FM | 第113页 |
| 8.3.5 SLIO和NMA-FM及大体系粗粒化 | 第113-115页 |
| 8.4 小结 | 第115-116页 |
| 第九章 总结和展望 | 第116-118页 |
| 9.1 本论文的意义和创新之处 | 第116-117页 |
| 9.2 未来和展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-125页 |
| 博士期间发表论文 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
