| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 研究背景 | 第11-25页 |
| 1.1 滇重楼概述及研究现状 | 第11-16页 |
| 1.1.1 滇重楼概述 | 第11页 |
| 1.1.2 滇重楼的成分 | 第11-12页 |
| 1.1.3 滇重楼药理活性研究 | 第12-14页 |
| 1.1.4 滇重楼资源利用及人工繁育研究 | 第14-16页 |
| 1.2 内生菌 | 第16-21页 |
| 1.2.1 植物内生菌概述 | 第16-19页 |
| 1.2.2 滇重楼内生菌研究现状 | 第19-21页 |
| 1.3 根瘤菌概述 | 第21-23页 |
| 1.4 研究目的、意义和研究内容 | 第23-25页 |
| 第二章 滇重楼根茎内生及根际土壤环境细菌免培养多样性研究 | 第25-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-29页 |
| 2.1.1 样品的采集 | 第25页 |
| 2.1.2 植物样品的清洗 | 第25页 |
| 2.1.3 植物样品的表面消毒 | 第25-26页 |
| 2.1.4 植物样品的预处理 | 第26页 |
| 2.1.5 样品DNA的提取及检测 | 第26页 |
| 2.1.6 实时荧光定量PCR | 第26页 |
| 2.1.7 高通量测序及数据分析 | 第26-29页 |
| 2.2 结果与分析 | 第29-41页 |
| 2.2.1 样品总DNA的提取及检测 | 第29-30页 |
| 2.2.2 实时荧光定量PCR结果 | 第30-31页 |
| 2.2.3 高通量测序数据分析 | 第31-41页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第41-44页 |
| 第三章 滇重楼根茎内生细菌的分离、鉴定及筛选 | 第44-62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-49页 |
| 3.1.1 滇重楼内生细菌的分离和鉴定 | 第44-48页 |
| 3.1.2 产甾体皂苷类化合物菌株的初筛 | 第48页 |
| 3.1.3 固氮菌株初筛 | 第48-49页 |
| 3.2 结果与分析 | 第49-60页 |
| 3.2.1 滇重楼内生细菌的分离和鉴定 | 第49-58页 |
| 3.2.2 产甾体皂苷类化合物菌株的初筛 | 第58-59页 |
| 3.2.3 固氮菌株初筛 | 第59-60页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第60-62页 |
| 第四章 潜在新分类单元的多相分类 | 第62-89页 |
| 4.1 材料与方法 | 第62-66页 |
| 4.1.1 实验菌株 | 第62页 |
| 4.1.2 形态学观察 | 第62-63页 |
| 4.1.3 生理生化特征实验 | 第63页 |
| 4.1.4 化学分类特征实验 | 第63-65页 |
| 4.1.5 分子分析 | 第65-66页 |
| 4.2 结果与分析 | 第66-87页 |
| 4.2.1 Rhizobium属2个新物种的多相分类学研究 | 第66-75页 |
| 4.2.2 新物种Oceanobacillus endoradicis sp.nov.的多相分类学研究 | 第75-81页 |
| 4.2.3 新物种Yimella radicis sp.nov.的多相分类学研究 | 第81-87页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第87-89页 |
| 第五章 根瘤菌属系统发育基因组学分析 | 第89-117页 |
| 5.1 材料与方法 | 第90-97页 |
| 5.1.1 实验菌株 | 第90-92页 |
| 5.1.2 实验菌株的复活与菌体细胞的收集 | 第92页 |
| 5.1.3 菌株基因组DNA的提取 | 第92页 |
| 5.1.4 菌株的基因组测序 | 第92-93页 |
| 5.1.5 已公开参考基因组数据的收集 | 第93-94页 |
| 5.1.6 系统发育基因组学分析 | 第94-97页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第97-116页 |
| 5.2.1 样品总DNA的提取结果 | 第97-98页 |
| 5.2.2 基因组测序结果 | 第98-105页 |
| 5.2.3 基因家族分析结果 | 第105-106页 |
| 5.2.4 系统发育异质性分析 | 第106页 |
| 5.2.5 系统发育重建—SuperMatrix/GeneContent | 第106-109页 |
| 5.2.6 祖先基因组基因含量预测与基因家族演化 | 第109-110页 |
| 5.2.7 共生质粒分析 | 第110-114页 |
| 5.2.8 共生固氮作用关键基因分析 | 第114-116页 |
| 5.3 小结与讨论 | 第116-117页 |
| 总结与展望 | 第117-121页 |
| 参考文献 | 第121-144页 |
| 博士期间成果 | 第144-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
