| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 引言 | 第14-39页 |
| 1.1 胚乳发育 | 第14-17页 |
| 1.1.1 被子植物配子体形成 | 第14-15页 |
| 1.1.2 双受精和胚乳发育调控 | 第15-17页 |
| 1.2 基因组剂量效应对胚乳发育的影响 | 第17-20页 |
| 1.3 胚乳发育的表观调控机制 | 第20-28页 |
| 1.3.1 植物基因组的DNA甲基化 | 第21-23页 |
| 1.3.2 植物RdDM途径介导的DNA甲基化 | 第23-25页 |
| 1.3.3 植物基因组的去甲基化过程 | 第25-26页 |
| 1.3.4 DNA甲基化对胚乳和种子发育的影响 | 第26-27页 |
| 1.3.5 H3K27me3的调控机制和胚乳发育 | 第27-28页 |
| 1.4 印迹基因对胚乳发育的影响 | 第28-37页 |
| 1.4.1 DNA甲基化对印迹基因的表达调控 | 第28-30页 |
| 1.4.2 H3K27me3对印迹基因的表达调控 | 第30-31页 |
| 1.4.3 胚乳中印迹基因的发现 | 第31-34页 |
| 1.4.4 胚乳中非编码RNAs的调控作用 | 第34页 |
| 1.4.5 胚中的印迹基因及其调控 | 第34-35页 |
| 1.4.6 印迹基因的功能 | 第35页 |
| 1.4.7 印迹基因在植物中的起源与进化 | 第35-37页 |
| 1.5 选题目的和意义 | 第37-39页 |
| 第二章 蓖麻种子DNA甲基化谱与调控方式 | 第39-65页 |
| 2.1 研究背景 | 第39页 |
| 2.2 研究材料与方法 | 第39-42页 |
| 2.2.1 DNA甲基化相关基因的鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2.2 DNA甲基化相关基因的表达谱分析 | 第40页 |
| 2.2.3 DNA甲基化测序 | 第40页 |
| 2.2.4 DNA甲基化数据分析 | 第40-41页 |
| 2.2.5 mRNA测序和数据分析 | 第41页 |
| 2.2.6 small RNA测序和数据分析 | 第41-42页 |
| 2.2.7 DMRs和DMR相关基因表达的实验验证 | 第42页 |
| 2.3 研究结果 | 第42-61页 |
| 2.3.1 蓖麻DNA甲基化相关基因的鉴定和表达分析 | 第42-46页 |
| 2.3.2 蓖麻胚和胚乳中DNA甲基化谱 | 第46-49页 |
| 2.3.3 DNA甲基化在基因和TE区域的分布 | 第49-51页 |
| 2.3.4 差异甲基化区域的鉴定 | 第51-52页 |
| 2.3.5 DNA甲基化对基因表达的影响 | 第52-57页 |
| 2.3.6 small RNA与DNA甲基化的关联分析 | 第57-61页 |
| 2.4 讨论 | 第61-65页 |
| 第三章 蓖麻胚乳基因组印迹的鉴别、特征化和调控机制研究 | 第65-89页 |
| 3.1 研究背景 | 第65页 |
| 3.2 研究材料与方法 | 第65-69页 |
| 3.2.1 蓖麻亲本材料基因组重测序 | 第65-66页 |
| 3.2.2 亲本间SNP和indel变异鉴别 | 第66页 |
| 3.2.3 互交胚乳材料的收集和mRNA测序 | 第66-67页 |
| 3.2.4 等位基因分离和印迹位点鉴定 | 第67页 |
| 3.2.5 新的转录本鉴定和基因结构优化 | 第67-68页 |
| 3.2.6 印迹基因的表达验证和特征化 | 第68-69页 |
| 3.2.7 互交胚乳DNA甲基化测序和数据分析 | 第69页 |
| 3.3 研究结果 | 第69-85页 |
| 3.3.1 基因组重测序和变异的鉴定 | 第69-72页 |
| 3.3.2 蓖麻胚乳组织中印迹位点的鉴定 | 第72-75页 |
| 3.3.3 胚乳印迹位点的验证 | 第75-79页 |
| 3.3.4 蓖麻胚乳印迹基因的特征化分析 | 第79-82页 |
| 3.3.5 DNA甲基化对印迹基因的调控 | 第82-85页 |
| 3.4 讨论 | 第85-89页 |
| 第四章 总结与展望 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-106页 |
| 附录 | 第106-132页 |
| 攻读博士学位期间的成果目录 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
